StopCodon.fm

• Xiao et al., 2021, Clock proteins regulate spatiotemporal organization of clock genes to control circadian rhythms. PNAS: 今回紹介した論文。
• Bhat et at., 2021, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.: Phase separationによるnuclear compartmentalisationに関する総説
• Buchwalter et al., 2019, Nat. Rev. Genet.: Nuclear peripheryに関する総説
• Chromosome territories
• Rabl orientation: 1885 年にCarl Rablが著書 “Über Zelltheilung” (直訳: 細胞分裂について) において初めて報告した染色体の核内配向性で、全ての染色体のセントロメア領域が核膜近傍の一箇所で束ねられる一方で、テロメア領域が対極に位置する。Rabl orientation の歴史的な背景はScherthan, 2001, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.の総説論文が詳しい。
• Drosophila の染色体の配向性: 多種多様な真核生物のゲノム構造を調べた論文 Hoencamp et al. (2021) を見ると、どうやら Drosophila の染色体は核内で chromosome territory ではなく Rabl orientation をとるようだ。
• HP1 droplet
• Double actogram
• Menet et al., 2010, Genes Dev.: DrosophilaのPER, CLKの量とinteraction, DNAとの結合を見た論文で、エビがGFPの安定性の話をしたときと最後にDNAがどうやって移動しているのかの話題のときにイシが言及していたもの。
• Zeitgeber (同調因子)
• entrainment: 日本語では「同調」というらしい。生物時計の位相が環境サイクルに合わせることをいう。
• PERのdegradation: PERがTIMにくっつかれていないときはPERによるCLKの抑制が強いがPERがDBTにリン酸化されてdegradeする、ということらしい(Price et al. (1998), Kloss et al. (2001)).
• “セミコロンがややこしい”: FlyBase nomenclature guidlinesに則っているだけのらしい(Allele symbols of genes on nonhomologous chromosomes are separated by semicolons and spaces (e.g., bw1; es; ey1).)
• 特定の微小管上に微小管結合タンパク質の condensate が形成される論文: Sandro et al. (2023). 同じ号に、異なる生物種で同様の現象を報告した論文が 2報掲載された。

Editorial notes

• 時間生物学と相分離生物学は同音異義語が複数あって大変 (“ピリオド”がper遺伝子、PERタンパク、周期を指し、“フェーズ”がcircadian rhythmの位相とLLPSの相を意味するので)(イシ)
• Zeit というドイツ語はネットフリックスのドラマ「ダーク」で覚えました (エビ)
• 収録日: 2023.07.15
• 編集: イシ

• Steinberg et al. (2022) eLife: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。
• Kussell Lab
• Non-allelic homologous recombination
• 16SリボソームRNA
• Maiden et al. (2018) PNAS: Multilocus sequence typing のオリジナル論文
• Pan-genome: なぜか日本語のページが存在しない… 昨年の 4 月には Human Pangenome Reference Consortium から ヒト汎ゲノムプロジェクトについての Perspective paper が公開されていました。
• 14:55 あたりの Pan-genome を説明する図: McInerney et al. (2017) Nature Microbiology の Figure 1 を参照しました。誰でもアクセスできる図だと PacBio 社のウェブサイト がわかりやすく、この場合 “Core” 以外の領域に含まれる遺伝子が Accessory genome に該当する。
• 17:40 あたりの Accessory chromosome: Episode 17 で Wasp の B 染色体に言及しました。
• Ilya Mechnikov (イリヤ・メチニコフ): 当時ロシア帝国の領内であったハリコフ出身の微生物学者・動物学者。
• 23:50 あたりの germline-restricted chromosome: たとえば Torgasheva et al. (2019) PNAS
• Lin and Kussell (2019) Nature Methods: 今回紹介した論文で使われた mcorr という手法の原著論文。
• Streptococcus pneumonia (肺炎球菌)
• Coalescent theory
• Fig 1B,　縦軸が揃ってないことに気づきました、見た目で比較するのが難しい…
• 効果量, Cohen’s d, 検出力, 検出限界: 三重大の奥村先生の記事。Cohen の d について解説されている。
• Hill-Robertson interference
• Hitchhiking effect
• αサテライト配列
• Reddit: Pasta on pizza, who asked for this?!

Editorial notes

• Fashion changes, but style endures. - ココ・シャネル (イシ)
• スイスに来て、米食からパン食やスパゲッティ食に切り替わりました (エビ)
• 収録日: 2022.09.17
• 編集: エビ

• Itai Yanai
• Night science
• Zotero: 文献の管理で使われる
• Logseq: エビのイチオシ
• Roam research
• モーニングページ
• 7つの習慣
• Audible: 収録から半年、まだ続いてます。
• ホモ・デウス
• 森博嗣
• すべてがFになる(アニメ)
• Crunchyroll
• JBL GO2
• 喜嶋先生の静かな世界
• Kindle Unlimited
• 20世紀少年
• MONSTER (アニメ)
• BECK
• HUNTER x HUNTER
• 嘘喰い
• チェンソーマン
• ブルーピリオド
• 動物のお医者さん
• 映像研には手を出すな

Editorial notes

• 飛行機で行方不明になった荷物が届くのにかかった期間(4か月) < このエピソードの編集を始めるのにかかった期間 (5か月)(イシ)
• 丁寧にイシにスピーカー情報を聞いた上で、全く異なる Ultimate Ears の Boom 3 という Bluetooth スピーカーを買いました (エビ)
• 収録日: 2022.12.10
• 編集: イシ

• Life finds a way: 映画ジュラシックパークの1シーン
• Hayden et al., 2011. Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme. Nature: 1本目の論文
• Zheng et al., 2019. Cryptic genetic variation accelerates evolution by opening access to diverse adaptive peaks. Nature: 2本目の論文
• Andreas Wagner
• Wagner lab
• Arrival of the fittest
• Andreas Wagnerのトーク
• Cryptic genetic variation: e.g. Pabby & Rockman 2014 Nat. Rev. Mol. Cell Biol.
• 同義置換
• 5:00 あたり: ゼロから新しい酵素を獲得することは実際とてつもなく難しく、その代わりに腸内細菌を新たに獲得することで酵素を得ることの方が多い (例、シロアリとセルロースを分解できるバクテリア)
• Waddington 1950 Evolution: ショウジョウバエのcrossveinless変異のgenetic assimilation
• リボザイム
• キナーゼの ATP 結合ポケットに変異を導入して ATP アナログを結合させる話は Bishop et al. 2000 Nature や Ubersax et al., 2003 Nature をどうぞ
• Arabidopsisのあの話: 14. All men are created at randomをどうぞ
• GFPからいろいろ作った: この仕事でRoger Tsienが2008年にノーベル化学賞を受賞
• “The wikigame”
• FACS

