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By NeuroRadio

米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。
最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。
感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。
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#49 Memento Mori
#49 Memento Mori
ゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、1分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録) Show Notes: Eve Marderの新作 The Complement Sandwich 感染した場合は180日後くらいの方が抗体価上がる ASCONA meeting アメリカ政権のオープンアクセスMandatory AAASのプレプリントに対するポリシー  DIANA論文 Abema Primeのひろゆき全推し回、YouTube Mさん(Henry Molaison)について、ラリースクアイアによる追悼記事 Henry Molaisonは海馬じゃなくてエントライナルが飛んでた メメント 論文1・Samborska et al., Complementary task representations in hippocampus and prefrontal cortex for generalizing the structure of problems 論文2・CellREADR論文:Programmable RNA sensing for cell monitoring and manipulation 内在性ADARの発現:HEKは1を多く発現して2,3を発現しないらしい。 組織ごとにEditを受ける場所が違うんだとか。 ペーボ取りましたね、ノーベル賞 RADAR論文(RNA sensors using ADAR):Modular, programmable RNA sensing using ADAR editing in living cells RADARS論文(Reprogrammable ADAR Sensors):Programmable eukaryotic protein expression with RNA sensors 論文3・Orientation pinwheels in primary visual cortex of a highly visual marsupial 数年前に書いたレビュー 論文4・Directed evolution of adeno-associated virus for efficient gene delivery to microglia Addgeneでカプシドをコードしているプラスミドが入手可能 論文5・Next-generation brain observatories Observatory of the mind Saskia de Vries et al. Joshua H. Siegle et al. Neural Data Without Borders Mindscope 論文6・Real-time dynamic single-molecule protein sequencing on an integrated semiconductor device DNAとヘリケースを使ってre-readしてfidelityを上げる Editorial notes: CellREADR/RADAR/RADARS、延びる棒、のアイデアがラボ間でどうshareされていったのか(あるいはされていないのか)、ご存知の方はコッソリ教えてください笑(脇) 収録中に論文のタイトルコールしてないの不親切で悪い癖ですね...以後気をつけます。(萩)
03:02:24
October 24, 2022
#48 In search of thalamo-cortical computational principles
#48 In search of thalamo-cortical computational principles
We sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS), a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10) Show Notes: Ian’s lab at RIKEN: Laboratory for Distributed Cognitive Processing Miho: Miho Nakajima-san Mike Halassa’s lab @NYU->MIT Phil Haydon’s lab @Tufts The Neuron by Kaczmarek (and Levitan) (Still have the original on my shelf here. – Ian) Ian’s work at the grad school: the astrocyte-neuron interaction  Ian’s works  during postdoc: Rule representations in the cross-modal sensory attention task #1 #2 (mentioned as ”The thalamo-cortical paper”, MD-mPFC loop) #3 Guo/Inagaki’s paper (VM/VAL-ALM loop) If you change the rule sets, the dynamics change a little bit in subgroups of MD thalamic neurons A review discussing the region identified as the PPC  - Ian Ian’s strategy for the research  Ahena Akrami’s paper Jeremiah Cohen His recent publication on representation of the task history in PL Computational Advantages conferred by biologically inspired networks Structured networks sometimes perform better/faster Idea of having a parallel stream of processing through the thalamus is useful: I was thinking of some ideas from Murray Sherman and Sabine Kastner (e.g. this paper, and this) – Ian Editorial Notes: Really nice conversation though I guess we have some difference as to whether thalamic computational roles are an inevitable network design or just based on evolutionary history (I guess time and research will reveal who's right!) In any case, I really enjoyed talking science with you both! - Ian I enjoyed the discussion and it was nice to see the connection between Ian's work and others' on the thalamus. It seems the time has finally come to decipher thalamic functions and I hope our new work will change the way we think about how the brain computes information! -Miho Recent evolutionary expansion in thalamus/LP could be just optimization around local minima. Let’s see how Ian’s work would discard this possibility! For now, we can happily agree to disagree!  - Kenta/萩 It was a perfect way to drop our first episode for both domestic and international listeners. Thanks, Ian and Miho! -Tak/脇
01:31:38
October 17, 2022
#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers
#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers
理研CBSの中島美保さん(@mihonakajima)がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録) Show Notes: 認知分散処理研究チームHP 中島さん業績集 Nat Heintzラボ オキシトシンに反応するmPFCニューロンのメス性行動への影響…のお仕事 BAC Tgの基礎を作ったHeintzたちの仕事 in 1997 BAC トランスジェニックの神経科学への応用を解説した2001年のレビュー Michael Halassaラボ Halassaラボでの注意機能による感覚選択を司る脳回路、のお仕事 その自閉症モデルでの状態と緩和方法探索、のお仕事 イアン・シュミット GENSATの論文 TRAP :ここではTranslating Ribosome Affinity Purification (TRAP) のこと。その1 その2 Parafascicular nucleus: 束傍核。Striatumによく投射する TRN: Thalamic Reticular Nucleus 皮質とThalamusを繋ぐ抑制性ニューロンの核。最近印象的だったGuoping Fenの仕事とか マット:Matt Wilson State-dependentなTRNの論文 イアンが最初に立ち上げた行動 中島さんが神経回路学会に載せていた行動実験に関する日本語レビュー Earl Millerラボ MD(mediodorsal thalamus)の仕事 b2bになっている Guo/Inagakiの仕事 (ALMに対応するthalamusは”VM/VAL”) Pulvinar視床枕。ヒトでの機能的な示唆については、これとか Guoping Feng 2016年のプロジェクト PPC:posterior parietal cortex NeuroRadioのCell Type 回 KarelとSvobodaとCallawayのレビュー Hongkuiのレビュー Editorial Notes: 今回は貴重な機会を頂きありがとうございました!本当に長々と申し訳ないです。お二人とも話が非常に明快で一瞬で重要なポイントをついてくるので、勉強になりました。これからの更なるご活躍が楽しみです!私は日本語も英語も結構間違えてて反省!(汗)エレベーターピッチの練習しないと。これからも人間の行動に迫っていきたい思うので乞うご期待!(中島) ブザキとかは心理学で先に定義された用語に神経活動を後から対応付けることに否定的な主張をしていますが(それも一理あるとは思いますが)、今回の話を聞いて、やっぱ行動心理学をちゃんと勉強した方が色々とやりようがありそうだよな~、と思いました(脇) 常々、研究者として一番大事な能力の一つはresilienceだと思っていますが、度々苦境に立たされつつも、その度にいい仕事をいい論文に仕上げてくるスタイルに大変刺激を受けます!(萩)
02:47:29
October 10, 2022
#46 The Fos expression we saw that day
#46 The Fos expression we saw that day
ゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi)、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)、田中和正さん(@Kazu_ZT)、柳下祥さん(@sho_yagishita) とディスカッションをしました。(9/22 収録) Show Notes(完全版): お題の論文:Fos ensembles encode and shape stable spatial maps in the hippocampus 田中さん NR田中さん回 北西さん NR北西さん回 Part1 Part2 柳下さん 吉良さん Harveyラボ Greenbergラボ 田中さんのトムラボでの論文 Thomas McHugh よく使われるcFos-tTA, Mayfordの作ったライン *knock-inと言ってますがtgです(萩) の元論文 最初の利根川研での仕事 Fig1fgでshGFPがまあまあ綺麗に見えている 田中さんのWiltgen研での仕事 Georg KellerのbioRxiv論文 (Mahringer 2019) Rewardの所に場所細胞が増える 海馬の一部の細胞でreward response, David Tank のDedicated Population for Reward論文 以前Greenberg達が作ったFosのトリプルノックアウトの系 1st authorが書いたbehavioural engagementに関する前の仕事  FamiliarなEnvironmentだとFosはほぼ出ない、の論文 最近Twitter界隈ではCausalityに関する議論がある:いろんなスレッドがありましたが、この(Tweetに基づく)PDFが一番核心を突いていたように思います。 by 吉良さん アテンションを高めて空間タスクをやらせると安定性up Schitzerがendoscopeで見始めた時 学生たちと一緒に書いたCurrent Opinionの総説 Editorial Notes: JCでこんなに論文ほじくり返したのは久しぶりです!マニアックなディスカッションもあって、とっても濃い2時間でした。またぜひ呼んでください!次は辛口ゲストを集めてNR主催のお二人の論文とかどうですかね?(笑)(田中) 濃くて楽しいJCでした!それぞれのラボのスタイルが垣間見えるのも面白いですね。(北西) 海馬やfosを専門にやっている方々と議論できてよかったです。ぜひ定期的にやって欲しいです。今回のような分野横断的で新しい方向性の論文だと特に盛り上がりそうです。他の方々の議論を聞くのも面白そう(柳下) 普段あまり接することのない、分子と神経活動の関係を扱う論文について議論する機会をいただき、とても勉強になりました。図表のフェアな作成法や因果性の解釈についても、様々なご意見を伺うことができて充実したJCでした。(吉良) 音声での論文紹介をはじめた当初から、正直どのくらい伝わるんだろうか...と思いながらやってますが、最近では自分達が楽しめてその雰囲気が伝われば、ドメイン知識自体は別にどうでもいいかなと開き直っています。メンバーを変えつつ定期的にやれると楽しそうです(萩原) これだけ大人数のディスカッションなのに議論が発散しなかったことも印象的でした。皆さんお忙しい中ご都合つけてくださりありがとうございました! (宮脇)
02:37:06
October 07, 2022
#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained
#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained
認知症研究者の佐野俊春さん(@tsano321)に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました(9/3収録) Show Notes (完全版): 佐野さん タンパク質構造疾患研究チーム 岩坪研 PhD時代の仕事(の一部) 博士論文の要旨 神経変性疾患のプリオン様伝播仮説 生活習慣病と認知症のレビュー by 佐野さん Aβの治験が上手くいかない:Aβを標的とする抗体医薬の治験失敗が続く中で2018年に出たコメンタリー 抗Aβ抗体医薬が効かない原因の考察を含むSelkoe達によるAβ仮説レビュー Aβ*56捏造疑惑に関する記事 Aβ*56捏造疑惑が出た時のAlzforumの反応 Aβオリゴマーが神経細胞毒性を有する 富田先生によるアルツハイマー病の歴史の表 1984年 アルツハイマー病患者の脳内の血管壁に沈着したAmyloid βを単離 老人斑の主要構成成分はAmyloid β 1987年 APPのクローニング 1992にamyloid cascade hypothesisというタイトルのperspectiveがscienceに 2012年のプロテクティブ変異(アイスラインド変異)の論文 Dale Schenkがワクチン療法を考え、合成ヒトAβ42をマウスに注射 AN-1792ワクチンの臨床試験、髄膜脳炎、すぐ中止 Aβをターゲットにした臨床試験のまとめ 軽度ADに限ればsolanezumabは認知機能低下を抑制(訂正:複数の試験ではなく、この研究しかありませんでした) aducanumab論文(Phase1b) 認知機能正常な高齢者や認知機能低下が緩やかな高齢者由来のB細胞ライブラリーを用いて開発(Reverse Translational Medicine)  2019年の中間解析で中止になったが、中間解析の後に入ってきたデータを含めて再解析すると、2つの試験のうち1つで効果が出ていた(効果としてはかなり小さい) Phase3が進行中のエーザイの別のAβ抗体(lecanemab)(収録後に試験結果が発表され、承認申請予定とのこと) 血液バイオマーカーによる早期発見の研究、レビュー その他のAβ抗体としては、Eli LillyのdonanemabがPhase3進行中 Editorial Notes: 治験が失敗続きなのにいまだにアミロイドβ仮説が信じられている理由、アミロイドβ仮説の背景、アルツハイマー病の研究対象としての面白さなどを伝えられたら嬉しいです。 と思っていましたが、まさか収録後にレカネマブの主要評価項目達成という大事件が起きたのは予想外でした。このニュースでアミロイドβ仮説に対する世間の風向きも変わったかも?(佐野) 「僕は病気に関しては無知なので」と口走ってしまっていますが、当然進行を考えた上でのポーズです(ので「お前MD持ちだろ」とかつっこまないように!)。(萩) 一口にアミロイドβ仮説と言っても色々なものがあるということ、それに至るまでの歴史や登場人物が学べて非常に面白かったです。佐野さんありがとうございます!(脇)
03:21:09
October 03, 2022
#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels
#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels
帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど(9/18収録) Show Notes: 北沢さんラボ 北沢さん前回収録 その1 その2 DANDRITE Engram 学会 CaMPARI2 GeorgがV1ミスマッチでやったよね、という話をするのを忘れた(萩) Greenberg とHarveyのNature Johannes Graff 僕の論文 ERC Christine Denny がArcプッシュ Arcのviral transmission Greenberg LinのScienceは2011でした FosとArcを比べたCell 活動との相関性 Npas4-”FH”はFlag-HAのknock-inで、免疫染色しやすいライン。 Yap et al. FosKOの表現型 デンマークの悲しいバスルーム事情 うん、まさにこのストレス(萩) 北海水産 欧州全土に新鮮な(冷凍だけどw)魚介をお届け。 北沢さん ERCスターティンググラントの解説 Filippo (北沢さん元ボス) ルンドベック財団 学生のネットワーク Neuroscience Academy Denmark デンマークのPhDプログラムに興味がある人はアプライしてみるとよいかも。4年分のお給料だったり、デンマークのいろんなラボでインターンできる機会があります(北沢) Brain Prize コペンハーゲンのOle Kiehn DANDRITEのSAB (Scientific Advisory Board) 米原さん回@NR その1 その2 ちゅっちゅっと吸うトランスクリプトームのNature Editorial Notes: 独立一カ月後編ありがとうございます。ラボのプロジェクトの大半がオフレコになった結果萩原君とほぼだべっているだけになってしまった気が。早く論文を形にして語りたいですね!(北沢) たまにはこのくらいゆるい回があるといいですね。編集等も楽だし笑 しかしIEG論文をさっさとなんとかしないとなー (萩) こんな濃厚な音声版blog?もなかなかないですね。。ちなみに今回もShownotesのほとんどを北沢さんが準備してくれました~ありがとうございます! (脇)
