0:00:00~ トピック/雑談

0:06:13~ 濱田さん登場

0:14:00~ DNAナノテク黎明期

0:27:14~ 学生時代 (T-motif)

0:34:02~ 助教・コーネル大留学 (DNA gel)

0:44:20~ 現在の研究 (DNA gel-based system)

1:03:00~ 会社と研究室紹介

松林論文⁠https://www.nature.com/articles/s41467-024-46855-y⁠細胞運動のアクセルである酵素PI3Kに秘められたブレーキを発見⁠https://www.fris.tohoku.ac.jp/feature/topics/detail---id-1405.html⁠
JACS論文 ⁠https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.4c00677⁠
Roberto A. Chica (現Univ. Ottawa。2020年までUCSFに所属) ⁠https://mysite.science.uottawa.ca/rchica/drchica.html⁠
CID (Chemically induced dimerization)デザイン論文⁠https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.25.585721v1⁠
Bruno E. Correiaは、Baker研でPhDを取得されていました。知らなくてごめんなさい。(本田) ⁠https://people.epfl.ch/bruno.correia/?lang=en⁠
上記CIDデザイン論文の基になっている論文 ⁠https://www.nature.com/articles/s41592-019-0666-6⁠ タンパク質の特徴を機械学習する際、一般的にはアミノ酸の配列情報や、原子の空間座標が特徴量として用いられる一方、この論文ではタンパク質の表面の形状や電荷のパターンを特徴量として用いており、本編ではその点について言及しています。 (本田)

濵田省吾先生, Lab HP ⁠https://www.nanoeng.net/ ⁠X: ⁠https://twitter.com/shogohamada ⁠⁠https://www.idp.ori.titech.ac.jp/be-a-successful-entrepreneur/column/4602/ https://researchmap.jp/shogo_hamada⁠
東工大工学部制御システム工学科 ⁠http://www.ctrl.titech.ac.jp/home-j.html⁠
村田研究室 ⁠https://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/⁠
木賀研究室 ⁠https://kiga.w.waseda.jp/⁠
iGEM ⁠https://igem.org/⁠
DNAナノテクについての記事TechScientist, 2023, ⁠https://www.the-scientist.com/coming-into-the-fold-dna-origami-71496⁠
E. Winfree ⁠https://www.dna.caltech.edu/~winfree/⁠
DNAオリガミ⁠https://www.nature.com/articles/nature04586⁠⁠ https://youtu.be/p4C_aFlyhfI?si=q5RK00BLlw7d2_N6⁠
DNA tile ⁠https://www.nature.com/articles/28998⁠
DNAタイル, 村田智, 浜田省吾, 2010, 日本ロボット学会誌⁠ https://www.jstage.jst.go.jp/article/jrsj/28/10/28_10_1158/_pdf⁠
Holliday Junction ⁠https://en.wikipedia.org/wiki/Holliday_junction⁠
N. Seeman ⁠https://en.wikipedia.org/wiki/Nadrian_Seeman⁠
Seeman Cube ⁠https://www.nature.com/articles/350631a0⁠
Seeman DX ⁠https://pubs.acs.org/doi/10.1021/bi00064a003⁠
J. Hopfield ⁠https://en.wikipedia.org/wiki/John_Hopfield⁠
Algorithmic Self-Assembly of DNA (ErikのPh.D. thesis) ⁠https://www.dna.caltech.edu/Papers/winfree_thesis.pdf⁠ 「DNAタイルはチューリング完全」の説明も
L. Adleman ⁠https://en.wikipedia.org/wiki/Leonard_Adleman⁠
P. Rothemund ⁠https://rothemundlab.caltech.edu/dna_origami⁠
Ep 1で話題にあがった”あの”論文：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06890-z⁠
W. Shih ⁠https://wyss.harvard.edu/team/core-faculty/william-shih/⁠
DNAナノテクの歴史に関するShih先生動画 ⁠https://www.youtube.com/watch?v=Ek-FDPymyyg⁠
T-motif ⁠https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.200902662⁠
浜田さん撮影 T-motif AFM 画像 @Caltech「浜田が「分子デザインを始めた」と言える瞬間...?」⁠https://www.dropbox.com/scl/fi/cuatyauhv52kwmi8tl66j/20070416-tmotif.png?rlkey=ha0zswygbo5yhgqkvnrqrldtd&dl=0⁠
Protein LEGO Block ⁠https://www.nature.com/articles/s41586-024-07188-4⁠
DNA gel 化学ゲル ⁠https://www.nature.com/articles/nmat1741⁠ 物理ゲル ⁠https://www.nature.com/articles/nnano.2012.211⁠
物理ゲルとその応用について浜田さん総説Hamada & Luo, 2020 ⁠https://www.nature.com/articles/s41428-020-0340-y⁠
化学ゲル、物理ゲル https://www.jstage.jst.go.jp/article/kakyoshi/70/11/70_562/_article/-char/ja
ポリアクリルアミドゲルは化学ゲル⁠https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_1156.pdf⁠
アガロースゲルは物理ゲル⁠https://academic.oup.com/bcsj/article-abstract/41/8/1830/7375225⁠
分子ロボティクス ⁠https://molbot.org/shin-gaku/research/index.html⁠
Dan Luo ⁠https://cals.cornell.edu/dan-luo⁠
The Kavli Institute at Cornell for Nanoscale Science ⁠https://www.kicnano.cornell.edu/⁠
浜田さん研究紹介動画 ⁠https://www.youtube.com/watch?v=LjoTYoqpf6Q⁠
Hamda et al., 2019, Sci. Robot. ⁠https://www.science.org/doi/10.1126/scirobotics.aaw3512⁠
分子サイバネティクス ⁠https://molcyber.org/⁠
TAL protein + DNA, 2017 Science ⁠https://www.science.org/doi/10.1126/science.aam5488⁠
H. Dietz ⁠https://www.dietzlab.org/⁠
Florian Praetorius ⁠https://ista.ac.at/en/research/praetorius-group/⁠
株式会社DASH Materials ⁠https://www.dashmaterials.com/⁠
東工大発ベンチャー大賞 ⁠https://www.titech.ac.jp/news/2023/067946⁠
浜田研希望者はこちら ⁠https://www.nanoeng.net/contact/⁠ (お気軽にご連絡ください)
情報理工学院大学院説明会 ⁠https://www.li.c.titech.ac.jp/admission/2024.html⁠

Ep 2: [Interview] Shogo Hamada (Tokyo Tech), Branch Points in DNA Nanotechnology

分子デザインはじめましたBy 分子デザインはじめましたMay 01, 2024