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By NeuroRadio

米国シアトル・ボストン在住の神経科学者2人によるポッドキャスト。
最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。
感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。
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#48 In search of thalamo-cortical computational principles

NeuroRadioOct 17, 2022

00:00
01:31:38
#73 The yellow light for RdLight

#73 The yellow light for RdLight

健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)

Show Notes (番組HP):

文献紹介パート


Editorial Notes:

  • ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)
  • 引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
Mar 26, 202402:39:40
#72 Collaborative professionalism in neuroscience

#72 Collaborative professionalism in neuroscience

北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)


Show Notes (完全版):


Editorial Notes

  • この度は貴重な機会を頂き、有難うございました！過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)
  • 自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)
  • 生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
Feb 20, 202402:42:19
#71 My Favorite Things 2023

#71 My Favorite Things 2023

新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)


Show Notes (番組HP):

2023年宮脇お気に入りアルバム 10選


2023年萩原おすすめYouTube 5選

Editorial Notes:

  • 今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)
  • 2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
Jan 18, 202402:11:17
#70 Transmission

#70 Transmission

有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)

Show Notes (番組HP):

雑談パート

論文紹介パート

Editorial Notes:

  • マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)
  • 昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
Dec 19, 202302:52:23
#69 PhD programme at the Centre

#69 PhD programme at the Centre

University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim)  ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)


Show Notes (番組HP):


Editorial Notes:

  • LUCY観た人いたら連絡してください笑（中野）
  • Georg推し人間みたいな感じになってしまいました（黒田）
  • ２人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです（脇）
  • 新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました（萩）
Nov 30, 202302:16:38
#68 Foraging under the Sun

#68 Foraging under the Sun

UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori,  gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など（11/10 収録）


Show Notes (番組HP)

Editorial Notes:

  • また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください！(服部)
  • 手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)
  • 僕は爬虫類やや苦手です(萩)
Nov 22, 202301:44:52
#67 You've come a long way

#67 You've come a long way

Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)


Show Notes (番組HP):

論文紹介パート

Editorial Notes:

  • 風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね（脇）
  • 爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
Oct 21, 202302:42:33
#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2

#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2

定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活１年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)

Show Notes (番組HP):

ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons

Editorial Notes:

  • 文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね！(北沢)
  • BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…？Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体２種類を使ってるのも若干気になります (脇)
  • 北沢娘から2人称「あなた！」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
Oct 14, 202302:58:57
#65 Dual-career PIs in St. Louis

#65 Dual-career PIs in St. Louis

Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん（@feynman1104）と井上清香さん（@s_k_inoue）がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど（9/5 収録）

Show Notes (番組HP):

ジョブハント編

新ラボ宣伝編

Editorial Notes:

  • 自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか（？）あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌)
  • NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です！興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清)
  • ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました！またよろしくお願いします。 (脇)
  • UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩)
Sep 28, 202303:02:26
#64 Foraging for the Sun

#64 Foraging for the Sun

UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori,  gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など（8/27 収録）

Show Notes (番組HP):

Ediitorial Notes:

  • 長い時間インタビューしていただきありがとうございました！大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです！ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。（服部）
  • チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます（ただし夏に限る）。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇)
  • そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原)
Sep 23, 202302:20:38
#63 Beyond predictions - Part 2

#63 Beyond predictions - Part 2

古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP＋LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など（9/2 収録） Show Notes (番組HP):

Editorial notes:

  • NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古)
  • 予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇)
  • しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩)
Sep 09, 202302:35:56
#62 Beyond predictions - Part 1

#62 Beyond predictions - Part 1

Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI（TomとSonja）のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました（9/2 収録）

Show Notes (番組HP):

Editorial Notes:

  • ライミングを含め色々猛省します! (古)
  • 合同セミナーでの「発表前に靭帯切れてG先生ブチ切れ」というイントロを謎に覚えています（脇）
  • 一度は住んでみたい土地: ロンドン・京都 (萩)
Sep 09, 202301:45:02
#61 August Green

#61 August Green

一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム？、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)