• チェンソーマン良い(イシ)
• 刃渡り2億センチをフルで早く聴きたい(エビ）
• 収録日: 2022.09.17
• 編集: イシ

• Seczynska et al. (2021) Nature: 今回紹介した論文。オープンアクセス。
• Paul Lehner lab
• 5:05 あたりのウイルス由来のねじれた環状 DNA: cccDNA のこと。
• 自然免疫系
• Vessoni et al. (2013) Cell Death & Differentiation: オートファジーがゲノムの品質維持に関わることを説明した総説論文。
• cGAS-STING 経路: 興味深いことに、STING タンパク質は進化の過程でバクテリアから獲得されたことが報告されている (Morehouse et al. 2020)
• 11:20 あたりのクロマチンのサイレンシング: Allshire and Madhani (2018) を見ながら話をしました。
• レトロエレメント: レトロウイルスがゲノムに取り込まれた DNA 配列
• HUSH 複合体: 2015 年に Paul Lehner のグループによって報告された (Tchasovnikarova et al. 2015)
• ヒトのイントロンとエキソンの境界: 共通する配列の特徴としてイントロンの 5’ 末端に GT、3’ 末端に AG が知られているが、イントロンとエキソンの境界を 100% 予測できるわけではないらしい (Mishra et al. 2021)
• RNA Immunoprecipitation
• de novo 遺伝子: 「セントラルドグマの新常識」(羊土社) に収録されている日本語の総説がとても勉強になった
• エキソン・シャッフリング
• イントロンの起源について: Nick Lane の “The Vital Question. Why is life the way it is?” を参考にしました。邦訳はみすず書房から出版されている 生命。エネルギー、起源。
• Eugene Koonin
• Babenko et al. (2004) Nuclei Acids Res.: 進化的に古いパラログと新しいパラログとの間でイントロンの保存性を比較した論文

• 自己/非自己を区別する現象に強い興味があります (エビ)
• 最近ボイラーが壊れて暖房とシャワーが1週間使えなくなりました(イシ)
• 収録日: 2022.07.30
• 編集: エビ

• スイスのコロナ情報: 2022 年の 4/1 以降スイス政府はコロナに関する制限を全廃した。
• The yin and yang of chromosomal and extrachromosomal DNA: エビが参加したワークショップ。ロカルノ国際映画祭で有名なスイスのアスコナ州で 6/17-20 の期間で開催された。
• 東邦大学の B 染色体を解説する記事: 閲覧注意！リンク先に虫の画像が出ます。
• Aldrich et al. (2017) Sci Rep: Wasp (狩蜂) の B 染色体について発表した Patrich M. Ferree のグループの論文。オープンアクセス。
• Speciation - Gordon Research Conference
• ネアンデルタール人は私たちと交配した: 度々この podcast で話題に上がる本。
• Svante Pääbo: 2022 年のノーベル医学・生理学賞を受賞した。
• Mora-Bermúdez et al. (2022) Sci Adv: ネアンデルタール本の著者である Pääbo 博士のグループによる最新の論文。
• ABBA-BABA テスト

• (私が編集をさぼっていたので) 先に出た Episode 16 と順番が前後し、Pääbo 博士がノーベル賞を受賞されていました (エビ)
• 学会帰りに航空便で荷物が行方不明になることなど収録時には知る由もなかった… (イシ)
• 収録日: 2022.07.30
• 編集: エビ

• ESEB
• Bedford & Hoekstra, 2015, eLife: Deer miceを紹介している論文。Fig 1の系統樹に注目
• 『メンター・チェーン ─ノーベル賞科学者の師弟の絆』
• “Apprentice to Genius: The Making of a Scientific Dynasty”
• Neurotree
• The Academic Family Tree: 色々なアカデミック家系図がある。それぞれの家系図が接続している
• Dobzhanskyの有名な格言: Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution

• 〇〇treeはぜひ試してほしい(イシ)
• 何でも面白がれる才能を身につけよう(エビ）
• 収録日: 2022.09.17
• 編集: イシ

• Wordle
• バクマン。
• DEATH NOTE
• ゼルダの伝説ブレスオブザワイルド
• Pomp et al. (2022): 今回紹介した論文。残念ながらオープンアクセスではない。
• 紡錘体: エピソード7 Self-organising spathetti monster を参照。
• Plachta Lab
• Plachta et al. (2011): マウス初期胚においてゲノム DNA に対する転写因子 Oct4 のアクセシビリティを測定し、細胞系譜を予測する論文。。今回紹介した論文のラストオーサーがポスドクの時の仕事。
• Photo-activated GFP: 光変換型の GFP。Patterson and Lippincott-Schwartz (2002) を参照。。同じような蛍光タンパク質に Kaede、Dendra2 や EosFP などがある。Addgene の blog に詳しくまとめられている。
• Zenker et al. (2017): 微小管論文
• Zenker et al. (2018): アクチン論文
• Lim et al. (2020): ケラチン論文
• 内部細胞塊
• PLK1: Serine/threonine-protein kinase 1
• CDK5RAP2: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
• EB3: End binding protein 3
• アセチル化微小管: 正確にはアセチル化されたチューブリンを含む微小管。微小管のダイナミクスを制御する方法の一つとして、チューブリンの翻訳後修飾がある。アセチル化はその一つで、微小管ダイナミクスの安定化に寄与する。abcam の記事 を参照。
• Microtubule organising centre (MTOC): 微小管形成中心
• 1:04:30 あたり: siRNA 実験における「スクランブル」について少し誤った説明をしました。正しくは、標的遺伝子に特異的な siRNA 配列を基に、各ヌクレオチドの比率を変えずに配列だけをランダムに変更して、ゲノム上に存在しない配列にする操作です。
• カタニン: 「微小管不安定化因子」の項目を参照。
• 1:30:00 あたり: 筆者らの先行研究 Plachta et al. (2011) と同じ Logic が採用される。
• 前回のランダムな話: エピソード14 All men are created at random を参照。
• データ視覚化の人類史
• ナイチンゲールと統計
• 1:56:30 あたりの忌み嫌われる棒グラフの話: Weissgerber et al. (2015) を参照。
• Circular Manhattan plot: イシが嫌いなプロット方法。
• イシが紹介する論文: 同日にイシによって紹介された論文。近日公開予定。

• 明瞭な図はいつも美しいが、美しい図がいつも明瞭とは限らない (エビ）
• マンガを買っても読めない問題 (イシ)
• 収録日: 2022.02.26
• 編集: エビ

