NeuroRadio
By NeuroRadio
最新の研究論文紹介や基礎科学・医学研究に関する(あるいは全く関係しない)雑談、留学情報など。
感想やコメント、質問などはtwitterハッシュタグ #NeuroRadio あるいはinfoあっとneuroradio.tokyoまで。
NeuroRadioOct 24, 2022
#74 Letters to the editor
TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
- Doudna
- TEDに出た
- 神経科学学会にDoudnaが来た
- U-Haul
- DeepL Write
- 2021のIntercalated cluster論文
- ChatGPT
- Claude
- Nature系列がやってる校閲サービス
- Paperpile
- Tushy
- Totoの携帯用Washlet
- シュピューラー
おたより紹介パート
- 押尾学
- 重要度と緊急度のマトリックス
- ビジネス書
- 論文は常に書いていくもの、の出典
- を書いたGeorge Whiteside
- 岡本太郎的な
- Trachtenberg
- ScanzianiがNeuronに出した
- Yang DanからNature
- Mriganka SurからNature
- 加藤さん回
- のChR構造論文
- 佐野さん回
- あやかさん回
- 研エン
- 神谷先生
- 発火頻度のログノーマル分布
- Alison Barthのやつ
- Toroidal回
- GEVI回
- Kilosort4論文
- 牧野さん回
- サットン本
- 藤島さん回
- 麻しんワクチン接種について(Q7)
- ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でした
Editorial Notets:
- 優しいおたよりばかりでホッととしました (脇)
- 健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)
#73 The yellow light for RdLight
健康診断、3年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)
Show Notes (番組HP):
- たち:白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど)
- コメント募集!のGoogle Form
- Querie.me
- 3年めのJ1ポスドクのタックスリターン
- IRSのExemption 記述その1 vs 記述その2
- SPRINTAX ReturnsとCalculus
- 税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事
- 7000ドル追加徴税の回
- 日米租税条約第20条廃止について:1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい?
- JHUがまとめたフェローシップリスト
- NIHグラントのEligibility
- USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと
- Jetstreamの芯が国際規格に 6年前でした
- 宮脇が使っているLAMY の万年筆
- Faber‐CastellのE-Motion all black
- 萩原さんが想定していたLAMYの万年筆 (サファリ)
- ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000
- ペン回しの技一覧
- さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。
- ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。
文献紹介パート
- 一報目:Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA
- Arc Institute
- Patrick Hsu
- Silvana Konermann
- 西増先生
- マイクロスケール熱泳動
- Evo
- 二報目:Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’
- Nicolas Tritsch
- Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation
- Frenemy
- Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature
- Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig
- Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした
- SchultzのRPE
- メンデル捏造?に関する議論のまとめ
- 赤色dLight
- Mohebi & Berke のNature論文
- Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文
- 内田さんの論文
- 最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文
- 一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、
- 自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした
- Voltage IndicatorのPhotoswitch
- IRを一緒に当てると褪色が遅くなる
- Kaede
- CAMPARI
- X-CAMP R
- RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21)
- 初代mScarlet
- Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input
- Stephanie Cragg
- 三報目:Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP
- 平林先生
- Bio-stationさんのポッドキャスト
- Franck Polleuxラボ
- 田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文
- もう一報出てたやつ:Polleuxラボからでした
- 本来のScanning Ion Conductance Microscopy
- SypHer
- iATPSnFR
Editorial Notes:
- ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)
- 引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)
#72 Collaborative professionalism in neuroscience
北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)
Show Notes (完全版):
- 大久保さん個人HP
- 吉良さん@Chris Harvey Lab
- 計数工学科
- Michael Fee lab
- FeeラボでのNature論文
- の日本語版解説
- FeeラボでのNeuron論文
- の日本語版解説
- Rachel Wilson lab
- Neuron論文
- Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML)
- パターン認識の教科書の表紙
- Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。
- Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul
- Patricia Churchland
- Mark Churchland
- Anne Churchland
- Terrence Sejnowski
- The Computational Brain
- Dmitriy AronovのScience論文(HVC破壊してもSubsongは残る)
- COSYNE
- Temperatureのやつ
- 鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など
- Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文
- 親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動
- Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める
- Genetic Dissectionのレビュー論文 2008
- Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010
- ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降(ここ10年)解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。
- 麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事
- 並木さんの下降性ニューロンの仕事
- 実際split-Gal4作りがうまくいくと(2つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると)、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが(大久保)
- ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます(大久保)
- 髭さんのキノコ体の電気生理の仕事
- 並木さんの下降性ニューロンの仕事
- ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain
- 大学院生がやった行動実験の仕事(嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う)
- Vivek Jarayaman
- の仕事
- ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事
- ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している3つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり!