Show Notes (番組HP):

論文紹介パート

Editorial Notes:

  • PETによるイメージング、学部で習ってたっぽいですね。N先生すみません！ (脇)
  • 日本の夏は白桃が最高でした。体重はもう戻りました。(萩)
Sep 02, 202301:55:16
#60 Minds Meet Weeds - Part 2

#60 Minds Meet Weeds - Part 2

登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)

Show Notes (番組HP):

Editorial Notes:

  • 分野の垣根を越えて色々お話できて楽しかったです。ラボ立ち上げメンバーを募集してるので少しでも興味のある方はぜひご連絡ください！韻は踏めなくても大丈夫です。（登）
  • 鎮座ドープネスから草は繋げられましたね…アラビドプシスじゃなくてカ◯ビス(脇)
  • 次回以降の宮脇ラップに乞うご期待だYo (萩)
Jul 18, 202301:36:24
#59 Minds Meet Weeds - Part 1

#59 Minds Meet Weeds - Part 1

Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)


Show Notes (番組HP):

Editorial Notes:

  • これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう！（登）
  • 次会えそうな時は感染症に気をつけます！ (脇)
  • そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
Jul 11, 202302:46:55
#58 Not necessarily necessary

#58 Not necessarily necessary

ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)

Show Notes (番組HP):

論文紹介パート

Editorial Notes:

  • Dayu Linラボ関係者におかれましてはすんません。内容は全然いいんじゃないでしょうか。読んでないけど。 (萩)
  • 自作ワークステーションに愛着が湧いてクラウドに移行できない (脇)
Jun 30, 202302:02:40
#57 Voltage imaging: a “holy grail” of neuroscience

#57 Voltage imaging: a “holy grail” of neuroscience

Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速２光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)


Show Notes (完全版)：


GEVIパート

黎明期のプローブ

ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。

GEVI開発で気を付ける点は以下（St-Pierreによるレビュー⁠を参照）

  • 細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない
  • 膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い
  • 上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い
  • 脱分極に対して蛍光が増えるか減るか
  • 二光子励起ができるか

2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ（VSP）の電位感受ドメイン（VSD）は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この２つの電位センシングモチーフが主に使われている。


1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列

1-1: VSDの末端に２つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ

ただしkinetics遅め


1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ（特にpHluorine改変体）

VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。

1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ

  • ASAP1  from Michael Linラボ, NN 2014。Francois St-Pierreが筆頭。VSDベースでキネティクスが良いモノを作るのが目標。VSDは4回膜貫通型タンパク質であるが、そのHelix３-４間のextracellular loop のうち、A147-T148の間) に円循環変異を施したsfGFP-OPTを入れる。
  • ASAP2s
  • ASAP2f
  • ASAP3
  • ASAP4 正の方向への変化
  • JEDI-2P 二光子でスクリーニング
  • SpikeyGi1&2 今回の論文

予備知識：


2. ロドプシン系列

予備知識：

  • ロドプシンのPhotocycle（神取先生レビュー）：ground state→L→M1→M2→N→Ｏ
  • ⁠電位依存的に光る仕組み⁠：Ｎの時に540 nmの光を受けるとQというstateに代わって、Ｑの時に570 nmの光を受けると強い蛍光を発する。
  • DTDモチーフ：シッフ塩基からプロトンを受け取る細胞外側のD（ArchだとD95、Ace2だとD81）や、脱プロトン化されたシッフ塩基に細胞内側からプロトンを渡すD（ArchだとD106、Ace2だとD92）を含むモチーフ。

2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る

ただしロドプシン系は二光子では使えない。


2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET

ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み（1/50~1/100程度）、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い（ASAP系よりも速い）。


おまけ：


顕微鏡パート Jerry ChenのCRACK。とそれを読んだNR回。
Elly Nedivi, Peter Soとの共著の仕事。抑制性シナプスのクラスタリングを見たもの。

広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing
単純な仕組みとはいえ、Kaspar談)。
2x

4x

Spatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆け
GFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。