• Monroe et al., 2022, Nature: 今回紹介した論文
• “Mutations are NOT random” ツイート
• Futuyma. Evolutionary Biology 2nd edn (Sinauer 1986)
• Futuyma. Evolution 3rd edn. (Sinauer 2013): “Mutation is random in  two senses. First, although we may be able to predict the probability  that a certain mutation will occur, we cannot predict which of a large  number of gene copies will undergo the mutation. The spontaneous process  of mutation is stochastic rather than deterministic. Second, mutation  is random in the sense that the chance that a particular mutation will  occur is not influenced by whether or not the organism is in an  environment in which that mutation would be advantageous” (pp208-209)
• Luria & Delbrück’s fluctuation test
• Esther Lederberg:  恥ずかしながら女性だと知りませんでした… “As a woman in a male-dominated field and the wife  of Nobel laureate Joshua Lederberg, Esther Lederberg struggled for  professional recognition. Despite her foundational discoveries in the  field of microbiology, she was never offered a tenured position at a  university. Textbooks often ignore her work and attribute her  accomplishments to her husband.” 日本語wikipediaのページもない！
• Replica plating
• 前回のサイの論文: ep.10
• Detlef Weigel
• weigelworld
• 1001 Genomes Project: シロイヌナズナ
• 1000 Genomes Project: ヒト
• シロイヌナズナ
• Mutation spectrum: ep.4で話しました
• Tajima’s D
• Mutation load
• スレッドその１の１
• スレッドその１の２
• スレッドその１の３
• スレッドその２の１
• スレッドその２の２
• スレッドその２の３
• スレッドその３
• きりたんぽ: 舞茸を思い浮かべながらしめじと言ってました…
• せんべい汁
• ババヘラアイス
• もろこし
• さなづら: 収録日の翌日にエビが食べました、とても上品な味でした。

• あとから話しそびれたことをいろいろ思い出しました…（イシ）
• 「植物界のフグ」 (エビ)
• 収録日: 2022.01.29
• 編集: イシ

• 全長版show notesはこちら
• ソバ Fagopyrum esculentumi
• アジアイネ Oryza sativa
• インディカ: いわゆるタイ米はインディカ米全般らしい
• バスマティ
• ビリヤニ: バスマティを使った代表料理
• ジャスミン
• ジャポニカ
• ミルヒライス
• リゾット
• eLifeの“publish, then review” モデル
• Gboard 日本語入力〇〇バージョン
• 湯呑みバージョン
• 物理フリックバージョン
• 物理手書きバージョン
• モールスバージョン: URLに注目。
• ピロピロバージョン: URLに注目。
• スプーン曲げバージョン: URLに注目。
• 遊舎工房
• 散財TV なおしま
• HHKB
• Raspberry Pi
• こんな感じのインキュベーターを使ってます
• アルデュイーノ
• バーのベル
• 短い論文について
• 生命、エネルギー、進化. ニック・レーン: 原著は The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life
• Springer
• アウトリーチ
• 音楽嗜好症: 脳神経科医と音楽に憑かれた人々　オリヴァー・サックス
• サヴァン
• HM
• エピソード記憶
• 手続き記憶
• デルトラクエスト
• ゆる言語学ラジオ
• 衒学チャンネル
• クラミドモナスの話: ep 3. 凝集日和
• 「生命多元性原理」入門: 東大の太田先生の著書
• 学校を休むの英語

• 2022年もなんとか生きていきます(イシ)
• 収録前に既にたらふくアルコールを摂取して仕上がっておりました、今年もよろしくお願い致します(エビ)
• 収録日: 2021.12.31-2022.01.01 (JST)
• 編集: イシ

• Wiktor, Gynnå, et al. Nature (2021): 今回紹介した論文。オープンアクセス。
• Johan Elf ラボの HP: HP の表記が独特。関連する内容として Episode 11 参照。
• 4:45あたりのBiophysical: 正しくはイシが言ったように Biophysics です。なぜかエビは繰り替えし言い間違えていた。
• 転写減衰
• 大腸菌にもセントロメアが見つかった: 総研大の仁木先生による記事。
• Marklund et al. Nature (2020): LacI が LacO 配列を検索するメカニズムを探究した論文。Elf ラボの HP から PDF にアクセス可能。
• Jones, Leroy, Unoson, et al. Science (2017): 大腸菌を用いて dCas9 (切断活性が失われた Cas9 の変異タンパク質) が標的の配列を検索するメカニズムを探究した論文。こちらも Elf ラボの HP から PDF にアクセス可能。
• Jalal and Le, Open Biology (2020): バクテリアの染色体分配と ParABS システムに関する総説論文。オープンアクセス。
• DNA の相同組換え: DNA の二重鎖切断 (Double strand break; DSB) を修復する仕組み。日本語での模式図はこちらのプレスリリースの図1がわかりやすい。紫外線などのストレスによって DSB が導入されると、5' 末端がヌクレアーゼによって消化されて 3' 末端が突出する。その後、RecA/Rad51 タンパク質から構成される「タンパク質鎖」が、突出した 3' 末端の 1 本鎖 DNA にらせん状に巻きつく。この DNA-RecA/Rad51 の複合体が相同な DNA 配列を検索する。この検索プロセスは正確に DSB を修復するのに必要である。
• ALFA エピトープタグ: 小さい α-ヘリックス構造をとるタグ。元論文は Götzke et al. Nature Communications (2019)。アミノ酸配列 SRLEEELRRRLTE。
• ナノボディ
• STED: 誘導放出抑制顕微鏡法。2014 年のノーベル化学賞 (解説記事)。

• 今回のパワーワード: 切られてない方のDNAの気持ち (イシ)
• 観察系が面白い論文でした (エビ)
• 収録日: 2021.10.02
• 編集: エビ

• PubMedの新着論文のSlackアラート
• Arrival of the fittest: 初版は2014。イシの持っているペーパーバックは2015。邦訳『進化の謎を数学で解く』は2015。
• Andreas Wagner
• SciEnTalk: Ep. 49
• 弁護士検索
• できる研究者の論文生産術 どうすれば「たくさん」書けるのか
• ポモドーロテクニック
• gnome-pomodoro: イシが最近使い始めたもの。i3wmのconfig fileでショートカットを設定してキーボードだけからスタートストップができるようにしている。
• Be Focused: エビがつかっているもの。
• Oura Ring: エビが使っている、睡眠をトラッキングするウェアラブルリング。
• i3wm上でDiscordで画面共有するとバグる: snapのパッケージを使っていたかららしい(tweet)。
• 「サイといえばゾウ」: 生物学やっているとは思えない雑さ
• The elephant in the room:  あきらかに重要なことまたは議論を呼ぶ問題で、その場にいる誰も話したがらないこと。ウィキペディアのページの最後にヴィトゲンシュタインが言った“a  rhinoceros in the room”のことが紹介されているがイシには悪魔の証明との違いがわからない。
• 「Rec Aの論文」: 近日公開予定
• Jochen Wolf group, poetry
• カレドニアガラス: 道具を作って使うことで有名な鳥
• Chromatin Haiku
• 胡桃坂先生のミュージックビデオ