- Janeliaがハエのラインをリリースした(Split-Gal4)
- 風間さん
- Wade Regehr
- Bernardo Sabatini
- Chris Harvey
- Michael Greenberg
- 北京脳科学研究所の組織図
- メンフクロウの音源定位のレビュー この頃のScientific Americanは分野の第一人者が平易な文と分かりやすい図でレビューを書いており、素晴らしいです。
- 鳥と哺乳類で音源定位の神経回路は似ているか?
- 小西正一先生のobituary
- Matt Wilson
- Josh (Siegle)
- CIBRでのPI公募
- The Transmitterの神経科学における専業に関するオピニオン記事
- Jakob Voigts
- Open Ephys
- DeepLabCut (DLC)
- Advanced Technology Team
- Image Analysis Collaboratory @ HMS
- Institutional Knowledge
- Instrumentation Core @ HMS
- 北京脳科学研究所のInstrumentation Core
- AquiNeuro
- Cyril Herry
- Fixstars
- OpenScope
- Jérôme Lecoq
- Mark Schinitzer
- 異なる個体においてもニューロンの集団活動のダイナミクスが似ている
- Segment Anything (Zero-shotで画像のセグメンテーションを行うモデルの例)
- DeeperCut
Editorial Notes
- この度は貴重な機会を頂き、有難うございました!過去のNeuroRadioのゲストの方の中には一緒に語り合った仲間も多く、こういった形で近況アップデートできて良かったです。自分は、様々なタイプの科学者のちょっとした出来事に垣間見られる「現場でのプロフェッショナリズム」に大きく影響を受けてきました。そういった学会発表や論文からはなかなか見ることのできない科学者の人物像に関するエピソードを盛り込むようにしましたが、少しでも雰囲気が伝われば幸いです。後半の神経科学におけるコラボレーションの議論では、Allen InstituteやWyss Instituteでの様子も聞けて、色々と参考になりました。 (大久保)
- 自分もなるべく生データに近い所で働きたいです。新しい研究所で新しいキャリアの在り方を作るのは大変そうですがハマれば理想的ですね (宮脇)
- 生理実験がまあまあ得意、というのに要所要所で支えられてきましたが、実験はできるだけ早く引退したい…(とはいえ解析だけで生きていけるほど解析能力が高くないのであった) (萩原)
#71 My Favorite Things 2023
新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)
Show Notes (番組HP):
- 震災関連の寄付窓口まとめ
- 最近のエピソード
- 〇〇を救いたい
- NeuroRadioへのお便りフォーム
- Querie Tips
- 研エンさん
- の、おたよりフォーム
- Overleaf
- DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事
- Science Advancesにのったやつ
- について扱ったNeuroRadio回
- ニコラス就職
- K99/R00
- 去年の年始回
2023年宮脇お気に入りアルバム 10選
- Favorite Album 2023まとめツイート
- Sufjan StevensのJavelin
- Illinois Apple Music Spotify
- Call Me By Your Nameで使われてた歌
- ギランバレーになった
- 10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP)
- 9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol
- 8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify
- 7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth
- 6: Model/Actriz – Dogsbody
- 5: Sanam - Aykathani Malakon
- 4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha
- Muddat
- Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify
- Ziggy Stardust Apple Music Spotify
- 3: Goat - Joy in Fear
- プロモ映像
- Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify
- Weired Fishes / Arpeggi
- boomkat
- KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify
- 2: Titanic – Vidrio
- 1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify
- Rush
- Beatrice Dillon
- Steve ReichのIt’s gonna Rain
- Pharaoh Sanders
- Albert Ayler
- その後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました
- Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ
2023年萩原おすすめYouTube 5選
- 1: パワーチューブ
- おすすめ動画: 2023年最新!ベンチプレスの【基本】はこれで分かる!日本王者解説!