02:00:33
September 22, 2022
#43  Splendid isolation
#43 Splendid isolation
伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索@線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×2、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション(7/16収録) Show Notes: コロナ中に収録したエピソードその1 その2 Mark Anderman のパートナー、Maria Lehtinen David Kleinfeld 細胞そのものがセンサー(CNiFERs) Dombeckラボ Awatramaniラボ 論文1:Dopaminergic axons track somatic signaling in behaving mice Joshua Berke のラボから出ていたVTAの細胞体とNAcドパミンのdissociation  アセチルコリンがドパミンの軸索でAction Potentialを起こす  Amatramaniラボからの前報で、SNcドパミンの形態を細胞種毎にキャラクタライズした仕事  Dombeck は Striatum で single axon の2pイメージングやってた GRINレンズ2個刺しの仕事 RPE: Reward prediction error, 古典的レビューはこちら  Kim et al., 論文 A Unified Framework for Dopamine Signals across Timescales 論文2:Kalium channelrhodopsins are natural light-gated potassium channels that mediate optogenetic inhibition John Spudich 普通のカリウムチャネルが持っているような選択フィルター 元論文 今週NNに出ていたAxon Terminal inhibitionのレビュー  論文3:WiChR, a highly potassium selective channelrhodopsin for low-light two-photon neuronal inhibition Peter Hegemann Emiliani Emotional Circuitのdevelopment Eve Marder エッセイのシリーズ:Living Science エッセイ1:Maintaining the joy of discovery エッセイ2:Crossing oceans Editorial Notes: Sodium とナトリウム、Potassiumとカリウムが混ざりました(宮脇) エスプレッソマシン、むかし友人を説得して業務用の中ではお手頃なシモネリのオスカーを買わせて一緒に遊んだりしてたのですが、洗浄が面倒すぎて一瞬で売り飛ばしていました笑 ところでロブスターを実験動物に使うと食べ放題だろうか。(萩原)
02:34:20
August 08, 2022
#42 A catalyst for DIY optics
#42 A catalyst for DIY optics
Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました(6/5収録) Show notes: 勝木さん Thorlabs Japanのホームページ 柳下さん Doricのフォトメトリーシステム Thorlabsのフォトメトリーシステム Thorlabsの2万種類以上の部品 河西研のファイバーフォトメトリーの論文 柳下さんのシステムはこちらの論文に基づいています(by 勝木さん) 理研の山森研 ThorlabsのBergamo 回転する一光子顕微鏡(pdf) パーツの組み合わせ ソーラボのgithub openなんとかのひとつ Janeliaの2p-RAM論文 ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション:Multiphoton Mesoscope UCL, Hausserの二光子Stimulation ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション(Bergamo + SLM) Bessel Na Jiの論文 緑慎也さん 遺伝研の広海健先生 遺伝研での仕事 クラゲの仕事 Michael Dickinson ラボ Ralph Greenspanラボ Ralphが書いたIntroduction to nervous systems Dhruv Grover FlyCeptionのお仕事 その2 ↑のプロトコル(出たばかり) Thorlabのオンラインフォーラム、Brainwaveについて(pdf, page 5) ライトフィールドを使ったお仕事 Sophie メゾスコープのパーツリスト 創業者のAlex Cable Editorial notes: 楽しかったです!ありがとうございました。入社して5年経つのにいまだに毎日学びの連続です(まだまだひよっこ?)。企業に就職するなら分野を変えてみるのもお勧めかも。学生・ポスドクは研究に集中できる時だと思うので、ぜひ思い切り研究を楽しんで下さい。(勝木) DIYサポートは自分で光学系を組むハードルがグッと下がりますね。無料なのはユーザーとしては嬉しいですが、お金を払いたいという気持ちも…(宮脇) だいたいどこにでも出てくる坂野先生と立花隆...! PhD取得後の就職先としてThorlabsのような魅力的なoptionが数多くできれば、PhDに進学することがリスクでもなんでもなくなり、結果的に日本のアカデミアのレベルも上がると思ってます。(萩原)
01:44:44
August 02, 2022
#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2
#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2
齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました(7/9収録) Show Notes: ATAC-seqでぷらすみどのシークエンシングする(ぷらすみどをTn5でtagmentationして、barcodeつきprimerでPCRして、まとめてNGSにかけるということです。。。by齋藤さん) 濡木研から来たポスドクの方:平野さん Z-lab メンバーを参照 Aviv Regev Eric Lander Jim Collins David Liuがデリバリーをやる: eVLP Base editor Fei Chen Omar Abudayyeh Jonathan Gootenberg Xiao Wangラボ Spatial transcriptomics回 こうせきはラマン McGovern InstituteのFellow David Bartel ハワードヒューズ: Howard Hughes Medical Institute (HHMI) Broad Institute の沿革 Stuart Schreiber Emmanuelle Charpentier Feng ZhangラボAddgene page Doudnaに対して賞とか贈られてたり Fengも慶應医学賞 石野先生 のCRISPR発見論文 Karelの卒業生のラボからNature  結果Nature Neuroscience 直近のサイエンスのSupplementary Figure 30以上 Karelのpublication 元ボスAndreas Lüthiのpublication K99 間近でアメリカで独立したポスドク: Xin Jin 独立した場所がドイツ: Jonathan Schmid-burgk 米国大学院学生会 ニューロンの分類回 Editorial Notes: 僕のボストン、Harvard、MIT、Broad、Feng Zhangラボへの愛がほとばしってしまってます。。。ちなみにBroad Institute of “MIT and Harvard”はMITからはHarvardとみなされ、HarvardからはMITとみなされてるようで、僕はどちらの日本人コミュニティにも属してません。。。留学を考えている学生さんで何かお困りのことがあったら連絡をいただければと思います!また論文出たらゲストとして出させてくださいー。(齋藤) 確かにBroadはMIT感あります。オフレコのトークも面白かったです笑 またぜひ!(宮脇) 「クリスパーネタはリサチャでやれよ」という怒られが発生するかなと思ってたんですが、宮脇氏がだいぶ予習してくれたおかげでなんとか体面は保ったんじゃないでしょうか。(萩原)
01:31:33
July 26, 2022
#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1
#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1
Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄&ラボでの生活、等について伺いました(7/9収録) Show Notes: Jennifer Doudna のThe Code Breaker SHEROCKによるCOVID-19の検出 Broad Institute Feng Zhang FMI 早稲田の先進理工学部の生命医科学科 City of Hope 楽しかった研究@早稲田仙波研 FMI指導教官、Patrick Matthias Ph.D.のプロジェクト アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary Steven McKnight 加藤さんの仕事(実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん) FUSのIDRがリン酸化を受けて凝集に関わる…の論文(記憶が曖昧でした。。。リン酸化について言及されたのは加藤さんのCell論文よりも5年後でした。by齋藤さん) ストレス顆粒とは(wikipedia) David Baltimoreのノーベル賞ホームページ Human Frontier の話:Investigating archaeal horizontal gene transfer systems towards universal delivery tools CAST(CRISPR-associated transposase/transposon): CRISPR-CasエフェクターがトランスポゼースをcrRNAの標的部位へと誘導して転移するトランスポゾン。 最初のペーパー(CAST V-K) CAST I-F Sam Sternberg この2つのCAST I-Bオルソログがダメだったらこのプロジェクト終わり! CAST I-B: 齋藤さんらが今回の論文で報告したシステムのこと Dual Modes of CAST Homingの論文@Cell Tn7: トランスポゾンの一種で、TnsA,B,Cが協働し、更にTnsDと協働することで特定の場所(glmS)に転移するか、あるいはTnsEと協働することで接合時のプラスミドへと転移する。 2つのターゲットセレクター・アダプター分子(TniQとTnsD): TniQはTnsDのホモログ。CAST I-Bには2つのTniQがあることが知られていたが、その一方は本来のTn7のTnsDと配列が似ており、同様の働きをしていることが上記論文で明らかになりTnsDに再命名。 Joe Peters @ Cornell のCell論文 Cascade: Type I CRISPRシステムで見られるCasタンパク質とcrRNAからなる複合体。 REとLE: Tn7/CASTのトランスポゾン配列の両端に存在し、トランスポゼースに認識される、転移に不可欠な配列。 Inverted Terminal Repeats: DNAトランスポゾン配列の両端にしばしば見られる、似た配列が片方の末端ともう片方の末端で逆向きに存在している構造のこと。 (スペーサーの)獲得機構: CRISPR-Casシステムにおいて外来遺伝子をCRISPRアレイにスペーサーとして取り込むのに必要なタンパク質群。 DNA Microscopy PEG10の論文 Editorial Notes: バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります!(齋藤) 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw(宮脇) 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。(萩原)
01:43:41
July 20, 2022
#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist
#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist
マックスプランクフロリダの安田涼平さん(@Ryohei_Neuro)をゲストに、1分子イメージングから1スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました(6/5収録) Show Notes: 安田さんラボHP 安田さんブログ 安田さんHP記事 アメリカでラボを持ちたい! マックスプランクフロリダ (Max Planck Institute Florida Institute for Neuroscience) ATP合成酵素が回転するところをアクチンつけて観た仕事 東工大(当時)の野地さん:現在東大で主催しているラボ 木下研HP(早稲田へ) カレル:Karel Svobodaのこと。安田さんのポスドク時代のボスであり、萩原の現・ボス。 Karelが見つけたキネシンのステップ 120°ずつ回転、仕事効率ほぼ100% Winfried Denk (カレルのベル研での直接のメンターはおそらくTank。Denkはおそらく横にいて顕微鏡を提供した?Denkは最初に2光子顕微鏡作った人) KarelのラボからPIになった人…の参考図(NeuroTree) カレルがGCaMPに着手したタイミング GCaMP2はこの論文 佐藤 隆さん@MUSC (萩原は学部時代に佐藤さんの実験@Tübingenを手伝っていた) GCaMP6の論文 (現状カレルの論文の中で最も引用される論文となった) 顕微鏡に関する投稿:ポスドクを終えてDukeで独立する辺りは2005年~ Karelラボの2番目のプロジェクト(Rasの分子活性) 独立した後のCaMK2の仕事 林康紀さん が当時やってた(Camuiα) FLIM: ライフタイムイメージングのこと(PDF) 谷口さん 村越さん(ラボ) の仕事 安田さんのトークで最後に出てくる絵 (by R, Iyenger) 三國さん 西山さん MPFIのマシンショップ Michael Ehlers Fitzpatrickラボ 結局一番楽しかったタイミングはF1-ATPaseの回転が見えた時…の記事 安田さんのライフタイムイメージングの会社 Editorial Notes: 実は当初MPFIのFitzpatrickラボで博士をやる予定でした。いろいろあってvisionのdevelopmentから分野を変えたのは結果的にはよかったのではないかな〜と。安田さんをはじめ、成功してる研究者には楽観的な人が多いような気がしてる今日この頃、辛気臭くない感じで生きていきたいなと思ってます (萩原) 研究所のDirectorという雲の上の存在でありながら、我々のようなポスドクにフランクに接してくださってくださったこと、そしてpoliticalな感じが全然しなくて技術開発・現象探求にフォーカスしてらっしゃる様子が印象的でした(宮脇) これからを担う若い研究者のお二人とお話できて楽しい時間を過ごしました!ぜひミーティングなどでまたお会いしたいと思いました(安田)
01:48:54
June 22, 2022
#38 Latent dynamics
#38 Latent dynamics
Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス@MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録) Show Notes: 来春にWyss研究所移転 SfN:Society for Neuroscience 北米神経科学会。世界最大の超巨大神経系学会。 Cosyne Meeting 近所のメキシコ料理屋の美味しいブリトー(El PelonのEl Guapo, guacamole追加がオススメ) Schnitzer論文 論文その1:Minute-scale oscillatory sequences in medial entorhinal cortex  Striatumを冷やした時の時間認知変化 論文その2:Top-down control of hippocampal signal-to-noise by prefrontal long-range inhibition Meno Witterによる、PFCから海馬への直接投射は無いよ、の論文 Rajasethupathy et al No evidence from complementary data sources of a direct projection from the mouse anterior cingulate cortex to the hippocampal formation  Amygdala業界での似たような議論:IL->ITCがあるのでは言われてたが、おそらくIL->BLA->ITCのdi-synapse性 Peter Somogyiラボ 九大の神野先生 玉巻先生 も昔海馬のlong range inhibitoryをやっていた  AmygdalaからHippocampusに投射している細胞はInhibitoryも多くて、場所嗜好性の形成にそれが必要 Hannah Monyer 元ラボ(Luthiラボ)disinhibitory回路お家芸 例えばコレとかコレ Sohal ラボHP Parvalbumin neurons and gamma rhythms enhance cortical circuit performance  論文その3:Learnable latent embeddings for joint behavioral and neural analysis MathisラボHP GitHubのページ 対照学習とは DINO論文 昔のShenoyタスクにおけるポピュレーション活動の解析 David TankラボからのNieh et al. MIND論文 北西さん回後半 Editorial Notes: 仮説に合わないorストーリーにとって都合のよくないor説明のつかない、データをそのまま出してくるモーザーラボのスタイルはストロングスタイルとしか言いようがないですね。葬り去るのは論外として、自分なら何かしら説明がつくまでは外に出すのは躊躇してしまいます。(本物の)ブリトー美味そう。(萩原) 麺屋武蔵いいですね…。解析手法開発論文の読解は、本文を読むだけじゃ無くて、コードを自分で動かしてみて、ってとこまでやらねばですね(宮脇)
02:09:01
June 01, 2022
#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2
#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2