• No papers sorry, insomnia pomodoro, haiku in CV (イシ)
• StopCodon.fm はゆるふわで哲学に詳しい Podcast ではありません (エビ)
• 収録日: 2021.11.20
• 編集: イシ

完全版は こちら

• リトリート: 合宿みたいな感じで遠くに行って発表・議論する内輪のイベント。
• タイル型ウィンドウマネージャ
• スタック型ウィンドウマネージャ
• i3wm: イシが使い始めたもの。
• Liu et al., 2021, Cell: 今回紹介した論文。
• Cellの表紙のサイ
• サイ論文のプレビュー
• isthmus: 地峡
• Isthmo-Colombian area
• 「家系図のようなもの」: イシが家系図と言うのを避けているのはgenealogical ancestry(家系図上の祖先)とgenetic ancestry(遺伝子の祖先)の違いがあるからだったりする。
• Center for Evolutionary Hologenomics, GLOBE Institute
• Tom Gilbert
• Shanlin Liu
• クロサイ: Genome Arkにゲノムアセンブリが公開されている。
• シロサイ
• ジャワサイ
• スマトラサイ
• インドサイ(greater one-horned rhinoceros)
• ケブカサイ(woolly rhinoceros, 絶滅)
• Merck’s rhinoceros (絶滅)
• エラスモテリウム(Siberian unicorn, 絶滅)
• ABBA-BABA test:日本語の解説がない…元論文はDurand et al., 2011, Mol. Biol. Evol.。
• 不完全遺伝子系統仕分け(incomplete lineage sorting)
• 遺伝子流動(gene flow)
• Runs of homozygosity
• Demography: いわゆる人口統計というより、集団サイズの過去の変化を推定すること。
• 同義置換 (silent/synonymous substitution)
• 非同義置換 (non-synonymous substitution): Missense mutation (アミノ酸を変える1塩基置換) nonsense mutationと(終始コドンに変える1塩基置換)
• York et al., 2018, PNAS: ゲノム上のローカルな系統樹の形の割合をtopology weighting (Martin & Van Belleghem, 2017, Genetics)を使ってみている例。

• 実は足首捻挫した翌日で結構痛かった(イシ)
• 音声で理解するのが過去一番難しいエピソードだったと思う(エビ)
• 収録日: 2021.10.02
• 編集: イシ

• 湿度を感知する仕組み ... 収録後に調べてみると、Drosophila が湿度を感知する仕組みの論文を発見しました。ヒトなどを含めてあまりよくわかっていない模様。関係ないですが、以前読んだ蚊が温度を感知する仕組みを報告した論文を思い出しました。
• サウナ
• イスタンブールの湿度 ... イスタンブールは地中海性気候 (Csa) と温暖湿潤気候 (Cfa) の境界に位置する。
• 「同じ温度で違う湿度でのヒトの表面付近の温度分布」...ダイキンのうるるとさららZEASの紹介ページにまさにそんなサーモカメラ写真があった（ただし2枚の写真が対照実験ではなく経時変化のイメージングの可能性あり）。
• Esposito, et al. bioRxiv (2021) ... 今回紹介した論文。オープンアクセス。
• Hauf lab
• 紡錘体形成チェックポイント (Spindle assemby checkpoint; SAC)
• 攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX
• 異数性 (aneuploidy) ... 細胞が通常とは異なる数の染色体を持つこと。たとえば、ヒト表皮のケラチノサイトでは全く異数性が見られないのに対して、肝臓では 5% 程度の細胞で異数性が見られることが知られている (Santaguida and Amon, Nature Review Molecular Cell Biology 2015)。
• Mad2 ... Mitotic arrest deficient 2 タンパク質。
• Waters, et al. Journal of Cell Biology (1998) ... PtK1 細胞において、整列していない染色体に Mad2 が局在する様子を観察した (Figure 4)。オープンアクセス。
• Heinrich et al. Nature Cell Biology (2013) ... 今回紹介した論文のベースとなった、著者らの先行研究。残念ながら、オープンアクアセスではない。本論文において、紡錘体形成チェックポイントのタンパク質ノイズが低いことが報告された。細胞分裂を正しく行うのに必須の APC/C 複合体の構成因子のタンパク質ノイズが高いのが興味深い。
• ノイズ ... 定量生物学で使われる用語で、遺伝子型も生育環境も同じ細胞間で見られるバラツキのこと。
• Chan et al. Elife (2018) ... 非侵襲的に mRNA の半減期を解析できる手法を報告した論文。ウラシルを硫黄置換した 4-チオウラシル (4-TU)を t=0 で細胞の培養液に加えると、t≥0 で新しく形成された mRNA にはウラシルの代わりに 4-TU が取り込まれる。ここでチオール基 (R-SH) にビオチンを付加できる MTSEA-biotin を用いることで、t≥0 で形成された mRNA をラベルすることができる。今回紹介する論文では、ビオチン付加された mRNA を選択的に取り除くことで t<0 に存在していた mRNA の半減期を測定した。
• コドン使用頻度 (codon usage) ... 一つのアミノ酸をコードするコドンは複数ある場合があり、これらは同義コドンと呼ばれる。同義コドン間の使用頻度は生物種によって異なることが知られている。たとえば、あるアミノ酸をコードする2つのコドン1と2の頻度の種間比較で、種Aでよく使われるコドン1が種Bではあまり使われず、種Bでよく使われるコドン2が種Aではあまり使われない、というようなことがある。
• Codon stabilization coefficiency (CSC) の計算方法がわからない ... Presynak, et al. Cell (2015) によると、全 mRNA を対象として各コドンが出現する頻度と、(おそらく) 各コドンを含む mRNA の総体の半減期のピアソン相関係数を計算している。この論文の結論として、同義コドンの使われ方によって mRNA の安定性が決まることが主張されており、今回紹介した論文の著者らはこの点に着目したようだ。
• コドンの最適度はmRNAの安定性を決める主要な要因である。 ... 岡山大学の守屋先生のブログ記事。この記事によると、同義コドンによって生命現象を説明しようとする研究は古くからあったようだ。