- 牛山選手
- SBD
- が主宰するシェフィールド
- 2: Jeff Nipperd
- おすすめ動画:How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time)
- Broscience
- Progressive Overload
- 今古賀翔
- 走ることについて語るときに僕の語ること
- 3: 散財小説ドリキン
- おすすめ動画:「本日最終日!ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話
- おしりが洗えるシャワー
- を取り上げたNR回
- U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods
- Rebuild.fmどりきんさん回まとめ
- 4: ReHacQ−リハック−
- 5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座
Editorial Notes:
- 今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)
- 2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言ってた (萩)
#70 Transmission
有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)
Show Notes (番組HP):
雑談パート
- グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議
- 齋藤さんNR回 1 2
- 使った発表資料(pdf)
- Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf)
- ヴィースのHow We Work
- ヴィースのしくみに関する記事
- Business Development人材のリスト
- Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology
- Jay Shendure
- David Baker
- Rui Costa
- 浜崎さん
- 林さん
- 浜崎さんの歴史的な仕事
- コンデンサマイク vs ダイナミックマイク
- Blue Yeti
- Brooks Brothers破産
- 今年のBlack Fridayはそんなに良くない?:10月からの割引が結構あったという話らしい?
- Shure MV7
- Shure SM58
- Shure Beta 87A
- イアンの回
- 昔の北沢さん回
- MOTU M2
- Shure SM7B
- (Geforce RTX) 3090
- Neumann U87 Ai
- U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用
- Jeremiah Cohen
- UWのEric Shea-Brown
- 豊泉さん
- Stefan Mihalas
- MindScope終了
- Shaul Druckmann
- 最後の方の稲垣さんの仕事
- Sandro Romani
- M3 Pro Max
論文紹介パート
- 論文1:Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning
- Christine Constantinopleラボ
- Randy Brunoラボ
- Brunoラボ時代の仕事
- Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇)
- Bruno、ポスドク時代の超絶技巧
- Larkumラボ
- の上だけ止めるmanipulation:たとえばコレのBaclofen局所投与
- Brodyラボ
- Brodyの所で出した論文 1 2
- 塩野七生
- ローマ人の物語
- コンスタンティノープルの陥落
- 中島さんのCellの仕事
- さやかさん回 1 2 3 4
- タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事
- Silvia Arber
- optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do
- さやかさんの論文
- AllenのABC Atlas
- GPCRのInternalizationによる不活性化
- DATのアンタゴニストGBR 12909
- 柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2
- George Augustine
- Erwin Neher
- 細胞内カルシウムのモデリングの仕事
- 論文2:Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain
- Doudnaラボ
- SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文
- Cell Penetrating Peptide に関するレビュー
- 筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント
- Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3
- 論文3: Full field-of-view virtual reality goggles for mice
- Daniel Dombeck
- David Tank
- 2光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007)
- 海馬での応用が2010 NN
- Chris Harveyの仕事
- Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション
- Zemax
- 論文4:Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types
- Loisa Cochella
- Mime seqその1 in Nat Meth
- miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解
- glycolRNA Cell 2021
- Bertozzi
- 筆頭著者のRyan Flynn
- 続報プレプリント
- Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした
- 論文5:Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala
- ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文
- ラット、かくれんぼする
- ラット、くすぐられて笑う
- Brecht
- Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだあります。
Editorial Notes:
- マイク沼、CPU/GPU沼、対物レンズ沼は奥が深そうで怖い (脇)
- 昔はひたすらマーガレットおばさんのシャツとニットを着てましたが、体がデカくなって着れなくなったので全部捨てて、以降ほぼ全部ユニクロ(か山系)です(萩)
#69 PhD programme at the Centre
University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim) ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)
Show Notes (番組HP):
- 中野さん
- 黒田さん
- Optical BiologyのPhDプログラム
- SWCのPhDプログラム
- Tom Mrsic-Flogelラボ
- Tim Behrensラボ 1 2
- Lucy (Rotten Tomatoes)
- 黒田さんがラマンをやっていたところ
- USMLE
- 水島研
- 大木研
- Elective Clerkship(エレクラ)体験談いろいろ
- Matteo Carandini
- Kenneth Harris
- Cortex lab
- Isaac Bianco
- Florian Engert
- Andreas Shaefer
- クリック研究所のNeuroscience
- King’s College London
- Jeffrey Erlich
- Carlos Brody
- Athena Akrami
- LabVIEW
- Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン)
- PyBpod (全然メンテされてなくて微妙)
- Bonsai Harp
- Gonçalo Guioma
- Allen が引き抜いたBruno Cruz
- の論文とか
- Ivan Voitov
- Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron
- Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力)
- Aruduino
- Maxime Rio
- IBL
- IBLのHarpによるBehavior control
- Champalimaud (IBLの出資元)
- SLM (Spatial Light Modulator) 解説
- Michael Häusser
- Adam Packer 2015
- Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡
- Thomas Akam
- Mohamadyによるプレプリント
- Timが最初にやったNose Pokeの仕事
- Cambridge Probes
- GPCRのInhibition PdCO
- 2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない
- 服部さんのpaAIP使った仕事
- 古館さん回 1 2
- Sonja Hofer
- SWCの顕微鏡チーム
- Troy Margrie
- Rob Campbell
- Bruno Pichler
- の会社INSS
- COSYS
- のDaleさん
- Tiago Branco
- SWCのウイルスのコア
- SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版
- Marcus Stephenson-Jones
- Tom Otis
- Angus Silver
- KennethのNeuroinformaticsコースClass Page
- Ken Harris のnonsense correlation
- イメージングとTranscriptomeの対応
- Yoh Isogaiラボ (現Allen)
- Gatsy Computational Neuroscience Unit
- Peter Latham
- Maneesh Sahani
- John O’Keefe
- Tiago のSynaptic Threshold
- Goal/Subgoal
- SC
- Georg Keller
- Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い)
- Rainer Friedrich
- 元々DTIをやっていた
- Mark Walton
- Tolman-Eichenbaum Machineの論文
- James Whittington
- 金森さん
- 2011年のHo Ko論文