北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました(4/27収録) Show Notes: 日本語の作文技術 頭が赤い魚を食べる猫 北西さんが採択されたAMED-PRIME 永井先生 伊佐先生 先進科学研究機構の人事 Buzsakiラボ NR, 五十嵐さんに言わせると…の回 最近Communications Biologyに出した仕事 瞬間的に介入したとしても、いろんなことが起きる (Otchy et al) Discrete Attractor Dynamicsの仕事(Inagaki et al) 短期記憶を保つ神経細胞集団からの記録中にオプトで神経活動を阻害し、集団の活動がどうリカバリするかを見ることでアトラクタ構造を明らかにした仕事。 自然にあるディスクリートアトラクターの遷移を追った研究の例 パーコレーション(8.2を参照) パーコレーション理論を神経回路動態の解析に適用した例 Inside-out Internally generated…の論文 Internal シリーズその2 同志社の櫻井先生 じっとしていても脳の中で内発的にアクティビティを出す (総説) Sensory input を変えたときのネットワーク遷移 (Jezek et al) Cross correlationとcanonical correlation analysis (CCA):Kordingの古典的総説 篠本先生の最近の仕事。Cross correlation解析をencoding model的にやったもの CCAの神経科学分野への応用に関するreview CCAの(数学的でない)意味付け解説(日本語) MoserラボのGridのトーラス論文 の解説回 Grid のモジュール (Stensola et al) 多様体 (Wikipedia)海馬の多様体1 (Nieh et al) 海馬の多様体2 (Rubin et al) 頭方向細胞の多様体 (Chaudhuri et al) 大量にカルシウムイメージング…の仕事 2手先…:収録用のメモに書いてあった北西さんのコメント Editorial Notes: 申請書をロジカルにとか偉そうなことを言いながら、話を全然ロジカルにまとめられず。。まだ荒いですが、いろんな研究の方向性を考えています。ラボメンバー募集しています!(北西さん) 後半は研究デザインに関する哲学というか、今までの収録ではなかなか出来なかった抽象的な議論が出来てよかったです。今後はもっとしていきたい。(萩原) 図らずも先進科学機構PI回が続きましたがCOIはありません笑 北西さん、研究室立ち上げのお忙しい時期にありがとうございます!(宮脇)
01:13:10
May 25, 2022
#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1
#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1
今年3月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD~スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く(4/27収録) Show Notes(完全版): 北西ラボHP 総合文化研究科先進科学研究機構 岡ノ谷ラボ(現帝京大) 博士の仕事 田代ラボ(現シンガポール) 田代ラボでのお仕事 の筆頭著者レビュー 2005年のオプト論文 PINP論文 (=OptoID or OptoTagging) 田代さんのERCグラント 利根川先生のエングラムの話 Open Ephys Kavli Institute (for Systems Neuroscience) Moserラボ 五十嵐さん 伊藤さん 上村さん 小金澤さん Menno Witterラボ Mor Ther. Generation and Characterization of Chimeric Recombinant AAV Vectors 学振SPD: 学振PD獲得者の中でも特に優れた人が取れるフェローシップ。2020年度に終了。 奥山さん 川島さん 田中さん 松尾ラボ(現・九大) Mayfordのところでのお仕事 Dupretのラボがやってた方向 Claustrumの仕事 Crick and Koch 2005. What is the function of the claustrum?  水関ラボ Subiculumのプロジェクト(水関ラボでのSci Adv) の解説記事(PDF注意) Klausbergerのventral CA1の仕事 256 chのプローブ(所謂Buzsaki256, PDF注意) AAV6が逆行性に感染する…の論文 Editorial notes: ヘッドセットのノイズキャンセリングのせいか、ところどころ音が妙に小さくなってしまいました。すみません。。ただ、お二人にのせられて (?)、いっぱい喋りました。とても楽しい時間でした。ありがとうございました!(北西さん) この収録直後にNeuropixelsデビューしました。とりあえず3本同時記録。実験自体は128chでやってた時とそんな変わらんな〜という感じ。 話の中でもありましたが in vivo自由行動下の電気生理記録ができる国内ラボが本当に増えてきましたね~(宮脇)
02:04:30
May 17, 2022
#35 Introduction to structural biology for neuroscientists
#35 Introduction to structural biology for neuroscientists
東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録) Show Notes(完全版は番組HP): 加藤研 加藤さん過去インタビュー 1 2 ChRmineの論文 濡木研 Brian Kobilkaラボ Brianノーベル賞のページ 2012年のNature論文(ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析) の新着論文レビュー 服部素之さん タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意) 芳賀先生のNature 2012 (註:だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん) 脂質キュービックフェーズ(LCP)法 (pdf注意) Nanobodyを使ったBrianたちの論文 iC++の構造論文(Nature筆頭論文その3) GtACR1の構造論文(Nature筆頭論文その4) 上記論文の新着論文レビュー 微生物型ロドプシンの作動メカニズムについての神取先生の解説記事  加藤先生のアドバンスト理科 Kalium rhodopsins クライオ電顕の原理の解説(吉川研) David Juliusが取ってた NTSR1-Gi1のCanonical と Non Canonicalクライオ構造論文(N筆頭その5) AlphaFold2論文 死の脳内表象について(pdf注意) Yusteがやってたoptogeneticsのonline meeting質問のシーン KR2の構造解析(N筆頭その2) の新着論文レビュー 神取研 木暮先生 2013年のNature Communicationsの論文 吉澤研 Editorial Notes: なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です(加藤) フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原) 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
01:53:15
May 10, 2022
#34 Catch-22 in code-switching
#34 Catch-22 in code-switching
アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬4重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録) Show notes(完全版はこちら): COTEN RADIO バイオステーションゲスト回 catch-22 Koch Family Zipcar Mini2P論文 Biologyの方 Mini2p自体はNature Methodsに2報くらい 1 2 ノルウェーの会社製の(GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…) ゼロから作るDeep Learning vscode A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう) spyder 3090 東大入試生物2022 見たことのある実験系 Herman MillerのSayl Chair フラッシュ論文紹介: 論文1:Inhibition allocates spikes during hippocampal ripples ForwardとReverseがあるよ Pouletラボ Jouhanneauの4重パッチ 論文2:Rapid eye movement sleep is initiated by basolateral amygdala dopamine signaling in mice 櫻井研 情動脱力発作について(長谷川さんの過去仕事プレスリリース) オレキシン発見 長谷川さんの過去仕事一覧 論文3:Dynamic Synchronization between Hippocampal Spatial Representations and the Stepping Rhythm Loren Frank DeepLabCut 論文4:Single-deletion-mutant, third-generation rabies viral vectors allow nontoxic retrograde targeting of projection neurons with greatly increased efficiency 論文5:Circuit-Specific Targeting of Astrocytes for Genetic Control 論文6:Engineered virus-like particles for efficient in vivo delivery of therapeutic proteins (eはEnhancedじゃなくてEngineeredでしたね…) Editorial Notes: 海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。(宮脇) 最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと(萩原)
02:22:06
March 27, 2022
#33 Reviewing the Art of Review
#33 Reviewing the Art of Review
生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談(2/12収録) Show notes: 雑談編 トーラス論文がパブリッシュ ↑について話したEP2 CRACK論文 ↑について話したEP4 eVLP論文 ネットで空きを探す:基本はZillowでやりました Wise (旧Transferwise):手軽かつ割と良いレートで送金できたりする テイクアウト:米国でもTake Out、一部の地方(含ボストン)ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here シンク:アメリカのシンクにはディスポーザル(生ごみ粉砕機)がついている ソーラボ(Thorlabs) :DIY光学系のためのパーツを売る会社 アダム:最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト Janeliaのハエを移す機械: Drosphilobot  コーラゼロは国によって味が違う Athletic BrewingのノンアルコールIPA 先輩に買ってきてもらったビール Stumptown ↑のAce Hotel (NY) 店 Coffee County のオンラインショップ ピアレビュー編 今回話題にしたレビューの内容は公開され次第リンク貼ります 査読の技法 水島昇先生 Universal Principled Review 中山敬一先生 中山先生の本 (羊土社・実験医学じゃなくて秀潤社・細胞工学でした) Paperpile:文献管理アプリ 小宮山先生も Natureが出してるReviewerファイル(supplementary peer review file) コレのTransparent peer reviewを参照の事 萩原さんの去年の論文のpeer review file (pdf注意) ORCID(Open Researcher and Contributor ID) 学術系出版物の著者のID Editorial notes: 査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました(宮脇) 『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原)
01:49:34
February 18, 2022
#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI
#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI
CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん(@TomomiKarigo)にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました(9/5収録) Shote notes: 苅郷さん google scholarページ 岡良隆先生ラボHP David AndersonラボHP 2014年のLee et al. Dayu Lin 2011年の論文 苅郷さんのヒューマンフロンティア  孤独になったら緑色に:Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文  苅郷さんのAndersonラボでの論文 Remedios et al. アン・ケネディ NeuroRumblrのサイト ERC Starting Grant Johns Hopkins のNeuroscience Department Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute University of Southern California のBiology Department, Neuroscience Pietro Perona ラボHP DavidとのMachine Vison系論文 DavidとPietroコラボの新しいtracking & behavior classifier論文 Doris Tsao (CaltechのHP, 最近バークレーに移動) 井上さんの同期 Teaching Statement: 何を書くか、等はこちら(PDF) Diversity Statement: 差別や不平等に対する考え方・これまでの貢献など。書き方 (その他就活関連のリソースへのリンクは番組HPに!) Deisserothの講習会 (註:ATGCと言ってしまいましたが、正しくはGTCAでした by まささん) カルテクのWriting Consulting Service: Hixon Writing Center 若い動物でplay behaviorが見られる Ann Kenedyの1stの論文 (3人co-first) PrabhatがファーストのeLIFEの論文  Editorial notes: これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます!ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。 聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたw萩原さん&宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように!北米オフ会とかできたら楽しそう。 Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください!(苅郷) オフ会いいですね〜!パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑(宮脇) 公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗(萩原) 二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります!(まさ) 乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います!(後悔中)(さやか)
03:10:24
January 24, 2022
#31 New moves, new variants
#31 New moves, new variants
大陸をまたいでの2人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異(AAV.CAP-B10)や弱毒ワクチン(YFV-17D)について(1/4収録) Shownotes: モニュメントバレー ボストン近郊のスキー場 大学の不動産 レイク:Lake Union Social Security Number:マイナンバーのようなもの 全学でやっているポスドクのトレーニング(註:これは医学校だけでした) Uwajimaya:シアトルの日本食スーパー 一個目の論文 CaltechのGradinaru Ben Deverman PHP.BとかPHP.eB とか PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要 その1その2 CLOVER Capsida Biotherapeutics Paul H Patterson マーモセットでやる:最近出てました Organ-on-chip:例えばこういう論文 WyssのBBBを通す抗体をスクリーニングする試み Don Ingber 二個目の論文 Wei Xu John Shoggins Sudof 野口英世の生涯 Max Theiler Supplementary FiguresがExtended dataとは別にありました。CMEはStarter cellへの感染に必要なのではなく"Transneuronalな感染に必要"なのですね、誤読失礼しました(訂正) HSVのH129 AAV1でのAnterograde tracing Pseudotyped vesicular stomatitis virus AAV2retroの経路依存性 これのTable S2 Sudof研にいた頃の( プレシナプスでのリリースを見た)仕事 AAVの(ゲノムへの)組み込み:犬で10年追った知見 AAVは4.7kbがパッケージング限界 センダイウイルスは今 ボブダッタのCOVID関連の仕事 北村さん Editorial Notes: AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜(宮脇) 仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。 (萩原)
02:43:26
January 16, 2022
#30 Being a technologist at 10x
#30 Being a technologist at 10x