• 低温かつ低湿度な環境に移り住みたい (エビ)
• 今年も夏らしいことできませんでした…(イシ)
• 収録日: 2021.08.14
• 編集: エビ

• コロンビア大学
• コロンビア
• ワシントンD.C.: 正式名称「コロンビア特別区」
• コロンビア(サウスカロライナ州)
• ブリティッシュコロンビア
• Grammarly
• Colombia/Columbiaに関するボゴタの英語地元紙の社説
• コロンブス
• 「試験を受ける」の英語
• スイミー: 黒い魚が１匹だけだったのがもともといた黒い魚の群れがマグロに食われたからだということをすっかり忘れていました。
• ハンチントン病: 遺伝子型と表現型が1体1対応している例として。
• 2型糖尿病: 遺伝子型と表現型が1体1対応していない例として。
• Ribeiro et al., 2020, eLife: 今回紹介した論文。
• ゼブラフィッシュ
• Donaldson & Young, 2008, Science: Vasopressin/oxytocinとsocial behaviourの保存と多様性のレビュー。
• Theofanopoulou et al., 2021, Nature: Oxytocin-vasopressinとそれらの受容体の名前をいい感じに統一しようというVGP(Vertebrate Genomes Project)の論文。
• ノナペプチド: 9 つのアミノ酸で出来たペプチド。分裂酵母が分泌する接合フェロモンの一つである M-factor もノナペプチドである。
• Frequency-dependentな…:「横軸にsocial  environmentとして集団内の表現型の頻度(かアレル頻度)、縦軸にそのsocial  environment下での表現型の頻度分布をとったreaction normで表されるような表現型可塑性のある形質」はいわゆる"social  behaviour"といえないものでも今回の論文の主張が重要になってくるのではと考えていたのですが…例が浮かびませんでした…
• 細胞競合
• 遺伝率
• 「さっき紹介した論文」: 同日エビが紹介した､紡錘体形成チェックポイント因子の発現レベルが mRNA レベルのコドン使用頻度によって調節されることを報告した論文。近日公開
• 多細胞になるか単細胞になるか: ep 3 凝集日和
• Agglutination: ここでは分裂酵母が接合する時に見られる細胞の凝集を指す。
• Oura ring: フィンランド発の睡眠をモニタリングするスマートリング。コロナで自粛していた時に体の調子が悪くなり、睡眠に原因があるんじゃないかと考えて導入した。
• Ten reasons to move to Germany as a researcher
• How Germany retains one of the world’s strongest research reputations

• 洋書(とその翻訳本)だと各章のはじめに古典から１文引用したりするじゃないですか、ぼくはスイミーくらいしか引用できません(イシ)。
• 研究課題「反社会性酵母」(エビ)

• 「ついに DARK を観終えた」 ... Episode 1 で触れた、Netflix オリジナルドラマ DARK についての話。4 周したイシも最終回は未視聴だった。
• ドキュメント 72 時間 ... NHK 制作のドキュメンタリー番組
• Long et al. Journal of Cell Biology (2020) ... 今回紹介した論文。フリーアクセス。エビが論文を読んだ当時は気がつかなかったが、本論文は Jounral of Cell Biology 誌の Editors' picks 2021 に選出されていた。
• 紡錘体 ... 染色体を分配する巨大な分子装置。
• 動原体微小管 (Kinetochore microtubules) ... 動原体に結合する微小管。
• Kinetochore fibres (K-fibres) ... 上記の動原体微小管などが複数集まって形成される微小管の束。紡錘体の極と動原体をつなぐ。分裂期に K-fibres に特異的に局在するタンパク質が報告されており、興味深い。
• ブカティーニ ... 中が空洞の細長いパスタ。ざっくりと微小管の直径はブカティーニの直径の 10 万分の 1 のサイズ。
• 「THE CELL」... Molecular Biology of THE CELL のこと。手元にあった第 6 版は約 1,600 ページある。細胞分子生物学の「鈍器」。
• Mitchison and Kirschner. Nature (1984) ... Tim Mitchison と Marc Kirschner による、微小管の動的不安定性 (dynamic instability) を報告した論文。
• Tim Mitchison 本人が出演する動画
• Dumont and Mitchison. Current Biology (2009) ... Sophie Dumont と Tim Mitchison による紡錘体内の力と紡錘体の長さ (構造) についての総説論文。
• 紡錘体の構造が大事 ... 紡錘体の構造は紡錘体の機能に重要であることがわかっており、したがって紡錘体の構造異常は染色体の分配異常とそれに伴う異数性や細胞死、がん化につながると考えられている。
• Researchat.fm さんの kinetoplasmid 回
• Akiyoshi, Sarangapani, Powers et al. Nature (2010) ... 出芽酵母の動原体を試験管系で再構成した論文。動原体にかかる張力そのものによって動原体と微小管の結合が安定化する機構があることを示唆した (動原体に 5 pN 程度の力を加えると動原体と微小管の結合時間が最も長くなる)。本編では昆虫細胞で発現させたと述べたが、これはエビの間違いで正しくは出芽酵母からでした。
• ポイントセントロメア ... 出芽酵母のセントロメア領域 (動原体が形成される染色体上の場所) に含まれる DNA は 120 bp 程度で、単一の微小管と結合する。
• Photoactivation ... 特殊な構造の不活性型蛍光タンパク質に強い光 (レーザー) を照射して活性型に変化させること。例、PA-GFP (GFP T203H) (Patterson and Lippincott-Schwartz. Science (2003)) や Dendra2 (Chudakov. et al. Nature Protocols (2006))
• Photobleach ... 蛍光タンパク質に強い光 (レーザー) を照射して光褪色させること。
• 「熱い自説」... Episode 6 「ずっと俺のターン！」 参照。
• Walther Flemming ... ドイツの細胞学者 (1843-1905)。当時 Flemming は技術的な限界により紡錘体を詳細に観察することができなかった。しかしながら Flemming のスケッチには紡錘体構造 (たくさんの繊維からできた構造) を示すイラストがはっきりと残されていた。この Flemming の紡錘体のスケッチは、1899 年に出版された Alfred Fischer による本などの影響で固定細胞の染色によるアーティファクトだと考えられるようになった。しかし、後述の Shinya Inoué が 1950 年代に偏光顕微鏡を用いて生細胞の紡錘体および紡錘体を構成する繊維状の構造 (=後の微小管) を撮影することに成功し、長年にわたる論争に終止符を打った。
• Shinya Inoué ... アメリカの生物学者 (1921-2019)。ライブセルイメージングの開祖。Inoué らは紡錘体を観察した研究の後に、重水や圧力を用いて分裂期を阻害し、それらストレスに対する紡錘体の応答を観察した。一連の実験は微小管がダイナミックにターンオーバーを繰り返すことを示唆し、細胞生物学者は (1) 重合によって生じる push する力 (2) ATPase モータータンパク質のスライディングによって生じる力、の 2 種類の力を細胞骨格が生み出すと考えるようになった。実際にこの仮説が提唱された後、筋収縮に関わるミオシンなど (Haxley. Science (1969)) が発見されていく。これらのモータータンパク質は真核生物でのみ見られるので、原核生物では細胞骨格 (ParM など) の重合によって生じる push の力によってゲノムが分配される。
• Inoué 本人が出演する動画
• Mitchison. Cell (2020) ... Shinya Inoué に対する Tim Mitchison の追悼文。この追悼文によると、化学固定して得られた観察像に対して Inoué は生涯を通じて懐疑的だったらしい。