- Ho Ko lab
- Andy Murray lab
- デスク含め全てが波打っている
- SpareRoom
Editorial Notes:
- LUCY観た人いたら連絡してください笑(中野)
- Georg推し人間みたいな感じになってしまいました(黒田)
- 2人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです(脇)
- 新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました(萩)
#68 Foraging under the Sun
UF Scripps服部亮磨さん (@ryhattori, gmail) がゲスト。PIとしてフロリダで働き始めた様子、OFCメタ強化学習論文の紹介、今後の展開・手術ロボット談義など(11/10 収録)
Show Notes (番組HP)
- 服部ラボHP
- 服部さん過去NR回
- 最近のMetaRL論文
- DEA:麻薬取締局のこと(Breaking Badのハンクが働いてるところ)
- 服部ラボ求人広告
- Florida Atlantic University
- のHonor college(FAUの成績優秀者が通うキャンパス)がUF Scrippsの隣にある
- U-HAUL 大手引っ越し業者
- U-box
- 2P-RAM
- Diesel2p
- First Author の Che-Hang Yu
- INSS
- Bruno Pichler
- COSYS
- Spencer Smith
- さん達の会社
- フロリダの魚
- 数回落ちてる過去出演者
- SFARIのエリジビリティ
- 小宮山先生
- 最初のCell
- Ken Harrisの nonsense correlation
- PatchWarp 論文
- Community Review (今はMulti-Journal Submission)
- Heliyon 確認したらHeliyonはCommunity Review / Multi-Journal Submissionの対象外でした。 by 服部
- Cell Reportsシリーズ:一応Cell Reports(生物学的発見)でカバーされない分野の論文のためのジャーナルらしい。Physical ScienceとかSustainabilityとか「細胞」関係ないやんって思いますが by 服部
- これより前のNeuron論文
- Matthew Botvinickが提唱したMeta-reinforcement learning
- UC バークレーのグループによるもの
- A2C
- Jeremiah Cohen
- Yasuda先生のラボ
- が開発したpaAIP2
- サットン本
- Deisseroth のOFC論文
- StuberのOFC論文
- JeremiahのNeuron論文 (Bari et al)
- JeremiahのbioRxiv論文
- SfNのDeisserothラボ左右Foraging
- David Sussilo
- D-labのRetrosplenial論文
- NeuroSarの手術ロボット
- RWDの手術ロボット
- Mackenzie Mathis
- フロリダ大学のスパコン NVIDIA A100 GPUが1,120枚入っているのでAIのトレーニングに便利です by 服部
Editorial Notes:
- また呼んでいただきありがとうございました。後半のサイエンス部分は近い分野以外の人からしたらワケワカランかもですが、マニア向けということで・・・。ポスドク希望の方はメールでお問い合わせください!(服部)
- 手術ロボットの最適化、ある意味で強化学習の強化学習って感じがします (脇)
- 僕は爬虫類やや苦手です(萩)
#67 You've come a long way
Lake Conferenceレポート、DJ Clubなどについて雑談。論文紹介は、intrabodyベースの順行性モノシナプティックトレーサ、CSとUSが離れた味覚嫌悪条件づけの神経基盤、授乳期の骨形成を担うホルモンの発見、ライティング時の注意に関するエッセイ (10/14収録)
Show Notes (番組HP):
- Lake Conferences
- トゥーンでの開催
- ASCONA
- Pico Caroni
- Silvia Arber
- Rainer Friedrich
- 元ボス
- ゲオルグ
- Rui Costa
- DeepLabCutのMathis
- Brain Behavior Observatory (BBO)
- IBL
- Enhancer-AAV その1 その2 その3
- 千歳さん
- 第一回論文紹介
- SfNでの発表 トーラスの発達含め他のポスター群も面白そう 脇
- エントライナルを潰しても場所細胞は残る by ロイトゲブ・ロイトゲブ ムシモルじゃなくてNMDA lesionでした 萩
- エントライナルのグリッドの形成が場所細胞の形成より遅い
- Leutgebのレビュー
- NR(Nucleus Reuniens)からの場所情報コード acuteでのdisruptionはリマッピングにしか影響なさそう 脇
- Ilana Witten
- AndreasラボのCTA論文
- Zimmermanさん
- Scott Sternson
- Yuki Oka
- Zachary Knight
- 一番搾りの写真
- 五十嵐さん
- 吉良さん
- Hide Inagaki氏
- Rajesh Raoさん
- Predictive Codingの伝説的なNN論文
- 古館さん回 1 2
- Arisの論文 2012 Neuronはゲオルグ筆頭のやつでした… 脇
- DJ Club
- 新築の建物
- Dissect Podcast
- In Rainbows
- High and Dry 実際の歌詞は don't leave me high/dry なのですが、なんか通じましたね笑 -確かに!