Denoisingパート

Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCADを例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。
元になったアーキテクチャ・フレームワーク
RonnebergerらによるU-Netと3D-U-Net
U-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2Void


Editorial Notes:

  • タンパク質構造予測でドッキングシミュレーションとかまでできるようになってきたみたいですが、構造のデータに基づいて、rationalに、センサーのリンカーはどのくらいの長さでどの配列が良いのか、とか、どこにどういう変異を入れるとどういう性能が上がるか…みたいなのは予測できたりするんでしょうか。Lin Tianのは配列データだけで構造の情報はあんまり使えて無さそうだし。それはさておきQuasAr4,5をご存知の方はこっそり教えてください笑（脇）
  • VoltronシリーズのEricがオプシンベースのやつも2p励起で動くとか最近のオプティカで言ってたらしい。タイトルはBando, Yusteのreview、"...in a way a “holy grail” of neuroscience, could be carried out by imaging membrane potential."より。 (萩)
May 24, 202304:11:58
#56 Formerly a battle-field postdoc

#56 Formerly a battle-field postdoc

理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ＠ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)

Show Notes:


Editorial Notes:

  • 久々にお話できて楽しかったです！飛行機が着陸する際に皆で拍手をする謎の風習など、意味不明なイスラエルの風習や事件簿をもっと紹介したかったのですが、あっと言う間に収録が終わってしまいました（笑）。次回また呼んでもらえるよう頑張ります！（田坂）
  • イスラエル、食事が美味しいというのは本当で、連れていってもらったYehuda市場の雑然とした飯屋と、テルアビブのMiznon(いまや国外進出してるらしい)のカリフラワーとピタを食べに再訪したい。(萩原)
  • エピソードが面白すぎて収録中笑い堪えるのに苦労しました笑　イスラエル絶対に一度は行ってみたいですが、やはり単身で乗り込むのは勇気がいる印象。。。学会で行ける機会を伺います（宮脇）
May 13, 202302:25:34
#55 And Your Mouse Can Sing

#55 And Your Mouse Can Sing

NYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から２年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録) Show Notes:

Editorial Notes:

  • 憧れのお二人とお話できるとのことで舞い上がってペラペラと話してしまいました。この数ヶ月間すごい研究者たちと沢山会って自分もすごくなった気がして調子乗ってましたが、夏からはペーペーの1年生ですので、気を改めてエンジョイしつつがんばりたいと思います。NYCに遊びに来られる際はお声がけください。（僕が最初に読んだLeDoux先生の本はAnxiousでした。パニック発作持ちだったので。）（藤島）
  • そういえば、九大医3年生の時に当時神経解剖学教室・小坂研にいた福田孝一先生（現・熊大医）からLeDouxのSynpticSelfを借りパクしたのがAmygdala-fear systemとの出会いでした。去年(10年以上経ってから)お詫びのメールを送ったら「そのまま持ってていいよ」とのことだったので、この場を借りて感謝です。「まずはカンデル本通読して・ニューロルシダで形態トレース、話はそれから」とか言われたのでその後解剖に寄り付かなくなって生理に行ったわけですが...。(萩原)
  • これ学部時代に聴いてたら米国RAに飛び出していたかもな～と思いました（脇）
Apr 15, 202303:18:20
#54 It takes two

#54 It takes two

納税フラグ回収、同僚とのバックカントリー、Ben Barres自伝、フリーアドレスについて雑談。論文紹介は、学習時の場所表象変化、Disynaptic specificity、ConVERGD、非モデル生物Caイメージング、発達期の心臓の相転移、など (2/25収録)

Show Notes:

Editorial Notes:

  • どうも最近記憶してるreferenceの年が1-2年ズレる。単に歳なのか、paperpileが便利すぎて文献整理に記憶を必要としなくなっているからなのか(萩原)
  • イカ養殖手法開発がBSIディレクター就任に繋がるとは(脇)


Mar 08, 202303:00:37
#53 Understanding by creating is all you need

#53 Understanding by creating is all you need

シンガポール、南洋理工大学の牧野さん(@Hiroshi_Makino_)がゲスト。UCSD交換留学、CSHLでのPhD時代とUCSDでのポスドク時代、シンガポールの研究環境、独立後に行っているAIと脳の表象比較研究について伺いました（2/14収録）