初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました(11/22 収録) Shownotes: 佐々木浩さん 10x Genomics Wyss Institute HP 泊研HP RISCの形成過程再構成&一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事 DNA-PAINTの簡単な説明 ぽん(Peng Yin)ラボHP DECODE-PAINTのお仕事(講演アブスト) 兵庫県立大学の吉久先生 日本RNA学会 上海科技大学の多田隈さん DNA Origami 2006の論文 University of Washington の Brianラボ アカデミアとインダストリーの自由度について、 HarvardのテニュアからGoogleに行ったMatt Welsh氏のブログポスト 10xが進めているin situプロダクトの情報 10xのファウンダー:Serge Saxonov と Ben Hindson 最初のプロダクト(Chromium) Swedenにあった会社(Spatial Transcriptomics, Cartana) (10xはスウェーデンのスタートアップを2社買収していて、Spatial Transcriptomics -> Visium、Cartana -> New in situ platformというようになっています by 佐々木さん) David Hoffman Eric Betzig 超解像で2014年ノーベル賞 David HoffmanのScienceの仕事 Wyss時代に隣のラボにいた友達で、現在の同僚  Eswar Iyer 元々はTwitterで出会って仲良くなった友達 Sizun Jiang 10xでの直属の上司 Justin Costa Ting Wu Josie (Kishi) ストックオプション:会社の株式をあらかじめ定めた価格で将来取得する権利 IPO:会社の株を初めて誰にでも取引できるようにすること 10x Genomicsのジョブオープニング Neuralinkのホワイトペーパー Melissa Moore@Moderna Melissa Mooreによるレクチャー(をまとめた記事) Editorial Notes: Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな~と腹落ちした回でした (宮脇) 録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木) 自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原)
01:59:32
December 24, 2021
#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2
#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2
Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました(11/4収録) Shownotes: 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021 バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG) ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2 ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定 H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク H3K27ac=強く転写アクティブ H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定 今までよく言われていたポリコーム・バイバレント(bivalent)→H3K27me3とH3K4meの共存 今回発見したポリコーム・バイパタイト(bipartite)→IEGのプロモーターがH3K27acでアクティブ、ジーンボディーがH3K27me3抑制性 クラウンチングスタートのFMIプレスリリース JST創発的研究支援事業、破壊的イノベーション? エングラム細胞のシステムスコンソリデーション中のステートシフトの論文、レビュー 1 2 リアルエングラム仮説についてレビュー、ジョセリン&利根川 再活性化されてこそエングラムという前提でのレビュー、ジェノミクスの観点から BICCN回はこちら 投射細胞発生に関してジャボドンBioRxiv、最近Natureに出ましたね。リバイス3年半。。。 ムルシックフローゲルのV1投射論文 キャロッサル:対側投射 IEGのヘテロ性に関して、例えばこれ ヌタウナギのエンブリオの研究ができるのは世界中でRIKEN倉谷研究室だけ。参考文献 1 2 3 4 エピジェネティックな記憶とかDavid Allisのレビュー グリーンバーグのYap et al., Neuron 2018 レビュー Li Huei Tsaiのところのリーセント記憶エングラム・エピジェネティック論文 HDAC2論文 エンハンサーのモチーフ解析から転写因子を同定するアプローチ。FMIで開発したパイプライン Editorial notes: うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク2本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原) 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢) スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした(1リスナー並感)。in-person収録やってみたいですね〜 (宮脇)
01:32:05
December 03, 2021
#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1
#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1
デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録 * 初のin-person収録ということで宮脇はお休み) Shownotes: 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照) Nordic-EMBL EMBL 長野県の松本深志 東大医のPhD-MDコース 栗原裕基教授 Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015) 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015) 鼓膜論文、結局内容についてちゃんと話してなかったです汗。哺乳類(=マウス)と双弓類(爬虫類・鳥類=ニワトリ)でEdn1-Dlx5/6経路を阻害して下顎→上顎ホメオティック変異を起こさせると、マウスでは鼓膜が消失するのに対してニワトリでは鼓膜の重複が起きる。これは鼓膜の発生が全く異なる発生機構の下流にあることを示し、鼓膜の収斂進化の実験的証拠となった。理研のプレスリリースがとても分かりやすい。(北沢注) あと、日経サイエンス(Scientific American日本語版)2015年8月号でも特集されました。他にも結構新聞で取り上げられたなー(北沢注) 神戸理研 倉谷滋先生 怪獣生物学 動物進化形態学 初版(2004年) 新版(2017年) 2004年Verに鼓膜は課題として述べられていて、2017年Verで僕のアンサーがアップデートされています! (北沢注) Gauppの論文の例  Arch. Anat. Physiol. Suppl. 1, 416 (1912). Filippo Rijli Maryline Minoux et al., Science, 2017 ChIPmentationのNat Methodsペーパー FMIのSAB (Scientific Advisory Board) ERC: EU+αのグラント。PIがステージ(Starting/Consolidator/Advanced)に応じて取るprestigiousな研究費。(日本で言うとさきがけ〜CRESTに相当だが額は倍くらいある) コンディショナルオファー: 独立するためのお金を外部から取ってきたらスペースはあげるよ、というタイプのジョブオファー。一方のオープンポジションはオファーが出たらラボを立ち上げるための資金(スタートアップ)は基本的にもらえる。 えくせれんつぁ: スイスSfNの独立用グラント Eccellenza(1,000,000CHF=1億2000万くらい) えみーねたー: ドイツDFGの独立用グラント Emmy Norther  *RO1に関する言及はテキトーだと思うので注意。 Editorial notes: 出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します! (萩原) 対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい!(北沢) 今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw (宮脇)
02:26:42
November 26, 2021
#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience
#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience
BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました(10/10収録) Shownotes: 10/20 に出る実験医学 Mesoscale Connectomeの仕事 Allen Institute for Brain Science Allen Institute for Neural Dynamics Tasic 2016 Tasic 2018 BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図(このページの下の方) BICCNやってる人たち一覧 17報の論文:並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変 Flagship paper:Motor cortexの論文群をまとめたやつ。 Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ50万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。 UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル(主に側頭葉の一部) CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。 HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。 SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング&メチローム:Epi-retro-seq CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話 カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。 UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network:大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが6つのサブネットワークに分かれる UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較 UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた Editorial note: 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原) Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第4回、Spatial Transcriptomeについて扱った第5回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
02:39:48
October 11, 2021
#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4
#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4
五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど(8/31+9/1収録)。 Shownotes: Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと(Neuron) あのEvidenceの論文 Aronovの仕事 Saltzmanの論文 Wallisの論文 Shoenbaumの論文 Peter Stern (Scienceのページ、工事中…?) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2 Moserラボ出身のNNエディター、Dave(現在Nature本誌のエディター) Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら 森先生のカップラーメンの賞(2007年度 安藤百福賞) 五十嵐さんのカップラーメンの賞 (同上、2017年度) Miura et al.,  Cury and Uchida 色々つっこむかも 河野大臣に拾われ:科研費の枠の件とか Editorial notes: たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました!(宮脇) 今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上(駒野)さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室(という謎の部屋があった)に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな~。(五十嵐) これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな?(萩原)
27:22
October 08, 2021
#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3
#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3
五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その3。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました(9/1収録) Shownotes: Schultzの実験 Assimilative learning: 既に確立したスキームを用いて行う新しい情報の学習 CAV2:逆行性に飛ぶウイルス LiqunのVTAの論文(DeisserothのはB2Bで出てたSNcのドパミンマッピングでした) Amygdalo-hippocampusのpaternal論文はこれ。Denis Pare弟子の天野さん。 クワイナイン:キニーネ。苦い。 Kay Tyeのprefrontalのドパミン論文 柳下さんの一個目の(ドップジャーナル)論文 JN  Mingote  et al のドパミン投射先、LECでのパッチ 内田さんの最近のCell論文 亜核ごとにパッチをするとドパミン・グルタメート・GABAの混合率が変わる…の論文 Arcの周りに(アミロイド)βが溜まる LECはObject codingをする 金沢大学にいらっしゃる河崎先生 Duke大学のLarry Katz ランチョン大討論会の資料(PDF注意) R01が3つ さきがけの奥山さんと加藤さん さきがけにスタートアップ支援制度ができた(PDF注意) JSTの川口さんによる『科学技術政策立案における科学者の役割』 (PDF注意) Squeaky wheel gets a grease: きしむ車輪は油を差される。転じて、はっきりと自己主張をすれば、きちんと見返りを得ることができるという意。(五十嵐註:五十嵐の本意は、「困っていることをずっと主張し続ければ、いつかは周りがうるさくなって対応してくれる」ということです) 神経科学ニュース完全版 大学院生を雇うこと ノルウェーのmaternal leave/paternal leaveは 国が出す MoserラボのNatureカップル1:ステンソラ夫妻 夫妻のラボ(最近独立した) ちなみにMoserラボのNatureカップル2:Hafting-Fyhn夫妻 マリアンヌ・トーケルラボ 大学院大学がお金出す 理研のJRA OISTのサポート 最近始まった支援制度、次世代研究者挑戦的研究プログラム Editorial notes M1の時海馬とドパミンについて研究していたはずなのですがLECとの関連は考えてもみませんでした。こんなに面白いことをやっているとは。。(宮脇) オクラホマdisをわざわざ蒸し返してきたのが謎ですが、海のない土地の例というだけです!!!ちな僕もこの前の論文の続報はドパミンネタだったりします。All roads lead to DA.(萩原) オクラホマをばかにしちゃいけません!どんな地方大でもコツコツやれば、自分の研究分野が確立できるのがアメリカのいいところだと思います。 UCIを軽くディスりましたが、なんと今年の公立大学ランキングでUCIは全米9位に入ったらしく、職員が大騒ぎしてます。ホントかよって感じでびっくりですけど。 最近伸びてるってことですかねー。 既に海外に出てしまった萩原さん、宮脇さんには不発だったかもですが、日本の若いリスナーさんにとって「研究者になるなら、将来日本で暮らそうと思わない方がいい」が第三作として十分な破壊力を持つことを願いつつ…。(五十嵐)
02:57:07
September 22, 2021
#24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2
#24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2
UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました(8/31収録) Shownotes: ジョブハントについて:五十嵐さん就職活動記 MoserラボのGrid Cell論文 Loren FrankラボHP 田代さん ラボHP(現在シンガポール) Lisa GiocomoラボHP McNaughtonとのNRNのreview 故Howard Eichenbaum のラボ Jim KnierimがScienceに2005年に出してたMECとLECは違うっていう論文 Laura Colginのガンマ論文 藤澤さんの匂い嗅いでAlternatingの論文 Edvard Moser May-britt Moser 経歴や最近の仕事についてはNeuroRadio EP2をご参照ください BuzsakiラボからのFernandez-Ruiz et al., ガンマの方 Menno WitterラボHP エスペン, proximalの方がspatialが強い この旗は…:五十嵐さんの部屋に飾ってあるノルウェー国旗 John O’Keefe Bruce McNaughton 最近議論になったやつ:Science Advancesの論文 切磋琢磨するアメリカの科学者たち スタディーセクション:NIH関連予算審査を行う分科会議 Neuronに通った論文 一番最初のFrontierの論文 内田さんのOpto-tagging 2012年 LECが一番最初に壊れる その後出たLEC論文1:Situation cell その後出たLEC論文2:Egocentric cell その後出たLEC論文3:Time cell MECでlayer 2の二つの細胞種が違う機能を持つということを示した仕事1 仕事2 Fan cellとPyramidal cell:LECの主要な興奮性細胞で、形態や局在が異なる Leitnerらの論文 The Hippocampus book Larry Swansonの80年代の仕事、ドパミン@LECの図:The Hippocampus Book p61 ドパミンのdip、河西先生ラボからのD2Rのお仕事 Jaws(赤色抑制オプト)で止める LismanのNeoHebbianレビュー BonhoefferのPFCの仕事
02:46:39
September 22, 2021
#23 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 1
#23 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 1
UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、学部・大学院時代のお話、特に『失敗談』– あるいは地獄の釜の底 – について伺いました(8/31収録) Shownotes: 五十嵐ラボHP 五十嵐さん過去の読み物一覧 五十嵐さんのMoserラボでのN論文 伊藤さんのMoserラボでのN論文 NHKの脳ドキュメンタリー 驚異の小宇宙 人体II  脳と心 五十嵐さんのお父様(註:退官済み) 森憲作先生 Serizawa et al 2000 Nat Neurosci   訂正:近くのORは近くに投射する、というのは、その前のTsuboi et al JNSの内容で、この論文はolfactory receptorは相互排他的に発現する、という内容 恩送りのくだり@Twitter 森先生は阪大基礎工の塚原仲晃の弟子。修士を塚原研で過ごしています。 Stephen Kufflerとその弟子たち@Neurotree Sturat FiresteinによるOlfactory receptor解析論文 (訂正:ヒトでなくマウス) bootstrapはFig 1と5 第一生理の外山敬介先生。ボスは伊藤正男先生。 京大の生化学でも同じ:早石道場 大木先生のN論文1 N論文2 自分の「仕事」が病気と関わるのならそれをやったらいい。の間違いです。 内田さんによるolfactory bulb 上からintrinsic signal imaging 五十嵐さんによる横からimaging Synapto-pHluorin論文 84年のOjima et al., JCN 01年のLinda BuckらのN論文 ↑のRetraction ノート StettlerとAxelのPiriform 2p imaging論文 ちなみに、synapto-pHluorinの論文は一応小さく出しました(by 五十嵐さん) 五十嵐さんのsingle cellトレーシングの仕事 永山さんの表面からのOB-OCトレーシング論文 村上さん@喜多村ラボ(村上さん、言い間違えてすみませんm(__)m by五十嵐さん) 金子研striatum bushのお仕事 表紙 宮道さんらの論文 Axelらの論文 Baldwinらの論文 Editorial notes 自分も大学院時代ドツボにハマってpublication recordにブランクがあるので非常に勇気がもらえました。なんとか成功例を追加したい笑(宮脇) 長時間の独演会みたいになってしまいましたが、僕が上の世代から伝えてもらったことを記録に残しておいて、次の世代の人たちの何らかの糧になればと思いお話しました。若い方々がなにかを感じ取っていただけたらそれで十分嬉しいです。 自分自身の人生の折り返し地点を過ぎ、次の世代の育成に本腰を入れて取り組みたいと思っています。活躍していく次世代の研究者を輩出するということでも、いつかモーザーラボを越えないとですね。一緒に切磋琢磨したい方、ぜひ声をかけてください。(五十嵐) ボスの劣化コピーにならない様にというのはよく言われますが、師を「超える」というのは考えたことなかったので気合い入りました。(萩原)  
02:22:56
September 15, 2021
#22 Artificial/Artifactual neural manipulations
#22 Artificial/Artifactual neural manipulations
印象に残っている歴史上の研究者、総説のライティング、オプトジェネティクスのアーティファクトを取り扱った論文等について話しました (9/5収録) Shownotes: UC irvineの場所 The OC Breaking Bad Good Will Hunting ボストンアクセント(を揶揄した動画) Nirvana Nevermindの赤ちゃん、訴える エヴァ@Amazon Prime ダーシー・トムソン チャールズ・シェリントン 細胞説のフィルヒョー ロベルト・コッホ ペンフィールド エクルス Proprioception Man on his nature Liqunの総説 Kay Tyeの総説 Mrsic-Flogelの総説 eOPN3論文 論文1:Mathias Mahnが昔出していたアーティファクト論文 Bruchasの方の論文(Neuronでした) Scott SternsonのhM4D+nrxnによるpresynapse抑制 OferのGtACR2論文 EPFLのSchneggenburgerラボHP 論文2:MeApdの操作、ChR2とChETAで違う結果 David Andersonラボ、ChR2でやった仕事 利根川研の最初のエングラム実験 CA1, 4Hzなら出る Scienceリトラクション 論文3:Acute off-target effects論文 2011年のGoshen論文 Olveczkyの前の論文(Motor Cortexの必要性について) BrunoラボからのBarrel Cortex要らないよ論文 Editorial notes: 偉人で無く故人というべきでした笑(宮脇) 結局optはあんまり使わない大学院生活でした。(萩原)
01:06:28
September 08, 2021
#21 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 2
#21 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 2
Part 1に引き続き、DANDRITE&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、欧州のスタートアップグラント事情、ポスドク時代に欧州からのジョブハントで苦労したこと、今回Neuronにアクセプトされた双極細胞の軸索末端におけるsubcellular computation論文の内容紹介,、遺伝研でのこれからの研究の方向性について伺いました(7/10収録) Shownotes: エイミーノエタ:Emmy-Noether-Programme 欧州のグラントの特徴まとめ、たとえばこういうの (直pdf.注意) Dandrite DirectorのPoul Nissen Jens Skou オーフスにいる竹内さん Stadtman Investigator Max Plank Neurobiology Nadine Gogolla Ruben Portugues エミリー:Emilie Macé トーマス:Thomas Frank 2013年のNeuron K99 遺伝研の宿舎 総研大の学費:535,800円/年 総研大が博士の学生に250万円くらいを出す制度を始める 遺伝研ポスドク ワーラリアン変性:末梢神経繊維の切断などにより神経軸索が腫大し,その後に萎縮することにより断片化する現象 鳥のON DS cellはganglion cell layerにない、の仕事 今年Gautam Awatramaniと共同研究でNature Communicationsに出したCholinergic論文 小出ラボHP 特別共同利用研究員 これからの研究がまとまったページ Editorial Notes: オーフスのラボからの仕事がNeuronに出たタイミングに公開を合わせて頂き、ありがとうございました! また、10月からスタートする遺伝研のラボを紹介する機会も頂き、感謝しています。20代のリスナーがとりわけ多いとのことで、宣伝効果は抜群だと思います。NeuroRadioの繁栄とお二人のサイエンスのますますの発展を祈念いたします! 三島のうなぎも是非食べに来て下さい。(米原) 米原先生お時間を作ってくださりありがとうございました!自分が学部生の頃は遺伝研で大学院生として研究するという選択肢があることすら知りませんでしたね~あの頃の自分に今回のエピソードを聴かせてみたい笑(宮脇) 自分が中学生の時に何を考えていたかなあと思い返してみると、まだFF7-9をやっている時期だったため、適当な木の棒を振り回しては「将来はソルジャーになる」と言っていたように思います。(萩原)
01:27:38
August 13, 2021
#20 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 1
#20 A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara - Part 1
デンマーク、オーフス大学DANDRITE研究所&遺伝研(10月から)の米原圭祐さん(@K_Reisfeld)にお越しいただき、これまでのキャリアと、海外と日本でJunior PIをやることの比較、Junior PIとして地位を確立する際に苦労したこと、等をお話しいただきました(7/10収録) Shownotes: 神経科学ニュース(直.pdf注意)  基礎生物学研究所/修了生の声 DANDRITEでチームリーダーを始めた頃 最近のもの。EMBLで受けた影響等 米原ラボHP In pressの論文 Neuron版 bioRxiv版 基礎生物学研究所 (基生研) 野田先生HP (現在のラボHP@東工大特任教授) Botond Roska(現在はIOBディレクター) 北欧EMBL(パートナーシップ): 北欧の主要な大学に設立されたEuropean Molecular Biology Laboratory のスタイルで運営される研究機関のネットワーク Natureの論文 ライフサイエンス新着論文レビュー 博士課程にいた時に見つけたマウス 論文その1 その2 Starburst Amacrine Cell, Ganglion Cell, Bipolar cell, Horizontal cell, MTN等、網膜関連の神経回路は米原さんの2012年の日本語レビューを参照(PDF注意) 2007年のSfNアブストラクト ヒトAAVの仕事 米原さんのFMIでの最後の仕事 新着論文レビュー (プレ)シナプスの同定に機械学習が役に立つ Editorial Notes: 萩原さんと初めてお会いしたのは彼が2014年にFMIのインタビューでバーゼルにいらした時です。すごい人が来たと思い、Botondに絶対獲得した方が良いと進言したのを覚えています。逃したのはBotond的に残念だったはずですが、その後のLuethiラボでの期待通りのご活躍もさすがです。収録では”そうですね”ばかり言っていて恥ずかしい限りですが、萩原さんと宮脇さんの安定したナビケーション、的をついた質問が素晴らしく、おかげさまでかなりの情報量が引き出されたと思います。お二人の話を伺う余裕もなく、自分の事ばかり話してしまったのも少し反省してます。企画・編集にはお二人の大きな労力が伴っていると思いますので、頭が下がります。(米原) 米原さんが薬学部でトークされた時、独立して数年なのにこんなにデータが出るのか…とビビっておりました。今回どんな事を考えながらやってらっしゃったのかを知れて秘訣を垣間見た気がしますが、凄過ぎて未だに理解ができないです笑(そしてマイクのソースを間違えるという痛恨のミス!米原さんすみません&萩原さん音声編集ありがとうございます…。)(宮脇) Botondが僕のinterview期間中、ラボメンバーに対し「BaselのSushiのレベルが低いのは絶対に言うな!」と口止めをかけたとかかけなかったとか。(萩原)
01:38:02
August 13, 2021
#19 Tangled Up in the Brain/Reality
#19 Tangled Up in the Brain/Reality
それぞれの近況、作品と作り手の分離、Caイメージングとコネクトームの対応データとそのビューワー、迷路を走るマウス、Self-inactivating Rabiesをめぐるゴタゴタ等について話しました。 Shownotes: AlphaFold2 論文 Graph Neural Networkの勉強:こういうの bioRxivに上がってた仕事 神経科学会の"Fear Mechanism"シンポジウム(追ってオンデマンド配信のリンク足します) 来年の神経科学会(@沖縄) マサチューセッツのクラスター イスラエルの政府レポート…はヘブライ語なのでWSJによる解説記事 星座の名前になるかも アメリカは政策で太ったみたいな話 この番組の How America Is Causing Global Obesity回 映画業界の#MeToo関連の話(Kevin Spaceyの場合) ワトソンやばい話 (ちなみにCSHLのPhDプログラムは去年をもってWatson Schoolの名前を廃止していた) Kandel本 Thom Jossellやばい MICrONSのプロジェクト説明 MICrONS Explorer 最初のL2/3のデータ TexasのAndreas Tollias Sebastian Seung NeuroGlancer PaninsnkiのEASE EyeWireの成果論文 Mouse in a labyrince論文 サプリムービー マイスターの色覚異常者に関する見解 DLCの人が返した いとけいさんのHP Tiagoの壁論文 Jason Kerrのアイトラッキング論文 Tripodi(ケンブリッジのMRCでした)のSiR論文 Wickershamによる最初の反証論文  Tripodiの反証論文 Wickershamによるアップデートされた反証論文 Editorial Notes: GNNのいい教材ご存知の方がいたらコッソリ教えて頂けると嬉しいです…(宮脇) 最近Mood Valiantというアルバムがよくてひたすら聴いているのですが、新コロのせいでずっとMood Variantだと思っていました。(萩原)
02:15:48
August 10, 2021
#18 Fine viral description – tracing the career of Dr. Kazunari Miyamichi
#18 Fine viral description – tracing the career of Dr. Kazunari Miyamichi
理研BDRの宮道和成さん(@K_Miyamichi)にお越しいただき、キャリア選択時に考えていたこと、現在の研究の魅力、新機軸の打ち出し方、子育てに伴う研究スタイルのシフト、等をお話しいただきました(7/3収録) Shownotes: 宮道さん 過去のインタビュー:神経科学ニュース(直.pdf注意) 理研BDRタイムズ  科学道 比較コネクトミクス研究チームHP 立花隆の脳を究める 森憲作先生によるウサギ電気生理 このあたり Linda BuckとRichard Axelによる1991年の嗅覚受容体報告論文 嗅覚受容体の発現パターンの研究:1嗅神経1嗅覚受容体を実現するネガティブフィードバックの研究 嗅上皮の中で嗅覚受容体がどのように並び、嗅球に行った時にどのように展開するか、の研究 ガイダンスモルキュールをいじったときにどう変わるか…の研究の例 1 2 Liqun LuoラボHP MARCM論文 MADMのCell論文 Callaway の2007年(Wickersham et al) モノシナプストレーシング論文 NeuronのPrimer 嗅球から高次展開を見た論文 Mitral cellからの追跡論文その2 (ローカルサーキット) TRAPの仕事 松尾さん達のfostTAの論文 東原先生のERATO 石井くん:東原ラボでのお仕事 MADMのPLOS ONEの仕事 Osakadaさん筆頭著者の、東原ラボでのお仕事2 TRIOのLC論文 VTAのTRIO 寺田寅彦の科学者とあたま 基礎特別研究員制度 ダルベッコ Liqunの単著の教科書 Editorial notes: 10年近く前の初エンカウンター、いまだに細部を覚えていて自分でも驚きました。宮道さんや小坂田さん(Callaway研)がバリバリ第一線で戦っている姿をあのタイミングで直接観ることができたのは、キャリアの選択の意思決定に強烈に影響したと思います。なお”テキサスを除くメリケン中部”にはあまり住みたくない...というニュアンスであって、オクラホマ大学関係者には謹んでお詫び申し上げます汗 (萩原) 実は宮道先生には学振PD落ちた時(笑)やら留学前やら、色々とキャリアの重要な時期に相談に乗っていただいてます。今回もアドバイスを頂けて非常に勇気づけられました。良い研究をして恩返しできれば!(脇) いろいろとお話しを聞いていただけたので調子に乗って喋りまくってしまいすみません! またラボから論文が出るタイミングで筆頭著者の人たちにスポットライトを当てていただけると幸いです。子育て期の研究両立についてはゲスト増やして座談会とか楽しそうですね。今後もNeuroradioますますのご発展を!(宮道)
02:31:37
July 16, 2021
#17 The same inputs, different outputs
#17 The same inputs, different outputs
ラボミーティング・研究所内セミナー形式についての雑談、フラッシュ論文紹介:海馬における空間・evidence表象、同一の刺激に対する神経活動の揺らぎに関する議論など(6/28収録) Show notes: QRコードによる接種証明 (いわゆるデジタルワクチンパス) UK上がっている G7近くのホテルが閉まる 若手中堅の研究会 (7/9) *世話人を介した登録が必要 生理研の研究会一覧:多様な視点から情動を捉え直す情動研究会(9/15), 記憶・学習の多角的理解に向けたアプローチ(9/16) 今年は現地とZoomのハイブリッド開催。 北西部がおかしい ボストンの気候 フラッシュ論文紹介 宮脇 論文その1:Geometry of abstract learned knowledge in the hippocampus Aronovのnon-spatial mapping論文 Harveyのparietal cortex論文 bioRxiv に上がってるCortexの方の論文 論文その2:Disrupted social memory ensembles in the ventral hippocampus underlie social amnesia in autism-associated Shank3 mutant mice 奥山先生の前のCaイメージング from vCA1 SiegelbaumがCA2でやったSocial Replay Koharaさん(名前間違えた…失敬しました)のCA2論文 論文その3:Spatial-ATAC-seq: spatially resolved chromatin accessibility profiling of tissues at genome scale and cellular level Rong Fanラボ DBiT-seq 萩原 論文その1:Representational drift in primary olfactory cortex 海馬のDrift(Ziv)、ParietalのDrift(Harvey) Visual CortexのDriftに関するZivのbioRxivプレプリント 論文その2:A gradual backward shift of dopamine responses during associative learning Shultzらの仕事に関してはsee #16 shownotes. Temporal Difference Learningに基づいたシミュレーションについての日本語解説 (Juliaで学ぶ計算論的神経科学から)。 論文その3:A functional topography within the cholinergic basal forebrain for processing sensory cues associated with reward and punishment LuoラボのSerotoninの仕事 (なおセロトニン受容体は11種類) Editorial Notes: おたより回、いつかやってみたいですね~(宮脇) 表象のDriftと、spine turnoverのような解剖学的な変化がcorrelativeに観える系があると説得力出そうだな、と思いました。ちなCovidで嗅覚をやられた知人が「感覚は回復したものの、大好きだったショウガの匂いがう◯この匂いに感じるようになってしまいツラい...」と言っており、あー末梢がやられてた間にidentityが保てないレベルで中枢がドリフトしてんだろうな〜と思うなど(萩原)
01:45:58
July 02, 2021
#16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato
#16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato
理研風間研・研エンの仲ポッドキャスターの加藤郁佳さん(@kayautoka)をゲストに、これまでのキャリア、モデル動物選択、これからポスドク先を選ぶにあたっての悩みなどを共有して頂きました。(6/6収録) Show notes: 加藤さん Researchmap 個人HP データベースCPSYMAP:「どの病気のどういう症状に数理モデルがあって、逆にどういうところが欠けているのか」を可視化する、計算論的精神医学のデータベース プレスリリース 知覚神経回路機構研究チーム(風間研) 日常生活の最適化EP:前編 後編 STUTSくん:平成生まれのトラックメーカー 長岡亮介(aka 浮雲、忘るまじおじさん):最近は星野源などのサポートに大活躍。東京事変の2代目ギタリストでもある。 Kording論文EP 元ネタ:Could a Neuroscientist Understand a Microprocessor?  HCI: Human Computer Interfaceのこと 留学関係の所で喋った:海外大学院説明会youtube(53:10-から) JNS:日本神経科学会のこと マッシュルームボディ:昆虫において匂いの記憶および学習を司る脳部位。その名の通りキノコっぽい構造をしている。15個のコンパートメントに異なるDAニューロンが投射する超綺麗な構造。 風間先生のIn vivo  double パッチの論文 Neuronに出てたValence Coding論文 ハエのコネクトーム データベース 論文 ハエのReward predictionエラー論文 Stuberラボ:こんな雰囲気(ノースカロライナ時代の橋川さんの留学記、pdf注意) OFCのMeta reinforcement learning IBL: The International Brain Laboratoryのこと。研究室毎に行動試験の結果にバラつきが出ないようにプロトコルを標準化。3か国、7研究室で行った140匹のマウスの選択のデータベースと共に公開 ハエの個体間比較:Central Complex  や Mushroom body のコンパートメントっぷり 線虫は302個 コネクトーム論文はこれ ヒトのolfaction、嗅球無いのに嗅げている GCaMP7の記事 Hakwan Lau:Professorになりたくないツイートと伏線回収ツイート 意識機構研究チーム7/1スタートで人材募集中 7Tと3Tの比較:だいたい7Tで0.5 mm, 3Tで1 mmの解像度。7Tは臨床応用で承認されている上限だが、最近はもっと強いスキャナーを作ろうとする流れも。 ASSC(国際意識科学会): 意識を科学の土壌に持ってきて議論しようとする学会。 加藤さん強化学習で依存症を説明するモデル論文 インターンで成果が出る:CureApp論文 Editorial notes: あー、最後に「さようなら〜」って言って締めようと思ってたのに完全に忘れてた! (萩原) ハエ脳コネクトームデータじっくり見てみましたが、マウスと違った綺麗さがあって、いいですね…。収録楽しかったです。節目節目でまたやれればうれしいです!(宮脇) 雑談ばかりしてた気がしますが、ノートを見たらサイエンスの話もしてた風でホッとしました笑。風間研での仕事はUnpublishedで話せなかったので、代わりに強化学習の研究の話とかもっとしてもよかったですね。何はともあれ楽しかったです!ぜひ研エンにもゲスト出演お待ちしてます(加藤)
02:02:01
June 28, 2021
#15 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 2
#15 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 2
前回に引き続き、井上夫妻 (@feynman1104 , @s_k_inoue ) をゲストに、これまでとこれからのキャリア、ポスドクのお金事情、アメリカでの子育て、生活tips等について伺いました。(5/28収録) Show notes: Tom Mrsic-FlogelとSonja Hofer:UCLのSainsbury Welcome Centreで共にPIをしている夫妻研究者 Michell Monje:神経活動とグリオーマの増悪の関連などを研究 カールの会社:ClearLight Biotechnologies(CLARITY関連)、MapLight(オプト関連) Inscopix:自由行動下の動物に適用可能な小型顕微鏡を開発している会社 (Schnitzer研のスピンオフ) ベネフィット:福利厚生 J1ビザ:交流訪問者プログラム用のビザ。海外学振などで日本のフェローシップをベースに、日本に帰る前提(建前で良い)でアメリカに行く時はこれ。 H1Bビザ:アメリカで専門技術者として働く際の就労ビザ。普通にポスドクをすると、最初の5年がJ1で6年目に入る時にH1Bに切り替えるケースが多い。 アメリカのポスドクのフェローシップリスト(一例) グリーンカード: アメリカの永住権 NARSAD: 最近The Brain & Behavior Research Foundationに名前を変更したらしい Allen InstituteのNext Generation Leader K99:PhD取得後4年以内の人を対象とした、ポスドクから独立までをサポートするための予算。これを持ってるとジョブが取りやすい…らしい。 HFSP:ポスドクで別の国に移動する人向けのフェローシップ EMBO:ヨーロッパでポスドクをするひと向けのフェローシップ Glassdoor Helen Hay 冠が付くと:Professorの前にヒトの名前が付く。Karlの肩書は D.H. Chen Professor, Georgeの肩書はRobert Winthrop Professor. Breakthrough prize:300万ドル 京都賞:1億円 Amazon Fresh Weee:まささんからの招待はこちら! クレカのまとめサイト JALもしくはANAのUSD建てカード:アメリカでのクレジットヒストリー不要で発行できる。 とれじょ商品 さやかさんオススメびあ1 2 3 GCaMP5論文 ↑1st authorのJasper Akerboom氏が作ったブルワリー会社、その名もjasperyeast ナニーさんのサイト Editorial notes: 前々から、お二人にはいつかお話を伺ってみたいと思っており、一方で、同時出演していただくのは難しいかな~と想像していました。この度は快くダブル出演依頼を引き受けて頂き本当に感謝感謝です。お子様とデイケアの方にも!(宮脇) お金にpriorityを一切置いてないのでこんな職を選んだわけですが、お金の話は意外と楽しくできてしまうという...Cash Is King! (萩原) 後半は生活感がかなり出ていますね(笑)。こういう話は周りに留学している人がいないと聞く機会がないかもしれませんので、海外(アメリカ)に出たいけど普段の生活周りがよくわからず不安がある方に届くと幸いです。色々聞いて頂きありがとうございました!(さやか) いつも聴いているNeuroRadioに我々を取り上げて頂きありがとうございます。非常に和気藹々とした雰囲気の中収録したため、後半になるにつれて、アメリカ生活の思いが溢れてしまいました(笑)。さらに飛躍してまた取り上がられるように精進します!!(まさ)
01:52:12
June 18, 2021
#14 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 1
#14 Dual-career at Stanford: Dr. Sayaka Inoue and Dr. Masatoshi Inoue – Part 1
日本神経科学会の奨励賞を夫妻でそれぞれ受賞した井上昌俊さん(まささん)@feynman1104・井上清香さん(さやかさん)@s_k_inoueをゲストに、お二人の論文の裏話、スタンフォード大学で神経科学を研究する醍醐味などについて伺いました。後半に続きます。(5/28収録) Show notes: 奨励賞リンク Axon Remodelingのお仕事:メスの視床下部腹内側部のプロゲステロン受容体陽性細胞(Progesterone receptor expressing neurons in the ventrolateral portion of the ventromedial hypothalamus: Pvlニューロン)の前腹側室周囲核(Anteroventral periventricular nucleus: AVPV)への投射量が性周期(依存的な性ホルモンの分泌)によって変化することを見出した仕事。AVPVに繋がっている時にPvlが活動することがオスの受け入れに重要。プレシナプス・軸索の大規模な構造的変化が大人で周期的に起こる可能性を示唆。 R-CaMP2:高感度かつ高速度、そしてHill係数が1に近い(Ca濃度と蛍光変化が比例する)赤色遺伝学的Ca2+インジケーターを作成した仕事。従来のインジケーターでは、Ca存在下でMLCK (Myosin light-chain kinase)のM13配列とカルモジュリンが結合することを利用しているが、このインジケーターではM13の代わりにCaMKKのペプチド配列ckkap(を改変したもの)を利用している。 XCaMPs:ckkapをベースとした配列を用いて、R-CaMP2と類似した強みを持つ、青、緑、黄色、赤色のインジケーターを開発したお仕事。更に、これらを開発したからこそ取れるシグナルの応用例をvivoで数多く示している。 尾藤研:神経回路・シナプスの形成原理にイメージングやアンケージング、新規手法開発などによって迫る研究室 Deisseroth lab(D-lab):オプトジェネティクスの開発や組織透明化をはじめ、様々なツールとその王道的な応用例を世に送り出し続ける研究室 森憲作先生: 匂い情報を処理する嗅球、嗅皮質、その他情動に関する脳領域を分子生物学的な手法や電気生理学的手法を用いて研究。既に退官 Nirao Shah lab:脳の性的二型や、オス・メスの社会的行動の遺伝学的、経験依存的な制御機構の解明。2016年にUCSFからStanfordに異動。 Zach Knightラボ:摂食・摂水行動、体温調節など、体のホメオスタシスが脳によってどのように制御されるかを研究しているラボ。活動したニューロンのmRNAを捉える技術開発(Ribo-tag, Soma-tag)などでも有名。 Axon Remodeling先行研究:例えばSvobodaラボやKomiyamaラボのvivoイメージング論文 Dendritic spine先行研究:Woollyらが海馬で、Matsumoto and Araiが視床下部弓状核で、性周期に伴いdendritic spineが増減することをHistologyを用いて示した論文など KimchiとOferの論文: AVPVのTHポジティブ細胞がメス、かつ母親マウスにおいて増えており、養育行動に重要であることを示した 2018年 AVPVのkiss peptin論文 GENIE:ツール開発のためにめちゃくちゃタンパク質をエンジニアリングするジャネリアのプロジェクト GCaMP6の論文 ·喜多村先生:HäusserラボでShadow patchを開発したin vivo 2p targeted パッチのパイオニア Joint Program: 2つのラボに所属してそれぞれのPIの指導の元で研究を行うこと Peter Hegemann:チャネロドを見つけた人(1、2) Gero Miesenböck:ハエでoptical control of neuronal activityをやった人。P2X2/ TRPV1を使用 Editorial notes:  "さやかさん"と呼ぶと思わず笑ってしまうのは、魔法少女ですか?となってしまうから。ソウルジェムがにごって魔女化しないことを切に願っております (萩原) 収録中にルンバが動き出してとても焦りました(宮脇) とても楽しかったです!緊張のせいか(?)、自分の日本語が不自由すぎてびっくりしました。お二人とも質問上手、聞き上手で楽しく話させて頂きました。ありがとうございました!!(さやか) 夫婦でインタビューを受けるというのは人生初イベントでした。お二人の力によりインタビュイーでしたが、普段聞けないことが聞けて良かったです。(まさ)
01:16:49
June 11, 2021
#13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review
#13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review
扁桃体Intercalted clusters (ITC) の亜核ITCdm/ITCvm  (背側核/腹側核)が真逆の機能を持つこと、相互抑制の回路モチーフを持つこと、異なる投射先を協調制御していること等を報告した自身の最近の仕事について、萩原が裏話も交えながら紹介。 Shoe notes: Intercalated amygdala clusters orchestrate a switch in fear state 神経科学トピックス...日本語の解説記事@神経科学学会 Andreas Lüthiラボ Lüthiラボからの扁桃体回路レビュー(2015年) Pareの仕事↓ オピオイド受容体の発現を利用した毒素によってITCを破壊した仕事 ITCがBLA->CeAのImpulseを制御しているというgating仮説 スライスでExtinctionに相関した可塑性を見つけた天野さんの仕事 奇跡的にITCからvivoで電気記録を行なった仕事 Fear Conditioning(恐怖学習)の用語補足↓ CS: conditioned stimulus. 連合学習前にはneutralであることが求められる。主に音(tone)が使われる。 US: unconditioned stimulus. 学習を必要とせずイヤな(aversive)刺激、例えば電気ショック(foot shock)、苦味、天敵の匂い、など Extinction、(恐怖)消去。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。CSがもう恐怖を予測しないという新たな上塗り学習のこと。オリジナルの連合学習記憶が消えるわけではない。 Relapse: 消去された恐怖記憶が復活してしまうこと。実験パラダイムとしてはspontaneous recovery, reinstatement等いろいろある。この総説(Maren and Holmes)のFig1がよくまとまっている。 PTSD: Post-Traumatic Stress Disorder. USベテランの15%弱、またUS国民の11人に1人が生涯で一度は発症するとされる。 シンガーソングライターJoseph LeDoux: LeDoux2000 に集約される一連の仕事を行なった分野の創始者。最近は本を書いたり、バンド活動をメインにしている…? 2005年のScience. Rumpel, LeDoux, Zador, Malinow Schnitzer研とのコラボ論文 初期のMiniscopeの論文 Ghosh et al., Ziv et al. CUBICによる透明化と抗体染色。ここでは初代プロトコルを少し改変して使用。 FoxP2-Cre line by Palmiterラボ。FoxP2は転写因子の一種。 Andrew Holmes: 薬理遺伝学(KORD/DREADD)コラボ相手。NIHのPrinciple Investigator Ingrid Ehrlich: スライス実験コラボ相手。 Kay TyeのNature. BLA to CeM/NAcの解析。 BLA to PL/ILのキャラクタライズ Senn et al. 2014 Neuron Fiber Photometry: バルクでCaシグナルを測る技術. Single-cellの解像度はないが、感度が高く、何より簡単。 Rebuttal,論文リバイズの際にreviewerコメントにpoint-by-pointで答える反証レター。 AMPA/NMDA ratio: 興奮性(Glutermatergic)シナプスの長期増強を反映する Opponent-process theory of motivation. Solomon and Corbit 1974 利根川研のReward engramとextinctionの共通性に関する論文。 Editorial notes: 論文、発見自体の面白さもそうですが、Extended Data含め、萩原さんのFigへのこだわりや実験の上手さがダダ洩れな感じが非常に良かったです。改めておめです~(宮脇) 気にしないようにしてますが、自分の仕事を語るのはやっぱりちょっと気恥ずかしいですね。そういえば、GRCは学会で見聞きしたことを口外してはならんという誓約書にサインするはずですが、今や誰も守ってないからまあいっか。あはは。 (萩原)
01:49:08
May 26, 2021
#12 Retrospection on Retroinfection
#12 Retrospection on Retroinfection
前回の補足も兼ねて、Pseudo-typed Rabies Virusの原理と、その開発の歴史、今後の展望について萩原がサクッと解説。(5/22収録) Show notes: G-deleted rabies virus の開発・応用の第一人者であるEd CallawayとLiqun Luoによるレビュー論文。今回の企画は主にこの総説に沿って話しています。 ミルウォーキープロトコル(wiki) 。n=1と言ってますが、その後改良版が試され、これまで6人助かってるようです(n~50)。獣医学会のコラムが興味深い:狂犬病を発病した患者の最初の回復例 小坂田さん...Callaway研でRabiesのvariant作成論文を書かれて、世界中でリソースが使われて共同研究をされている。現・名古屋大。 AnteroにトブHSVを使ったAndermannの仕事。Hypothal->PVT->BLA->Insular経路の証明。HSV(H129ΔTK)自体はDJAが開発。 最初のG-deleted Rabies開発論文。Wickersham/Callaway. 2007a 2007b プレの中の一部の細胞種を標識する技術の開発論文。MPIフロリダ・谷口研。 宮道先生:LiqunラボにてAAVを用いたTVA・Gタンパク発現によるスターター細胞の限局、およびTVAの点変異によるその改良などを行った、pseudo-typed rabies virusによるサーキットトレーシングのパイオニア。帰国後もpseudo typed rabiesを用いた仕事を展開。 SADの細胞毒性に対応するために最恐CVS株を使ったコロンビア大の仕事。低毒性に加えてCVSのGタンパクはシナプス間のトビがよさそうという利点も。 Callawayによる初期の総説。 細胞毒性を減らすためにLタンパクも欠損させたSAD株。MIT・Wickershamラボ。Lはpolymeraseをコードしており、おそらくreplicationがほぼ0になることがtoxicity低下に効いていると考えられるが、そのため発現量が低く、基本的にはrecombinaseの発現向け。またLは長く(~6k)、AAVに乗らない。 Self inactivation(SiR)によって毒性回避するストラテジー。PESTをつけることで、細胞のタンパク分解作用を利用してvirusを分解させる。Tripodiラボ。 WickershamによるSiRへの疑義プレプリント。 上記プレプリントに対するTripodiラボからの更なる反論プレプリント。その後どうなったんだろう。 Editorial notes: "生綿"で首を絞める...とは...? (萩原) SiR, TDEのラッパーを連想します (宮脇)
29:46
May 24, 2021
#11 Sequencing the Connectome
#11 Sequencing the Connectome
シーケンシングによって(神経)細胞の繋がり方・投射様式を調べる方法について。Zadorラボから報告されているMAPseq等の手法を一通りおさらいした後、Quintanaラボから報告されたRABID-seq論文を紹介。(収録:5/15) Show notes: RABID-seq: Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation MAPseq論文: High-Throughput Mapping of Single-Neuron Projections by Sequencing of Barcoded RNA BRICseq論文: BRICseq Bridges Brain-wide Interregional Connectivity to Neural Activity and Gene Expression in Single Animals BARseq論文: High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing 2はこちら SYNseq論文: Using high-throughput barcode sequencing to efficiently map connectomes 最初のオピニオン論文: Sequencing the Connectome Anthony Zador: ラボHPはこちら Brainbow: 確率的に起こる組換えを利用して各細胞毎に別々の蛍光タンパク質の組み合わせを発現させる手法。 Zadorのトーク: 該当部分は16:40- 関係ないけどStriatumの仕事のトーク(裏話を含む)も面白い Francis Quintanaラボ Paperpile: 文献管理ソフト。 引用されていない先行研究: VHDBはこれが初出? EAE: 中枢神経組織に対する免疫を作ることにより生じる脳炎。Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein (MOG) の一部のペプチド配列、アジュバント、百日咳毒素のエマルジョンを打ち込むと14日で誘導できる。多発性硬化症のモデルとしてよく用いられる。ちゃんとMultifocal&Randomだそうです。 多発性硬化症(MS):神経変性疾患の一種。詳細なメカニズムは不明だが、Autoreactive T lymphocyteが原因で脱髄が起こることが特徴。 Carandiniの学生の論文 2015年のRoska研のScience GFAPは一部の集団: たとえばこれ Audible: Amazonのオーディオブックサービス The Code Breaker: ダウドナを中心としたCRISPRに関わる人々の話。ウォルター・アイザック著。 DeisserothのProjection HFSPは今年早い: 5/26(米国東海岸時間)に申請開始締切、5/27に申請締切 すまかむらうで etc: 学位を取る時のラテン語、ラテン・オナーズ  LancetになったイスラエルMoHの論文。特に65歳以上では無症候感染への効果は