• 紡錘体に対する愛が溢れてしまった (エビ)
• ぼくは最近フジッリが好きです (イシ)
• 収録日: 2021.07.03
• 編集: エビ

• ヨーロッパコマドリ(robin, Erithacus rubecula)
• コマドリ(Japanese robin, Luscinia akahige)
• Okobi, Banerjee et al., 2019, Science: 1つ目のSinging mouseの論文。
• Co-first authorのBanerjeeによるトーク
• Science誌のsinging miceの紹介記事: 動画も観られる。
• "できなくはないけど大変そう": 泥臭い行動実験・観察の熱い話は蜂の群れに人間を見た男ー坂上昭一の世界がオススメ。
• 皮質のホムンクルス
• 筋電図:
• OMC (orofacial motor cortex)
• Perturbation: 人為的な操作(今回は電気刺激)で何かのプロセス(今回はOMCの正常な活動)を邪魔("摂動")すること。
• Subcortex
• シロビタイジョウビタキ: イシは論文紹介中におもむろに双眼鏡を覗いて窓の外の鳥を見ていた。
• GABA
• ムシモール: マリオカートのキノピオのモデル、ベニテングダケの毒成分でもある。
• "他のマウス": 本編中で「他の(別の種の)マウスは歌わないのかも」というようなことを言っていたが、一般に使われるハツカネズミMus musculusの雄は超音波の発声("ultrasonic vocalisation (USV)")をすることが知られている。MusのUSVにOMCと相同な脳領域が必要なのか、social context依存の活動をするのかなど気になる。
• Young et al., 1999, Nature: 本編で言及されたペアボンディングの論文。
• Coleman et al., 2021, PNAS: 2つめのplain-tailed wrenの論文。オープンアクセスではない。
• Scientific AmericanのColemanら自身による紹介記事
• Plain-tailed wren
• 鳴禽類のソングシステム
• 神経核
• Premotor coortex
• Primary motor cortex
• ソロの歌: Fortune, et al., 2011, Scienceの図1を見るとソロではスキマのある歌を歌っているよう。
• Banichov, Vallentin, 2020, Nat Commun: 3つめのキンカチョウの論文。オープンアクセス。
• McKeller et al., 2019, Current Biology: イシがポッドキャストを始める前に紹介したDrosophilaのmating behaviourのaction sequenceの論文

• 長かった...(イシ)
• デュエットソングの動画はすごく興味深いので是非多くの人に観て欲しい (エビ)
• 収録日: 2021.07.03
• 編集: イシ

リンク付きの完全版はこちら

• Weis and Jacobson. Learning on knowledge graph dynamics provides an early warning of impactful research. Nature Biotechnology (2021) ... インパクトが大きくなる論文を早期に予測する AI 論文。Nature Portfolio の Twitter アカウントが投稿したツイートには沢山の引用リツイートがぶら下がっている。
• デルポイ
• "In a world of expanding science and limited resources, quantitative approaches such as DELPHI can be used to help guide research funding allocations to maximize scientific return on investment" ... 上記 AI 論文の Figure 5 の恐ろしい legend になります。
• イシの言っていた論文は見つけられませんでした、勘違いとみなしてください...
• Pluchino et al. The Peter Principle Revisited: A Computational Study. arXiv (2009) ... 本編中で触れられたランダム昇進論文。ピーターの法則によると、成果主義に基づいて組織内で優秀な人を昇進させても上の階層で同じように優秀とは限らず、結果的に組織効率がマイナスになってしまう。Pluchino らはシミュレーションモデルを用いてピーターの法則を逃れるような昇進の仕組みを検証した結果、有能な人と無能な人を交互に昇進させる場合と無作為に選んだ人を昇進させる場合の 2 つの方法が見つかってきた。この研究成果により、Pluchino らは 2010 年にイグノーベル賞を受賞。
• イトヨリダイ
• ニホンイトヨリ、日本で初確認のニュース
• トウキョウトガリネズミ
• グリーンランド ... アイスランドに入植希望者が現れなかったことを受けて、グリーンランドと名付けられたらしい。
• カール・フォン・リンネ (Carl von Linné) ... 二名法を体系付けた分類学の父
• Homo sapiens ... 我々ヒトの学名
• Gorilla gorilla ... ニシゴリラ
• Gorilla beringei ... ヒガシゴリラ
• Gallus gallus ... ニワトリ
• Pica pica ... カササギ
• Neopalpa donaldtrumpi ... トランプ前米大統領の名前が入ったガの一種。
• Demorphis donaldtrumpi ... こちらもトランプ前米大統領の名前が学名に入った両生類の一種。
• Craspedotropis gretathunbergae ... グレタ・トゥーンベリ (Greta Thunberg) の名前が入った貝の一種。
• Drosophila suzukii ... Wikipedia に日本語のページがない
• Myrmekiaphila neilyoungi ... シンガーソングライター Neil Young の名前を冠するクモの一種
• Cassiopea andromeda ... カッコ良い名前がついたサカサクラゲの一種
• Cedusa medusa ... スウェーデン語とセブアノ語とワライ語のページしかない。ウンカの一種。
• The World’s Strangest Scientific Names ... 今回の雑談の主なネタ元。本編では言及するのを忘れておりました。
• Bofu bofu ... ヨーロッパヒキガエル
• Our Planet ... Netflix オリジナルの自然ドキュメンタリー
• Our planet behind the scenes ... 上記の Our Planet のメイキング映像。
• Planet Earth
• 訂正: 本編では指向性マイクじゃないかと言っていたが、どうやら違うようです (エビ)
• How Sounds Are Faked For Nature Documentaries | Movies Insider ... 自然ドキュメンタリー番組につけられる効果音についての YouTube 動画。
• Night on Earth ... こちらも Netflix オリジナルドキュメンタリー。

• 今回のハイライトは Pica pica です (エビ) 追記: もっと余白が欲しい
• 収録後考えてみたのですが、AIを資金配分に使う話は良い悪いより根深い問題かもしれない...(イシ)
• 収録日: 2021.05.22
• 編集: エビ