Show Notes

Editorial Notes

  • 収録ではこちらもいろいろ学ぶこともあり、こういう機会を設けていただいた二人にはとても感謝しています。優秀な人達と議論するのは楽しいことだと改めて思いました。拙い日本語の説明で申し訳ありませんが、なんとなくでも自分達が目指している方向性などが共有できたのであれば幸いです。日本の大学や研究所ともっと連携していけたらと思っているので、気軽にメッセージ下さい。大学生や大学院生も大歓迎です。（牧野）
  • (リスクとって)新しいことをやり続けて行きたいなー、もっと勉強せんとなーと思わされる収録でした。最近はexploitationの比重が高くなってしまっていてよくないっす。
    ゴルフ、ちなみにベストはパープレイ(72)で、シングル手前まで行きました。（萩原）
  • AI研究の主体は大学院生だから…のくだりに励まされました（宮脇）
Feb 25, 202302:50:06
#52 My Favorite Things

#52 My Favorite Things

新年のんびり雑談回。一時帰国の時に行きたい店、アメリカ来てから買ってよかったもの紹介、グリーンカード申請の様子、タックスリターンの混乱など。(1/20収録)

Show Notes:

Editorial Notes:

  • アフィリエイトとかやっちゃうと収入発生しちゃってTRがより面倒になるんでは...というのが懸念。。。アルコール(特にワイン)はスイス時代に比べると全然飲まなくなったのですが、OR・WAのピノ探索はいずれしたいなと思ってます 萩
  • 海外生活便利アイテムある方ぜひ教えてください！ 脇
Jan 25, 202302:24:05
#51 A precise tagging of active neurons

#51 A precise tagging of active neurons

Hyungbae Kwonラボの長濱健一郎さん(@k_hammer_1001)ゲスト回。初期研修から基礎研究に進んだ経緯、狩野研でのスライスパッチャー生活、Hyungbae Kwonラボの現在の方向性、最近のST Cal-Light論文（光受容とCa2+活動による細胞の遺伝学的ラベリング手法のアップデート版）について伺いました。

Show Notes:

Editorial Notes:

  • いちリスナーの自分がまさかゲスト出演することになるとは思っていませんでした。お二人との議論とっても楽しかったです！色々とbackgroundの前置きが長くなってしまいましたが、これから海外でポスドクしようとしている大学院生やポスドクの方に、こんな人もいるんだなぁ、と思って頂けるといいなと思います。またメインプロジェクトの論文出たら、ぜひ呼んでください！（長濱）
  • 最初期遺伝子では神経活動を捉えられない、という見方と、遺伝子発現変化に繋がらない神経活動はエングラムではない、という立場があるのかな…何がノイズで何がシグナルなのか、とかの検証が色々できそう（宮脇）
  • 出だしの導入で記録と操作が...とか言って始めていますが、「おい、(形態)観察は？」というツッコミが解剖寄りの人から来るのは想定済みです汗 (萩原)
Jan 17, 202302:56:24
#50 Gestalt principles

#50 Gestalt principles

久々のSfN参加、初Thanksgiving、Twitterからの移行に関する雑談。論文紹介は、カリウム選択的チャネルロドプシンの構造、魚の脳発達は氏か育ちか、プルダウンアッセイと機械学習によるAAVの指向進化、など (11/26収録)

Show Notes:

フラッシュ論文

Editorial Notes:

  • バラバシって今の大学院生にも人気なんでしょうか（脇）
  • ExtinctionのF1(2)の仕事、メインコラボレータの仕事なのに完全に失念してた...（萩）
Dec 02, 202202:20:60
#49 Memento Mori

#49 Memento Mori

ゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、１分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録)

Show Notes:

Editorial notes:

  • CellREADR/RADAR/RADARS、延びる棒、のアイデアがラボ間でどうshareされていったのか（あるいはされていないのか）、ご存知の方はコッソリ教えてください笑（脇）
  • 収録中に論文のタイトルコールしてないの不親切で悪い癖ですね...以後気をつけます。(萩)
Oct 24, 202203:02:24
#48 In search of thalamo-cortical computational principles

#48 In search of thalamo-cortical computational principles

We sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS), a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10)

Show Notes:

Editorial Notes:

  • Really nice conversation though I guess we have some difference as to whether thalamic computational roles are an inevitable network design or just based on evolutionary history (I guess time and research will reveal who's right!) In any case, I really enjoyed talking science with you both! - Ian
  • I enjoyed the discussion and it was nice to see the connection between Ian's work and others' on the thalamus. It seems the time has finally come to decipher thalamic functions and I hope our new work will change the way we think about how the brain computes information!　-Miho
  • Recent evolutionary expansion in thalamus/LP could be just optimization around local minima. Let’s see how Ian’s work would discard this possibility! For now, we can happily agree to disagree!  - Kenta/萩
  • It was a perfect way to drop our first episode for both domestic and international listeners. Thanks, Ian and Miho! -Tak/脇
Oct 17, 202201:31:38
#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers

#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers

理研CBSの中島美保さん（@mihonakajima）がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録)

Show Notes:

Editorial Notes:

  • 今回は貴重な機会を頂きありがとうございました！本当に長々と申し訳ないです。お二人とも話が非常に明快で一瞬で重要なポイントをついてくるので、勉強になりました。これからの更なるご活躍が楽しみです！私は日本語も英語も結構間違えてて反省！（汗）エレベーターピッチの練習しないと。これからも人間の行動に迫っていきたい思うので乞うご期待！（中島）
  • ブザキとかは心理学で先に定義された用語に神経活動を後から対応付けることに否定的な主張をしていますが（それも一理あるとは思いますが）、今回の話を聞いて、やっぱ行動心理学をちゃんと勉強した方が色々とやりようがありそうだよな～、と思いました（脇）
  • 常々、研究者として一番大事な能力の一つはresilienceだと思っていますが、度々苦境に立たされつつも、その度にいい仕事をいい論文に仕上げてくるスタイルに大変刺激を受けます！（萩）


Oct 10, 202202:47:29
#46 The Fos expression we saw that day

#46 The Fos expression we saw that day

ゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi)、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)、田中和正さん(@Kazu_ZT)、柳下祥さん(@sho_yagishita) とディスカッションをしました。(9/22 収録)

Show Notes(完全版):

Editorial Notes:

  • JCでこんなに論文ほじくり返したのは久しぶりです！マニアックなディスカッションもあって、とっても濃い2時間でした。またぜひ呼んでください！次は辛口ゲストを集めてNR主催のお二人の論文とかどうですかね？（笑）(田中)
  • 濃くて楽しいJCでした！それぞれのラボのスタイルが垣間見えるのも面白いですね。(北西)
  • 海馬やfosを専門にやっている方々と議論できてよかったです。ぜひ定期的にやって欲しいです。今回のような分野横断的で新しい方向性の論文だと特に盛り上がりそうです。他の方々の議論を聞くのも面白そう(柳下)
  • 普段あまり接することのない、分子と神経活動の関係を扱う論文について議論する機会をいただき、とても勉強になりました。図表のフェアな作成法や因果性の解釈についても、様々なご意見を伺うことができて充実したJCでした。(吉良)
  • 音声での論文紹介をはじめた当初から、正直どのくらい伝わるんだろうか...と思いながらやってますが、最近では自分達が楽しめてその雰囲気が伝われば、ドメイン知識自体は別にどうでもいいかなと開き直っています。メンバーを変えつつ定期的にやれると楽しそうです(萩原)
  • これだけ大人数のディスカッションなのに議論が発散しなかったことも印象的でした。皆さんお忙しい中ご都合つけてくださりありがとうございました！ (宮脇)
Oct 07, 202202:37:06
#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained

#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained

認知症研究者の佐野俊春さん（@tsano321）に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました（9/3収録）

Show Notes (完全版):