02:01:52
May 21, 2021
#10 Retrospection of Engrams
#10 Retrospection of Engrams
ゲスト回を振り返ってEngramについて雑談したり、最近目にした面白い論文をフラッシュトーク的に紹介しあったりしました。(収録:4/24) Show Notes: 冒頭雑談 ( - 0:26:25) 変異株に対するワクチンの有効性 、論文 プロテアーゼを一緒に打ち込む: この論文 Nature Medicineでした マシュマロ: 誹謗中傷を自動で除外する匿名コメント機能 (4/29- 受け付けてます!) エングラム雑談 (0:26:35 - ) Sheena Josselyn: 扁桃体等をモデルに記憶を担う細胞について研究。CREB関連の仕事が有名 Richard Semon (1859-1918): 動物学者・進化生物学者。エングラムの存在を予想。 Josselyn/Tonegawaによる総まとめ的総説決定版:Memory engrams: Recalling the past and imagining the future ジフ: 最初期遺伝子の一つ、Zif-268のこと All Optical Physiology: プローブを用いて神経活動を蛍光観察しながら同視野の個々の細胞を光遺伝学的に操作する手法のこと Pattern Completion: 不完全な情報から完全な情報の神経活動パターンを再現すること シーケンシャルな入力があった時に下流が違う 例えばLosonczyのお仕事 Kellerのプレプリント:海馬CA1、V1 利根川研のValence論文 EngramのサイズはPV or SOMにコントロールされる JosselynのEngramテンポラルオーバーラップ論文 Eleven maps for eleven rooms 記録は11部屋で、CA3でした..汗 Fig1が圧巻 Roy/TonegwaのChungとコラボしたdispersed engram complex hypothesisに関するプレプリント 新企画:フラッシュ論文紹介 (1:10:05 - 2:00:13) 萩原 Gloria ChoiのSocial Distance論文 TRHはなんのこっちゃない甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン。 ブラピのゾンビ映画: World War Z (腐トマ) 理研CBS・村山さんのFASHIO2p論文、巨大Obj w/NA0.8! Jerry Chen (+Spencer Smith)の追っかけプレプリント?要はDiesel2pのmultiplexを4にしてきた感じ。 Matt Wilson、電気生理やめるってよ (何故か1p imagingの解析論文出してきた) Grad-CAMの使い方うまい。 MouseのPFCのカテゴリー表象、マウストレーニング芸。Bonhoefferラボ。 HongのSocial Reward論文。Social rewardはgeneral rewardである。 宮脇 RABID-seq ディソる: 細胞をバラバラにする(dissociation)すること Svobodaのrabiesのcaveatに関するブログ。 Carsen & Marius, 視覚皮質で大規模イメージング、集合的活動は正確に見ている縞の角度を判別可能だが行動の結果にはかかわらない。 Lubenovラボ、Kajikawaさんによる論文。Awake Ripple時、CA3で過分極 Neuropixels 2.0、電気生理での同一細胞長期記録 Open Ephys: 電気生理関連のハードウェアやソフトウェアをオープンソースで提供 DAC: デジタル-アナログ変換回路 (あるいはData AQuisition) Editorial Notes: フラッシュトーク、一瞬で終わった気分だったんですが1時間弱やってたんですね(宮脇) これは我ながらいい新企画だと思いました。冒頭の雑談が長いので今回からchapter機能をつけてみました、一思いに飛ばしてください (萩原)
02:06:05
April 30, 2021
#9 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 2
#9 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 2
奥山輝大さん(@Teru_Okuyama)ゲスト回後編。メダカ論文の裏話、利根川進先生と一緒に研究をすること、LOF/GOF一辺倒の研究に対して思うこと、などをお話しいただきました。 Show Notes: もうまんたい…ナインティナイン岡村主演の映画、無問題 (1999年) やくさく…池谷先生が主宰する研究室、薬品作用学教室(薬作)のこと (大学院時代の)大ボス…久保健雄先生のこと 武田研…武田洋幸先生のラボのこと Adult Neurogenesis…生体脳でのニューロン新生。神経幹細胞がニューロンに分化するのは(主に)胎生期から幼年期のみであるが、齧歯類等では、生体脳においても脳室下帯や海馬歯状回で神経新生が起こり、既存の回路に組み込まれる。この機能的意義が2000年頃から報告され始め、2010年頃に盛んに研究されていた。レビューはこちら Paul…神経新生の記憶への関与や、遠隔記憶、CREBなどの研究で有名なトロントのPaul Franklandのこと。Sheena Josselynの夫でもある。 アルバレスブイリヤ…UCSFで神経新生をやっているArturo Alvarez-Buyllaのこと Forward Genetics…ランダムに遺伝子変異を入れ、ある特定の表現型について異常が出た個体に着目し、表現型の責任遺伝子を同定するアプローチのこと ゴナドトロピン…スクリーニングで釣れてきたCXCR4/7が真に効いていた下流、性腺刺激ホルモン放出ホルモン(gonadotropin releasing hormone 3:GnRH3)ニューロンのこと 吉良のタスク…この論文 A Neural Implementation of Wald’s Sequential Probability Ratio Test  シャドレン…コロンビア大(当時UW)のMichael Shadlenのこと。サルで意思決定を研究。 アピール…論文が不当な理由でrejectになった際にエディターに抗議し、判断が覆るよう交渉すること。 Peter Stern…Scienceの神経科学系論文を扱っているエディター オファー…Deisserothラボで以下の仕事をやってWeizmann Instituteで独立したOfer Yizer EI balance and social ~…Neocortical excitation/inhibition balance in information processing and social dysfunction。一度の光照射で長時間開口するStep function opsinを使ってPL/IL神経細胞の興奮と抑制のバランスを変化させ、E/Iの上昇がマウスの社会性を損なわせることを示唆した ハーバードがやらかす…ニュース記事はこちら ”Harvard Draws Backlash for Telling Students 'You May Wish You Weren't Asian' on Anti-Racism Page” 佐々木先生…薬作の佐々木拓哉さんのこと 田尾さん…奥山ラボ助教、田尾賢太郎さんのこと キャサリン…ハーバードのCatherine Dulacのこと。子育て行動の神経基盤などを研究。 デイビッド…CaltechのDavid Andersonのこと。社会性行動、特に性行動、攻撃行動等の神経基盤を研究。 複数個体の記録…この論文とかこの論文とか かりごう…David Andersonラボの苅郷友美さんのこと Inside Out…Buzsakiの本。Podcastでのインタビューはこちら  脳を、外界の情報を処理してoutputを出す器官ではなく、既存の自発的な神経活動パターンを外界の情報や自分の行動に当てはめている器官という見方をしよう…みたいな。 クリストフ・コッホ…Allen InstituteのChristof Kochのこと。『意識』を生み出す神経基盤、意識に対応する神経活動、意識の定量方法の研究など いしきぼう…クリストフ・コッホによる一般向けの本『意識をめぐる冒険』の略 録って出し…未編集で公開すること 洲崎さん…洲崎悦生さん(@Suishess)のこと Editorial Notes: 前編・後編のまさかの大ストーリーになりましたが、後編も聞き直していて楽しかったです。後編では、自分のこれまでの研究者人生を振り返る時間が多かったですが、こうして思い返すと、成功体験よりも失敗体験から学んでいる事が多いですね。関係ないですが、僕はたぶん「無問題」の映画は見たことないです。(奥山) 実は4時間にわたる収録だった今回!収録は勿論、確認作業にもお時間を割いて頂いた奥山先生、そして丁寧なmixをして頂いた萩原さんに改めて感謝感謝です。(宮脇) 数年後にディレクターズカット出せたらいいな〜。(萩原)
01:24:16
April 28, 2021
#8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1
#8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1
東大定量研の奥山輝大さん(@Teru_Okuyama)をゲストに迎え、大学院時代、ポスドク時代、キャリア選択の際に考えていたこと、新PIとしての3年間についてお話しいただきました。後編(Part2)に続きます。 Show Notes: 奥山ラボHP バイリンガルニュース 定量研…東京大学の附置研、定量生命科学研究所のこと。 メダカの性行動の論文…A Neural Mechanism Underlying Mating Preferences for Familiar Individuals in Medaka Fish 奥山さんが博士課程で行った、メダカの『単純接触効果』の神経基盤に迫った仕事。メダカのメスは、配偶者を選択する際、事前に視覚的に認識していた見知ったオスを記憶していて、その求愛を積極的に受け入れる。そのような行動を示さない変異体をフォワード遺伝学により同定し、始原生殖細胞の増減に関わることで有名な遺伝子を釣ってきたが、始原生殖細胞の増減は上記の行動には関係なく、あまり有名でない機能(性腺刺激ホルモン放出ホルモン(GnRH)ニューロン発生への関与)が原因であることを発見。特に、GnRH3ニューロンが正常に発生すること、その特徴的な発火パターンが求愛の拒絶から受入への変化に重要であることを突き止めた。 記憶の論文…Ventral CA1 neurons store social memory 奥山さんがポスドクで行った、マウスが他人を記憶する仕組みに迫った仕事。マウスは、よく知っている相手よりも、知らない新規な相手に近づくという性質を持つ。この行動に、腹側海馬のCA1、特に側坐核に投射する細胞集団が必要であることを、独自の行動試験と光遺伝学によって実証。また、腹側海馬CA1に良く知った相手特異的に活動する細胞が多くいることを、プリズムを用いたCaイメージングと、c-fosプロモーター下で発現し、時間が経つにつれて色が変わるタンパク質(FT-Slow)によって発見。更に、c-fosによってラベルしたこの細胞集団を、人工的に活性化することで記憶を呼び起こしたり、忌避的・嗜好的な情動を他者の記憶の情報に紐づけられることから、腹側CA1の細胞が他者の記憶を保持していることを示した。 鉄緑会…代々木の進学塾 SfN…北米神経科学会(の年会) しゅう(りゅう)の論文…Xue Liuの論文。利根川ラボのエングラム系の一連のお仕事の基礎となった仕事。 フロリアン…Florian Engert のこと すすむ…利根川進のこと 川島くん…ワイツマン研究所の川島尚之さんのこと 透明な魚…例えば:A crystal-clear zebrafish for in vivo imaging スティーブ…利根川研Engram時代を支えたSteve Ramirezのこと。 3チャンバー試験…社会性を定量するための行動試験。檻に閉じ込められたマウスがいる部屋、空の部屋、檻だけがある部屋の3つをつなげて自由に行き来できるようにし、空の部屋に入れられたマウスが、それぞれの部屋に滞在する時間を定量する。 奥山さんが用いた行動試験…典型的な3チャンバーではなく、楕円型のオープンフィールドの両端におりを置いている。 建物の重要性について語る利根川先生 チョークトーク…新PI採用の際、公式の研究発表セミナーとは別に行われる、候補者とPI達の砕けた雰囲気のインタビューのこと。昔はチョークと黒板を使って行われたことから。 チャールズ…チャールズ横山氏のこと。Neuron誌の元editor。理研や東大のWPIにおいて、投稿前の論文をEditor的視点からチェックし、通しやすいように校正を加える。 竹内さん…奥山先生の元指導教官、竹内秀明さんのこと テレビに出た…又吉直樹のヘウレーカ! 岡崎…愛知県岡崎市にある生理研のこと ジャネリアの出してる~…有名な新PI虎の巻。Making the Right Moves 日本神経科学会によせた新PIのインタビュー…神経科学ニュース 2018 No.3 研究室紹介 新米PI奮闘記 (東大・奥山研究室) Kay Tyeが言ってるように…The neural circuitry of social homeostasis: Consequences of acute versus chronic social isolation ボヤいてる Editorial Notes: その後調べてみたら2013SfN@SDでした。奥山&稲垣という1つ上の世代のトップ層(その後のTonegawa研とSvoboda研での活躍はいうまでもない)から受けた刺激と、ポスターを観にきてくれたMargaret Livingstoneが「説明はいらんから黙ってろ!」と怒り出し、無言で15分ほど熟読したのちそのまま立ち去ったというエピソードが初SfNの思ひで2トップ。(萩原) 塾の授業前にペンギンが海中から氷の上に次々乗っかっていく動画を見せてもらったような思い出があります。授業内容との関係は…たぶんあったと思います (宮脇) 飲み友達と居酒屋でビール片手に話してるみたいな内容のトークになってしまいましたが、やってる本人としては非常に楽しかったです。またこのような飲み会がSfnや日本神経科学学会の夜にできることを祈りつつ!(ラジオ聞いてる時から思っていましたが、萩原氏の声はRadwinpsの野田洋次郎に似ていると思うのです)(奥山)
01:03:06
April 21, 2021
#7 Fireside Chat with Dr. Kazumasa Z. Tanaka
#7 Fireside Chat with Dr. Kazumasa Z. Tanaka
OISTの田中和正さん(@Kazu_ZT)をゲストにお招きし、OISTの研究環境、新PIのラボ運営、これからの研究方針、過去の研究の裏話などについて伺いました Show notes: 脳のハードドライブの仕組みと理由を探る...田中さんのインタビュー記事 田中さんのラボHP Cortical representations are reinstated by the hippocampus during memory retrieval …田中さんの大学院時代の業績。Neuron論文。fos-tTA, tetO-H2B-GFP, tetO-Creの3重トランスジェニックマウスのCA1に、Cre依存的に機能するArchTをAAVにより導入。文脈的恐怖条件づけの想起時に海馬CA1のfos陽性細胞を抑制すると、海馬外の領域(皮質・海馬台・偏桃体など)において、記憶の獲得時にfosプロモーターが動いていた細胞と想起時にcFosを発現する細胞のオーバーラップ率が低下することを示した。 The hippocampal engram maps experience but not place…田中さんのポスドク時代の業績。Science論文。fos陽性細胞にChR2を発現するマウスを新規環境に暴露して、翌日に同じ環境あるいは別の環境に暴露した後に、光刺激に対する応答性によってCA1のfos陽性細胞を同定。電気生理的な性質を記録。特に、fos陽性細胞は文脈に対応した活動を示すが、場所受容野に関してはリマッピングが行われていることを示した。記憶痕跡と呼ばれている細胞集団が運んでいる情報が場所というよりも環境(文脈)をエンコードしていることを示唆。 海馬の記憶エングラムは経験の表象へのインデックスである…田中さんによるSciecne論文の日本語解説 c-fos…神経活動依存的に発現する(とされる)最初期遺伝子(immediate early gene)の一種 OIST…沖縄科学技術大学院大学。5年一貫制の博士課程を有する大学院大学。2012年から大学院生の受入を開始。神経科学、数学・計算科学、化学、分子・細胞・発生生物学、環境・生態学、物理学、海洋科学、などを主要な研究分野とする。構成員の半数以上が日本人以外からなる国際性も特徴。 ブジャーキ…‪Gyorgy Buzsakiのこと。記憶の2ステージモデルをはじめ様々な概念を提唱、実験的証拠を示してきた記憶研究の大御所。 Systems Consolidation…過去の情報の脳内表現が、近時記憶を司る海馬から遠隔記憶を司る皮質へと移されるプロセス。あるいは、記憶固定時の海馬と海馬外領域の関わり方が記憶の脱文脈化や時間とともに変化するプロセス。シナプスレベルでの情報の固定とは異なる。 memory engram…記憶痕跡。研究によって定義は微妙に異なるが、ここではfos陽性細胞のこと remapping…場所細胞の場所受容野が変化すること index仮説…エピソード記憶を構成する情報は海馬ではなく大脳皮質に保存されていて、海馬にはそれらを呼び起こすためのインデックス(索引)が記録されているとする考え方 ブライアン…田中さんの大学院時代のアドバイザー、Brian Wiltgenのこと トム…田中さんのポスドクアドバイザーだったThomas McHughのこと Neurobiology of Learning and Memory II...田中さんの講義シラバス いずみ先生:OISTの福永泉美先生のこと two-body problem…カップルが双方のキャリアを築こうとした際に生じる地理的な問題etc Optogenetic stimulation of a hippocampal engram activates fear memory recall...利根川先生達のEngram論文 Generation of a Synthetic Memory Trace…MayfordのEngram論文 Direct Reactivation of a Coherent Neocortical Memory of Context...田中さんのNeuron論文と同じ号に掲載された似たコンセプトの論文、Mayfordラボ。 Hippocampal Memory Traces Are Differentially Modulated by Experience, Time, and Adult Neurogenesis...Henの論文 NIH grant…アメリカの生物医学、公衆衛生科学研究の主要な資金源 R01 grant…主要なNIH grant。PIに対して与えられる。規模は科研費基盤Sくらい。これを取れて一人前、という雰囲気は無きにしも非ず。 くゎんそう茶…沖縄では眠りを誘う野菜として食されている野菜をお茶にしたもの。田中さんが愛飲されているくゎんそう茶はこちら。 OISTのPI募集...4/30まで! 2022年のJNS…Neuro2022 (第45回日本神経科学大会、第63回日本神経化学会大会、第32回日本神経回路学会大会) は2022年6月30日 (木)~7月3日(日)に沖縄コンベンションセンターにて Editorial Notes: ニライカナイ!今学部生に戻ったら元ラボと田中先生のラボで迷ってただろうな(宮脇) 独立直後にしてラボメンバーのネタは基本的に自由、という器のデカさにびっくり!Neuro2022でオフ会@那覇でも企画してブチ上がれる世界線になることを期待(萩原) とても楽しかったです!ゲストに呼んで頂きありがとうございました。みんなが自分の興味の赴くままに楽しく研究のできる環境を作っていきたいです。面白いアイデアを持つ優秀なメンバーに恵まれ、PIとしての腕を試されている毎日です。今後の成果にご期待ください。(怒られ回避のために付け加えておくと、研究室内の研究テーマは全て私の研究構想の範疇です!) (田中)