• Sasani et al., 2021, bioRxiv: 今回紹介したプレプリント。bioRxivにポストされているので誰でも読める。
• Mutation spectrum (pl.  spectra):6種類あるDNAの1塩基の変異の起こるの確率の分布のこと。今回は6種類の1塩基変異だけではなく4種類の塩基の前後1塩基ずつのコンテクストを考慮して96種類の変異の確率の分布を考えている(例えばAAA>ATAとAAC>ATCはどちらもA>Tだが別々にカウントする)。日本語の情報がほぼない。
• Kelley Harris: ラストオーサー。
• Workshop on population and speciation genomics: イシが2020年1月に参加したpopulation genomicsのワークショップ。チェコの世界遺産の街チェスキークルムロフで隔年開催。
• Harris & Pritchard, 2017, eLife: ヒトの集団間でmutation spectraに差があることをを示した論文。オープンアクセス。本編で紹介したのはFIgure 3A。
• Speidel et al., 2019, Nature Genetics: 「ゲノム上で家系図を作ってどの変異がその木のどこで起きたかを推定する」と説明したもの。本編で言及されているmutation pulseの図はFigure 4a。bioRxivにもプレプリントがポストされている。
• 古代DNA
• ネアンデルタール人ゲノムプロジェクト: これに関係した書籍である「ネアンデルタール人は私たちと交配した」はエビのオススメでもある。
• Inbreeding (近親交配): 親戚同士の掛け合わせを繰り返すことで遺伝的多型を減らしていくプロセス。
• Recombinant inbred lines:  2つの純系の掛け合わせの子孫から作ったinbred  linesのこと。純系間の遺伝的な違いをマーカーにして染色体上のどこで組み換えが起きたかがわかる。マウスの他にハエや線虫、酵母などでも一般的。今回の研究では染色体の一部領域がどちらの純系由来かがわかった上でその純系と異なる塩基は掛け合わせ以降におきたde  novoな変異だとわかることを用いている。
• Diploid (倍数体/二倍体):  ヒトのように2セットのゲノムを持っているということ。本編とは関係ないが、イシが発した「diploidなので」というフレーズはpopulation  geneticsでは頻出(時間, mutation rate, recombination  rateなどが集団内の遺伝子のコピー数でスケールされるため、diploidではいろいろなパラメータがhaploidの2倍になっている）。
• ハプロタイプ(haplotype)
• 復帰変異: 入った変異と逆の変異によってancestralのalleleに戻ること。
• Molecular clock (分子時計): 進化遺伝学の最も基本的な解析方法で、DNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列に生じる変異のはやさと配列間の差から生物が分岐してからの時間を推定する方法。分岐してからの時間が長いほど差が大きいはずという前提がある。
• CpGアイランド
• CpGのメチレーションとC-to-T変異: CpGサイトのシトシンはメチル化されて5-メチルシトシンになる。シトシンはデアミネーションされるとウラシルになりリペアされるが、5-メチルシトシンはデアミネーションされるとチミンになる。
• コドン
• MUTYH: Base-excision pathwayによるDNAリペアに関わるDNA glycosylase
• 野生由来マウス: モデル種と近縁種の野生由来の多型のリソースはシロイヌナズナや線虫などでかなり豊富な印象。
• 地球平面説
• ポアンカレ予想: ミレニアム懸賞問題のうち唯一解決済み。
• ドラゴンクエストのドーナツ惑星説
• エラトステネス: 地球の大きさを初めて測定した人物。夏至にシエネで南中高度が90度になることを利用して夏至のアレクサンドリアでの南中高度とシエネーアレクサンドリア間の距離から地球の大きさを推定した。

Editorial notes

• 地面に太陽や月がめり込むのタイプのフラットアースでSFの設定を考えるのが結構面白い(イシ)
• Mutation spectrum についてとても勉強になった (エビ)
• 収録日: 2021.03.27
• 編集者: イシ

この余白は狭すぎる... (リンク付きの完全版はこちら, https://gist.github.com/StopCodonfm/4a87603fa8c30df838303fe9da536c85)

• 傷ついた天使 (原題: Haavoittunut enkeli) ... フィンランドの画家 Hugo Simberg の作品。イシのお気に入り。ヘルシンキのアテネウム美術館に所蔵されている。
• ウィトルウィウス的人体図 (原題: Homo Vitruvianus) ... 実物の寸法は 34.4 cm x 25.5 cm。ちなみに脊椎動物ゲノムプロジェクト (GenomeArc) のヒトのページにはウィトルウィウス的人体図が採用されている。
• バベルの塔 ... フランドルの画家 Pieter Brugel I の作品。エビのお気に入り。
• 雪中の狩人 ... 本編でイシが好きだと言っていた Pieter Brugel I の作品。
• Axe throwing ... 斧投げ
• THE AXE THROWING BAR ... 日本で斧投げが楽しめるバー
• Hanschen et al. The Gonium pectorale genome demonstrates co-option of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity. Nature Communication (2016) ... 今回紹介した論文。オープンアクセス。Supplementary file にクラミドモナス・ボルボックス・ゴニウムの生活環のイラストがある。
• 多細胞性 (Multicellularity)
• 門 (分類学)
• 後方鞭毛生物 (オピストコンタ)
• Grosberg and Strathmann. The Evolution of Multicellularity: A Minor Major Transition?. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics (2007) ... 多細胞性の総説論文。残念ながらオープンアクセスではない。この総説論文の Figure 1 を見ながら、多細胞性の獲得がそれぞれの門で独立に起こったことを説明した。
• Bengtson et al. Three-dimensional preservation of cellular and subcellular structures suggests 1.6 billion-year-old crown-group red algae. PLoS Biology (2017) ... 16 億年前に多細胞性を獲得した紅藻の一種を報告した論文。
• Umen and Goodenough. Control of cell division by a retinoblastoma protein homolog in Chlamydomonas. Genes & Developments (2001) ... クラミドモナスにおける Retinoblastoma (Rb) タンパク質のホモログの機能を解析した論文。
• Rb 遺伝子
• エンハンサー
• Last Common Ancestor (LCA)
• Pfam ... タンパク質ファミリーのデータベース。欧州バイオインフォマティクス研究所 EBI が運営。
• サイクリン依存性キナーゼ (cyclin-dependent kinase; CDK)
• レスキュー (遺伝学) ... 遺伝子の機能や発現を欠失させた時に見られた表現型を、当該の遺伝子の機能や発現を増加させて正常な表現型に回復させる実験をレスキュー実験という。
• Zatulovskiy et al. Cell growth dilutes the cell cycle inhibitor Rb to trigger cell division. Science (2020) ... イシが言及した Rb タンパク質と細胞サイズの論文。哺乳類の培養細胞において、G1 期の細胞成長によって Rb タンパク質の細胞内濃度が "希釈" されることで、細胞サイズが恒常的に保たれるメカニズムを明らかにした論文。過去にエビが Journal Club で紹介していた。
• プラスミド
• エピスタシス
• 細胞外マトリックス
• 「染色体を一本につなげる論文」 ... Shao et al. Creating a functional single-chromosome yeast. Nature (2018) のこと。詳しくは Researchat.fm episode 41 参照。
• 分裂酵母 ... 分裂酵母に属する 4 種のうち、エビは Schizosaccharomyces pombe を実験に使っている。パン生地を発酵させるのに使われる出芽酵母とは異なる属である。
• 菌類 (Fungi) と多細胞性 ... 本編を収録した時点でエビは把握していなかったが、そのあと調べると過去数年で菌類と多細胞性に関する原著論文や総説論文が複数発表されていた (例、Heaton et al. A mechanistic explanation of the transition to simple multicellularity in fungi. Nature Communications (2020))。
• Clade (系統群)
• ウーパールーパーのゲノムの論文 ... Novoshilow et al. The axolotl genome and the evolution of key tissue formation regulators. Nature (2018)
• Rafiqi et al. Origin and elaboration of a major evolutionary transition in individuality. Nature (2020) ... 過去にイシが Journal Club で紹介した論文。宿主の発生 (development) に必要な遺伝子をハイジャックして宿主 (アリ) の発生に不可欠になった共生細菌と、そのハイジャックが進化の過程でステップワイズにすすんだこと示した論文。これは分子遺伝学と系統の組み合わせだったが、microbiome-wide association studies (MWAS) などによってどんどんビッグサイエンス化していくとイシは予想している。
• 「エッセイ」 ... Schwartz. The importance of stupidity in scientific research. Journal of Cell Science (2008)
• 「スペクトラム」 ... イシが同日に紹介した mutation spectra のプレプリントを言及している。近日公開。