Editorial Notes:

  • 治験が失敗続きなのにいまだにアミロイドβ仮説が信じられている理由、アミロイドβ仮説の背景、アルツハイマー病の研究対象としての面白さなどを伝えられたら嬉しいです。　と思っていましたが、まさか収録後にレカネマブの主要評価項目達成という大事件が起きたのは予想外でした。このニュースでアミロイドβ仮説に対する世間の風向きも変わったかも？（佐野）
  • 「僕は病気に関しては無知なので」と口走ってしまっていますが、当然進行を考えた上でのポーズです(ので「お前MD持ちだろ」とかつっこまないように！)。（萩）
  • 一口にアミロイドβ仮説と言っても色々なものがあるということ、それに至るまでの歴史や登場人物が学べて非常に面白かったです。佐野さんありがとうございます！（脇）
Oct 03, 202203:21:09
#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels

#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels

帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど（9/18収録）

Show Notes:

Editorial Notes:

  • 独立一カ月後編ありがとうございます。ラボのプロジェクトの大半がオフレコになった結果萩原君とほぼだべっているだけになってしまった気が。早く論文を形にして語りたいですね！(北沢)
  • たまにはこのくらいゆるい回があるといいですね。編集等も楽だし笑　しかしIEG論文をさっさとなんとかしないとなー (萩)
  • こんな濃厚な音声版blog?もなかなかないですね。。ちなみに今回もShownotesのほとんどを北沢さんが準備してくれました～ありがとうございます！ (脇)



Sep 22, 202202:00:33
#43 Splendid isolation

#43 Splendid isolation

伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索＠線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×２、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション（7/16収録）

Show Notes:

Editorial Notes:

  • Sodium とナトリウム、Potassiumとカリウムが混ざりました（宮脇）
  • エスプレッソマシン、むかし友人を説得して業務用の中ではお手頃なシモネリのオスカーを買わせて一緒に遊んだりしてたのですが、洗浄が面倒すぎて一瞬で売り飛ばしていました笑
    ところでロブスターを実験動物に使うと食べ放題だろうか。(萩原)
Aug 08, 202202:34:20
#42 A catalyst for DIY optics

#42 A catalyst for DIY optics

Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました（6/5収録）

Show notes:

Editorial notes:

  • 楽しかったです！ありがとうございました。入社して5年経つのにいまだに毎日学びの連続です（まだまだひよっこ？）。企業に就職するなら分野を変えてみるのもお勧めかも。学生・ポスドクは研究に集中できる時だと思うので、ぜひ思い切り研究を楽しんで下さい。（勝木）
  • DIYサポートは自分で光学系を組むハードルがグッと下がりますね。無料なのはユーザーとしては嬉しいですが、お金を払いたいという気持ちも…（宮脇）
  • だいたいどこにでも出てくる坂野先生と立花隆...!
    PhD取得後の就職先としてThorlabsのような魅力的なoptionが数多くできれば、PhDに進学することがリスクでもなんでもなくなり、結果的に日本のアカデミアのレベルも上がると思ってます。（萩原）
Aug 02, 202201:44:44
#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2

#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2

齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました（7/9収録）

Show Notes:

Editorial Notes:

  • 僕のボストン、Harvard、MIT、Broad、Feng Zhangラボへの愛がほとばしってしまってます。。。ちなみにBroad Institute of “MIT and Harvard”はMITからはHarvardとみなされ、HarvardからはMITとみなされてるようで、僕はどちらの日本人コミュニティにも属してません。。。留学を考えている学生さんで何かお困りのことがあったら連絡をいただければと思います！また論文出たらゲストとして出させてくださいー。（齋藤）
  • 確かにBroadはMIT感あります。オフレコのトークも面白かったです笑 またぜひ！（宮脇）
  • 「クリスパーネタはリサチャでやれよ」という怒られが発生するかなと思ってたんですが、宮脇氏がだいぶ予習してくれたおかげでなんとか体面は保ったんじゃないでしょうか。(萩原)
Jul 26, 202201:31:33
#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1

#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1

Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録）

Show Notes:

Editorial Notes:

  • バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります！（齋藤）
  • 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw（宮脇）
  • 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。（萩原）
Jul 20, 202201:43:41
#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist

#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist

マックスプランクフロリダの安田涼平さん（@Ryohei_Neuro）をゲストに、１分子イメージングから１スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました（6/5収録）

Show Notes:

Editorial Notes:

  • 実は当初MPFIのFitzpatrickラボで博士をやる予定でした。いろいろあってvisionのdevelopmentから分野を変えたのは結果的にはよかったのではないかな〜と。安田さんをはじめ、成功してる研究者には楽観的な人が多いような気がしてる今日この頃、辛気臭くない感じで生きていきたいなと思ってます (萩原)
  • 研究所のDirectorという雲の上の存在でありながら、我々のようなポスドクにフランクに接してくださってくださったこと、そしてpoliticalな感じが全然しなくて技術開発・現象探求にフォーカスしてらっしゃる様子が印象的でした(宮脇)
  • これからを担う若い研究者のお二人とお話できて楽しい時間を過ごしました！ぜひミーティングなどでまたお会いしたいと思いました(安田）
Jun 22, 202201:48:54
#38 Latent dynamics

#38 Latent dynamics

Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス＠MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録)

Show Notes:

Editorial Notes:

  • 仮説に合わないorストーリーにとって都合のよくないor説明のつかない、データをそのまま出してくるモーザーラボのスタイルはストロングスタイルとしか言いようがないですね。葬り去るのは論外として、自分なら何かしら説明がつくまでは外に出すのは躊躇してしまいます。(本物の)ブリトー美味そう。(萩原)
  • 麺屋武蔵いいですね…。解析手法開発論文の読解は、本文を読むだけじゃ無くて、コードを自分で動かしてみて、ってとこまでやらねばですね(宮脇)
Jun 01, 202202:09:01
#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2

#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2

北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました（4/27収録）

Show Notes:


Editorial Notes:

  • 申請書をロジカルにとか偉そうなことを言いながら、話を全然ロジカルにまとめられず。。まだ荒いですが、いろんな研究の方向性を考えています。ラボメンバー募集しています！（北西さん）
  • 後半は研究デザインに関する哲学というか、今までの収録ではなかなか出来なかった抽象的な議論が出来てよかったです。今後はもっとしていきたい。（萩原）
  • 図らずも先進科学機構PI回が続きましたがCOIはありません笑　北西さん、研究室立ち上げのお忙しい時期にありがとうございます！（宮脇）
May 25, 202201:13:10
#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1

#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1

今年３月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD～スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く（4/27収録）

Show Notes(完全版):

Editorial notes:

  • ヘッドセットのノイズキャンセリングのせいか、ところどころ音が妙に小さくなってしまいました。すみません。。ただ、お二人にのせられて (?)、いっぱい喋りました。とても楽しい時間でした。ありがとうございました！（北西さん）
  • この収録直後にNeuropixelsデビューしました。とりあえず3本同時記録。実験自体は128chでやってた時とそんな変わらんな〜という感じ。
  • 話の中でもありましたが in vivo自由行動下の電気生理記録ができる国内ラボが本当に増えてきましたね～（宮脇）
May 17, 202202:04:30
#35 Introduction to structural biology for neuroscientists

#35 Introduction to structural biology for neuroscientists

東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録)

Show Notes(完全版は番組HP):

Editorial Notes:

  • なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です（加藤）
  • フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原)
  • 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
May 10, 202201:53:15
#34 Catch-22 in code-switching

#34 Catch-22 in code-switching

アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬４重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録)

Show notes(完全版はこちら):

フラッシュ論文紹介:

Editorial Notes:

  • 海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。（宮脇）
  • 最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと（萩原）


Mar 27, 202202:22:06
#33 Reviewing the Art of Review

#33 Reviewing the Art of Review

生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談（2/12収録）

Show notes:

雑談編

ピアレビュー編

Editorial notes:

  • 査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました（宮脇）
  • 『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原)
Feb 18, 202201:49:34
#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI

#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI

CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん（@TomomiKarigo）にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました（9/5収録）

Shote notes:


Editorial notes:

  • これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます！ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。
    聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたｗ萩原さん＆宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように！北米オフ会とかできたら楽しそう。
    Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください！（苅郷）
  • オフ会いいですね〜！パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑（宮脇）
  • 公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗（萩原）
  • 二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります！（まさ）
  • 乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います！(後悔中)（さやか）
Jan 24, 202203:10:24
#31 New moves, new variants

#31 New moves, new variants

大陸をまたいでの２人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異（AAV.CAP-B10）や弱毒ワクチン（YFV-17D）について（1/4収録）

Shownotes:

Editorial Notes:

  • AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜（宮脇）
  • 仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。　(萩原)
Jan 16, 202202:43:26
#30 Being a technologist at 10x

#30 Being a technologist at 10x

初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました（11/22 収録）

Shownotes:

Editorial Notes:

  • Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな～と腹落ちした回でした (宮脇)
  • 録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木)
  • 自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原)
Dec 24, 202101:59:32
#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2

#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2

Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました（11/4収録）

Shownotes:

Editorial notes:

  • うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク２本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原)
  • 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢)
  • スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした（１リスナー並感）。in-person収録やってみたいですね〜　(宮脇)
Dec 03, 202101:32:05
#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1

#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1

デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録　* 初のin-person収録ということで宮脇はお休み)

Shownotes:

Editorial notes:

  • 出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します！ (萩原)
  • 対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい！(北沢)
  • 今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw　(宮脇)
Nov 26, 202102:26:42
#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience

BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録）

Shownotes:

17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変

  1. Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。
  2. Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ５０万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
  3. AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
  4. SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
  5. UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
  6. シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
  7. BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
  8. Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル（主に側頭葉の一部）
  9. CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
  10. HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
  11. SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング＆メチローム：Epi-retro-seq
  12. CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
  13. カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
  14. UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network：大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが６つのサブネットワークに分かれる
  15. UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
  16. UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
  17. BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた


Editorial note:

  • 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
  • Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第４回、Spatial Transcriptomeについて扱った第５回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
Oct 11, 202102:39:48
#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4

#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4

五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど（8/31+9/1収録）。

Shownotes：

Editorial notes：

  • たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました！（宮脇）
  • 今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上（駒野）さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室（という謎の部屋があった）に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな～。（五十嵐）
  • これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな？（萩原）
Oct 08, 202127:22
#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3

#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3

五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その３。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました（9/1収録）

Shownotes:

Editorial notes

  • M1の時海馬とドパミンについて研究していたはずなのですがLECとの関連は考えてもみませんでした。こんなに面白いことをやっているとは。。（宮脇）
  • オクラホマdisをわざわざ蒸し返してきたのが謎ですが、海のない土地の例というだけです！！！ちな僕もこの前の論文の続報はドパミンネタだったりします。All roads lead to DA.(萩原)
  • オクラホマをばかにしちゃいけません！どんな地方大でもコツコツやれば、自分の研究分野が確立できるのがアメリカのいいところだと思います。
    UCIを軽くディスりましたが、なんと今年の公立大学ランキングでUCIは全米9位に入ったらしく、職員が大騒ぎしてます。ホントかよって感じでびっくりですけど。
    最近伸びてるってことですかねー。
    既に海外に出てしまった萩原さん、宮脇さんには不発だったかもですが、日本の若いリスナーさんにとって「研究者になるなら、将来日本で暮らそうと思わない方がいい」が第三作として十分な破壊力を持つことを願いつつ…。（五十嵐）
Sep 22, 202102:57:07
#24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2

#24 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 2

UC Irvineの五十嵐啓さん(@kei_m_igarashi)にお越しいただき、モーザーラボでのポスドク時代、ジョブハント、独立してからのお話をしていただきました。そして最後に今回のNature論文を少し頭出ししていただきました（8/31収録）

Shownotes:

Sep 22, 202102:46:39