01:58:21
April 09, 2021
#6 You can (not) watch the movie
#6 You can (not) watch the movie
雑談回。エヴァ(観てない)、シン・ゴジラ、ボストンの海鮮、ワクチン、ヘイトクライム等について。 Show Notes: Evangelion 3.0+1.0 Thrice Upon A Time...本当に見たい 鷺巣詩郎...エヴァの音楽作ってる人。さぎすしろう。 巨神兵東京に現わる...庵野監督による特撮作品 Union Oyster House...ボストンのシーフードの老舗 Legal Sea Foods...村上春樹もよく行っている(た)というシーフード店。(「ラオスにいったい何があるんですか?」に収録) アストラゼネカ製ワクチンと血栓症には因果関係は認められず、リスクがメリットを上回るため基本的には継続使用を推奨するというWHOのレポート。(*3/20時点での情報なので最新の情報にアクセスするようにしてください) Associations of the BNT162b2 COVID-19 vaccine effectiveness with patient age and comorbidities...medRxivのイスラエルにおけるPfizar-BioNTechのBNT162b2のCOVID疫学プレプリント。ここまで効果的とは...mRNAすごい。 White supremacy and hate are haunting Asian Americans...在米アジア人は気をつけましょう Editorial Notes: 巨神兵東京に現る、はシン・ゴジラじゃなくてQとの同時公開でしたね…記憶力を強くしたい…(宮脇) >Qとの同時公開  うーん、すると観てるはずなんですが記憶にない... シン・ゴジラのキャスティングはほぼほぼ全員よかったのですが、特にノーメイク+前髪脂ぎってベタベタになった市川実日子が、人の肌の陰影のコントラストをやたらに高めた画作りも相まって最高に味が出ていてよかったですね。あと高橋一生は2枚目でない変人をやらせた方がハマる、というのを再確認。  (萩原)
31:40
March 30, 2021
#5 Mapping the spatial transcriptomics
#5 Mapping the spatial transcriptomics
10000種類以上のmRNAをsubcellular resolutionで解析できそうなSpatial transcriptomicsの手法について、5つの原理に分けて簡単にレビュー。 Show Notes: 1. RNAのcDNAを環状にして増幅、SOLiDでin situ sequencing Highly Multiplexed Subcellular RNA Sequencing in Situ...FISSEQ。George Churchラボ。 Rolling Circle Amplification...環状にした一本鎖DNAテンプレートに対して一方向にポリメラーゼで増幅をかけ、何周もさせることにより、巨大なアンプリコンを作成する手法 Next Gen SOLiD DNA Sequencing Method Explained...SOLiDの原理説明動画。In Situ Sequencingの文脈で関連があるのは 5:18~。 Expansion sequencing: Spatially precise in situ transcriptomics in intact biological systems...Boyden+Churchラボ。UntargetedとTargetedの2種類があるが、前者はFISSEQ+ExM。後者は次の原理を利用。 Expansion microscopy...サンプルを大きくすることにより実効的な解像度を上げる手法 2. Padlock ProbeでmRNAとDNAバーコードを対応付けてin situ sequencing Padlock Probe...末端の配列が、隣接する標的配列を持つオリゴヌクレオチド。標的配列にハイブリダイゼーションすると"ブリッジ"するような形になり、ライゲーションによって環状化できる。 In situ sequencing for RNA analysis in preserved tissue and cells...Padlock Probeを作ったMats Nillsonたちによるin situ sequencing Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states...DeisserothラボのSTARmap。PadlockやSOLiDについて改良。 High-Throughput Mapping of Long-Range Neuronal Projection Using In Situ Sequencing...BARseq。Zadorラボ。MAPseqによって既に細胞に発現させているRNAのバーコードをpadlockに取り込み、増幅。内在性のmRNAも一緒に読める。 MAPseq...ある領域のニューロンをRNAバーコーディングし、投射先の組織からシーケンシングすることによって、個々の細胞の投射パターンを一挙に調べる手法。 3. 最初にhybridizeするプローブにバーコードの組み合わせを持たせ、更にバーコードに対するhybridizationを複数回行う Researchat #54...同じく生物学系ポッドキャスト。SeqFISH, MERFISHあたりの技術がわかりやすく解説されている。 Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells...MERFISH。Xiaowei Zhuangラボ。 Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH...seqFISH plus。Long Caiラボ。訂正:分離できるのは60C4個ではなく3×20^(4-1)個。 smFISH...一つのmRNAに対して何個もハイブリダイズプローブを結合させることによりシグナル増幅を行う手法 4. 座標ごとにバーコードをつけたスライドガラスに組織を貼り付ける Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics...Spatial Transcriptomics. Frisenラボ。 Slide-seq...Fei Chen+Macosko。Drop-seqの技術を応用。解像度10 um。 5. mRNA同士の近さをDNAで記録し、距離行列を次元削減 Researchat #16...DNA microscopy回。 DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction...Regev, Zhangラボ。Overhang PCRでmRNAの距離情報をPCR産物として記録。 A DNA nanoscope via auto-cycling proximity recording...DNA nanoscope。Yinラボ。Auto-cling proximity recordingを利用。 Nature Reviews drug discoveryによる直近のAviv Regevのインタビュー記事。 その他 EASI-FISH..,見られるmRNAの数に限りはあるが、300 um厚の切片に適用可能。 Editorial Notes: 一般にSpatial Transcriptomicsというと、マイクロダイセクションをベースとしたものや、scRNAseqのデータから座標をcomputationalに推定する、という方法も含みます。今回は1細胞解像度を担保できなさそう、ってことで割愛(宮脇) 当初このネタでポッドキャストをキックオフしようかと思っていましたが、直前にresearchatパイセンの#54を発見し、あまりにもコンセプトが被っていてかつわかりやすかったので、神経科学への応用に寄せて寄せて無事お披露目となりました汗(萩原)
57:40
March 30, 2021
#4 What is cell-type? – Transcriptome meets neurophysiology
#4 What is cell-type? – Transcriptome meets neurophysiology
ニューロンの細胞種はどう定義されるのか?萩原が in vivo Caイメージングとspatial transcriptomicsを組み合わせた研究2報を紹介しながら議論。トランスクリプトーム回の前編。 Show Notes: ・Dense Functional and Molecular Readout of a Circuit Hub in Sensory Cortex...今回メインで話題にした論文その1。CRACK: Comprehensive Readout of Activity and Cell Type Markers. (Jerry Chenラボ) ・Behavioral state coding by molecularly defined paraventricular hypothalamic cell type ensembles...今回メインで話題にした論文その2。CaRMA: Calcium and RNA multiplexed activity (Scott Sternsonラボ) ・Allen Institute for Brain Science...ポール・アレンの寄付によるシアトルにある研究所。脳のアトラス・マップ等のデータベース作り、Aiシリーズのマウスライン作りを中心に大規模リソースの提供を行っている。 ・Genetic Dissection of Neural Circuits...神経回路理解への遺伝学的アプローチのレビュー。Luo, Callaway, Svobodaらの2008年時点での見解。細胞種とは何か、という議論も。 ・Genetic Dissection of Neural Circuits: A Decade of Progress...同著者らによる2018年時点での10年間の振り返りと未来への展望。 ・t-type...遺伝子発現(transcriptome)により定義される神経細胞の細胞種 (by Allen) ・me-type...形態および電気生理的性質(morpho-electric)により定義される神経細胞の細胞種 (by Allen) ・生理研のKawaguchi, Kubota, Kondoらによる細胞種分類の先駆け的な仕事。1, 2, 3 ・Integrated Morphoelectric and Transcriptomic Classification of Cortical GABAergic Cells...Allen InstituteのPatch-seq論文。大量の抑制性ニューロンについてmet-typeの分類を試みた。 ・Phenotypic variation of transcriptomic cell types in mouse motor cortex...上とペアになるToliasらのPatch-seq論文。M1の興奮性/抑制性ニューロンについて。 ・Spatial Transcriptomes...様々な種類のmRNAの空間局在を見る手法 ・HCR v3...Hybridization chain reactionの略。FISHシグナル増幅手法の一種。v3はコンポーネント数が増えておりSN比が高い ・Janelia...HHMIによる研究所。各ラボのサイズを小さく保ち、プラットフォーム・プロジェクト・コアファシリティに重点を置く実験的・革新的な研究所。ハエの遺伝学およびGCaMPのアップデート等のリソース提供による分野への貢献も大きい。 ・RNAscope...FISHシグナル増幅手法の一種。Z型のプローブを用いるのが特徴。 ・GRINレンズ...視床など脳深部からCaイメージングをする際、脳へのダメージを最小限にするために脳表から刺入する内視鏡のこと。 ・Sensory coding mechanisms revealed by optical tagging of physiologically defined neuronal types...GCaMP-2A-PAmCherry  (photoactivatable mCherry)  発現->Caイメージング->局所的な光照射によるsingle-cell解像度でのPAmCherryのphotoactivation->  FACS -> RNAseqにより、ex  vivoカルシウムイメージングの結果を受けて特定の細胞種を標識し、その遺伝子発現プロファイルを調べる手法を作成。(Tim  Holyラボ) ・RecV recombinase system for in vivo targeted optogenomic modifications of single cells or cell populations...光で会合するタンパク質VVDとsplit-Creを結合し、光照射によって活性を持つリコンビナーゼを作った論文。in vivo, 2photon刺激でも動いていそう。(Ali CetinらAllen, Stanford) ・Allenによるenhancerを利用したsubclassへのgenetic accessとAAVの作成。Creラインが要らなくなる日も近いか。 ・HongKui Zeng's #WWNDev​ Forum on March 11th 2021...HongKui Zengによる最新のAllen Insituteのshowcase。1時間のトークに現状の全てがいっぱいに詰め込まれていてThe answer感漂う仕上がり。 Editorial Notes: ・FISHプローブ剥がすのって比較的容易にできるんですね(宮脇) ・XXX-seqという手法が大量に出てくるのですが、どうもXXXスィークと流暢に言えずXXXセックと呼んでしまうのをやめたい。'下ネタ言おうとして踏みとどまったおじさん'みたいに見えてないか心配です(嘘)   尚、宮脇さんは'sick'と言いがちですが、病気なのか、あるいは"ヤバい"というポジティブなニュアンスを今風に付加しているのかは謎 (萩原)
01:14:14
March 24, 2021
#3 Covid19 dominates everything
#3 Covid19 dominates everything
パンデミックの影響に関して雑談。ヨーロッパでロックダウンの影響をもろに受けた萩原と、パンデミック下にオンラインポスドクインタビュー・ボストン留学開始を経験した宮脇がそれぞれ雑感を話しています。 Show notes: Salary Cap, Stipends, & Training Funds...米ポスドクの賃金目安 OIST...沖縄科学技術大学院大学のこと Maruichi...ボストンの日本食材スーパー Editorial notes: 早くワクチンが行き届いて、少しでも早く以前の日常に近い日々が戻るといいのですが。ちなみにinterviewをしたのは2019年ではなく、2020年1月の間違い...。 萩原 リポフェクションやアデノウイルスの打ち込み、される側になるとは思ってもみませんでした。宮脇
27:53
March 08, 2021
#2 The grid cells are a torus
#2 The grid cells are a torus
論文紹介#1。"グリッド細胞の集合的な活動がドーナツ型になる" ことを示したプレプリントについて話しています。 Show notes グリッド細胞...内側嗅内皮質(MEC)にあるニューロンで、動物がいる場所に反応して活動する。一つの細胞が反応する場所は規則的に並んでおり、平行四辺形の格子(グリッド)の格子点に一致するのが特徴。 トーラス...ドーナツ(の表面)の形。 アトラクター・ネットワーク...時間に依存して状態を変化させるシステム(例:相互に結合するニューロンの活動)のうち、あるいくつかの特定の状態に落ち着く性質を持つもの。 コンティニュアス・アトラクター・ネットワーク...アトラクター・ネットワークの一種で、収束した状態を取るが、ある収束した状態から、それに近い別の収束状態へと遷移していく性質を持つもの。 Neuropixels...生きた動物の脳から神経細胞の電気的な活動(細胞外電位)を記録できる電極。1000, あるいは5000以上という大量の記録部位を持つ。 次元削減...大量の神経細胞の活動の時系列データは即ち "(神経細胞の個数)次元のデータ"だが、3次元以上のデータがもつ特徴を人間が直観的に認識するのは難しい。次元削減は、高次元のデータを、その特徴を保ったまま低次元データに置き換える手法。 Toroidal topology of population activity in grid cells...今回話題にした論文 本年度のノーベル生理学・医学賞の解説...場所細胞・グリッド細胞の解説 海馬体-嗅内皮質における空間認知システム...グリッド細胞の日本語レビュー Path integration and the neural basis of the 'cognitive map'...空間を表現する Continuous Attractive Network がトーラスになる理由など The entorhinal grid map is discretized...グリッド細胞のモジュール性を報告した論文 Neuropixels 2.0: A miniaturized high-density probe for stable, long-term brain recordings...最新版Neuropixelsに関するプレプリント UMAP Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction | SciPy 2018 |...著者によるUMAPの解説 「柔らかいトポロジーの穴から眺める世界」...トポロジーの専門家、平岡裕章先生によるトポロジー講義 Editorial notes いきなりややマニアックな内容でしたが、圧倒的な論文で楽しかったです。宮脇さんがかなりちゃんと準備してきてくれたので今後の論文紹介回のハードルが...僕はここから徐々に下げていきます。ジェンダーニュートラルな表現を心がけてはいるのですが、「元妻」という響きはなんとなくエグいので「元奥さん」と言っていますが特に他意はないです。 萩原 マサチューセッツ州のドーナツ市場はダンキンドーナツ一強です。フレンチクルーラーやポンデリングも食べたいです。宮脇
51:41
March 08, 2021
#1 Reading journals similarly to weekly comics
#1 Reading journals similarly to weekly comics
ポッドキャスト紹介回として、主にポッドキャストを始めた動機に関して2人で話しました。今後予定しているコンテンツ、等 Show notes: Friedrich Miescher Institute...スイスのバーゼルにある研究機関。神経科学、定量生物学、エピジェネティクス等の研究に注力。 Wyss Insititute...アメリカのボストンにある研究機関。生命科学にインスパイアされたものづくりと、それを基にした起業支援に注力。 Rebuild...ウェブ開発、プログラミング、モバイル、ガジェットなどにフォーカスしたテクノロジー系ポッドキャスト。 Dissect...有名な洋楽アルバムについて、1曲ずつその音楽的な工夫や詞の背景などを解説するポッドキャスト。 バイリンガルニュース...日本語と英語でニュースを紹介した後、マイケルは英語でマミは日本語でバイリンガル形式でコメントするポッドキャスト。 etwas luminous Fluxus...萩原のやっているバンド。ちょうスローペースで活動中。 Editorial notes: 硬さはそのうち取れていく、はず…。はず…。宮脇 100回くらいやってれば慣れそう(遠い目)。ちなみにジングルは素材をShinji Kuriyama(from etwas luminous Fluxus)に提供してもらって作りました。 萩原
18:48
March 08, 2021