Editorial notes

• 多細胞性は引き続き注目していきたい。 追記: 余白が狭すぎる (エビ)
• この日はドイツのネットが悪かったのかもしれない。(イシ)
• 収録日: 2021.03.28
• 編集: エビ

• Monarch butterfly: 和名オオカバマダラ。北米ーメキシコ間の渡りで有名。自然保護活動の一環で人工繁殖などもされているが、captivityで育ったmonarchが渡りをしなくなるという報告もある (Tenger-Trolander et al., 2019, Contemporary loss of migration in monarch butterflies)。
• Gu et al., 2019, Dichotomy of Dosage Compensation along the Neo Z Chromosome of the Monarch Butterfly: 今回紹介した論文。オープンアクセス。グラフィカルアブストラクトだけで全てわかって素晴らしい。
• James Walters lab
• Bachtrog, 2006, A dynamic view of sex chromosome evolution: 今回イントロで使った性染色体の進化に関するレビュー。オープンアクセスではない。
• Wright et at., 2016, How to make a sex chromosome: 今回のイントロの内容に対応するオープンアクセスのレビュー。
• Nei, 1969, Linkage modification and sex difference in recombination: 根井正利の性染色体進化の論文の１つ。
• Ohno, 1967, Sex chromosome and sex-linked genes: 大野乾の性染色体進化の本。
• Natri et at., 2013, Progressive Recombination Suppression and Differentiation in Recently Evolved Neo-sex Chromosomes: トゲウオのネオ性染色体でrecombination suppressionがどう進んだかをみた論文。オープンアクセス。本エピソードで赤とか青とか言っていたのはFig7。
• Lahn et al., 1999, Four evolutionary strata on the human X chromosome: 性染色体のevolutionary strataを報告した論文。
• Sex chromosome dosage compensation: 英語のWikipediaのほうが日本語より充実している…
• 訂正: 25:25 Partial compensationに関して「X染色体と常染色体の(発現の)比率はメスでは崩れている」と言っているがオスでも崩れている。
• New England Biolabs: Monarchとは明らかに羽の模様違いますよね…?
• Circos plots: イシが嫌いななんでも丸く配置するプロットの例。イシはsyntenyやhomologyのリンクを図示するとき以外には使わないがManhattan plotなどでも使う人が最近多いし、そうやって作った情報過多の図がジャーナルのカバーを飾ったりしている…。Aestheticに訴えるものがあるのは理解できるが…
• 「性決定の様式」: Bachtrog et al., Sex Determination: Why So Many Ways of Doing It?やResearchat.fm エピソード48などを参照してください。
• 「前回あたりにやった多細胞性の獲得」: エビが2021年3月27日に紹介した論文。エビが前回まで単細胞だったという意味ではない。近日公開。
• Kitano et al., 2009, A role for a neo-sex chromosome in stickleback speciation: トゲウオでネオ性染色体が行動を介して種分化に貢献していることを示した論文。
• Zhou et al., 2021, Platypus and echidna genomes reveal mammalian biology and evolution: Vertebrate Genomes Projectの一環ででた単孔類(カモノハシとハリモグラ)のゲノム論文。

• 指示語だけに頼るのを減らしたいです(イシ)
• しょうもないダジャレを言うようになって加齢を実感(エビ)
• 収録日: 2021.05.01
• 編集: イシ

• DARK (ドラマ) ... イシゴオカとエビがオススメするドイツ発の Netflix ドラマ。全 3 シーズンで、完結済。  
• PSP
• Jailbreak
• Paul Nurse ... イギリスの遺伝学者。元王立協会の会長。分裂酵母を用いた研究で細胞周期の主要な制御因子を見出した。この業績により 2001 年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。
• What is life?: Understand Biology in Five Steps (本) ... Paul Nurse 博士初の著書。生物学が専門でない人にも理解できるように、平易な言葉で記されている。2021 年の 3 月には日本語訳がタイヤモンド社から出版された。
• Lewis Wolpert ... イギリスの発生生物学者。南アフリカ出身。発生中の多細胞系における French-flag model の提唱で有名。ウォルパート発生生物学という有名な教科書がある。2021 年の 1 月に亡くなられた。
• Web of Stories の Lowis Wolpert インタビュー動画シリーズ
• 生きものの理論を探して (堀田 凱樹) ... ラジオ少年の例
• 物理で探る生きものらしさの源 (大沢 文夫) ... 非ラジオ少年の例
• チ。–地球の運動について– (漫画) ... 魚豊 (うおと) さんによる地動説を題材にした漫画。
• 新世界より (アニメ)
• Steins;Gate (アニメ)

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