- Don’t let me downのルーフトップコンサート Let it beセッションの収録だがGet backのB面
- SpotifyでPodcastの中に音楽埋め込みができる
- Spotifyのドキュメンタリードラマ
- 戦場ポスドク氏回
- Ofer Yizher
- のTwitterで外人ポスドクがEvacuateしている様子
- Harvardが声明文出すの遅くて抗議されていた
論文紹介パート
- 論文1:ATLAS: A rationally designed anterograde transsynaptic tracer
- Don Arnoldラボ
- AAV1
- YFV-17D
- NeuroRadioで扱った回
- Intrabodyとは
- 10th Fibronection Type 3
- mRNAディスプレイ(in vitro virus)の根本先生による日本語解説
- FingR論文
- 使われているAnti-Creの抗体
- AAV2-rgのトロピズム、これのTable S2
- 論文2:A neural mechanism for learning from delayed postingestive feedback
- Richard Palmiter
- Parabrachial CGRP がCTAに効いてるというNeuronの仕事
- 慈恵の渡部さん
- の仕事
- Hailan Huの2報 1 2 (と言ってたら10/18に続報がまたNに)
- リチウムはこれとHailan Huが混乱してた感じが 萩
- ジョセリンのexcitability-based allocation selection
- 同じ路線の質問応答をマークのポスドクとイラーナがtw上でやってた。cAMPはありそう。萩
- Mark Andermann
- MarkAndermannの興味が(Sリバレスとのコラボで)そちらに向いてた
- 遅れて反応するVTA細胞もいるというZachKnightの仕事
- 論文3:Brain-Derived CCN3 Is An Osteoanabolic Hormone That Sustains Bone in Lactating Females
- Ingrahamラボ
- Amrosiラボ
- Ingrahamラボの前報
- 冬眠っぽい表現型が出るセルタイプ
- 宮道先生
- のグループによるARC Kiss1の閉経後ダイナミクス
- 苅郷さん
- 論文4:Point of View: Beware ‘persuasive communication devices’ when writing and reading scientific articles
- 日本の時にやってた仕事
- Orchestrateしてるかは怪しい仕事
- RabiesのSci Adv論文、supplementary notes
- Natureのアブストの書き方指南
- この前の北沢さん回
Editorial Notes:
- 風邪治りたてで喉がダメでした…すみません。15 Stepって一発録りだったんですね(脇)
- 爆発音ビビりました。銃声より全然デカかった。記念に残してます。(萩)
#66 Timestamping academic life events onto podcast sequels - Part 2
定期ゲスト北沢さん (@kitazawa_taro) のデンマーク・DANDRITE生活1年目の振り返り、ラボ立ち上げ・プロジェクトの経過、Fosの発現メカニズムに関するJC、など (10/1 収録)
Show Notes (番組HP):
- 北沢さんラボ
- 北沢さん過去エピソード 1 2 3
- 神経科学学会2023
- FMIでの仕事
- 新潟の脳研
- とのシンポジウムで帰った時の写真
- DANDRITE
- 竹内さん
- 米原さん
- 三國さん
- 佐藤大祐さん
- 蚊のラボ(熱帯医学講座)
- Sadegh Nabavi
- 最近のスイスの滞在許可の言語要件
- 北沢ラボ研究テーマ:vivoのmemory formationを最新ゲノミクスで+ゲノミクスの最新技術を作ろう
- スナップショットを越えようとする例。その1 その2 その3 その4
- Erin Schuman
- Chao Sun
- Chao Sun 論文、シナプスシングルタンパク質イメージング
- Brain Prize 2023
- Michael Greenberg
- Erin Schumanの歴史
- Npas4は両方やってそう これですか?
- Arcもやってそう: vivoではArcは一度上がったらずっと上がっているかも
- Bito先生あたりで一度言われていた
- Thomas Kim
- Seth Blackshaw
- Sageghが出してた
- Frontier
- Molecular Brain
- BioRxivに出ている
- OptoでLTPのnature
- Fens-Kavli scholars
- FKNEのコミュニティサービス業務の一つ:PhD awardにギリで落とされた萩原
- Denis Jabaudon
- Johannes Gaeff
- Guillermina López-Bendito
- Flavio Donato
- Tomas Ryan
- 収録後に実際にボルドーのFens-Kavliカンファに参加して、Keynoteで来ていたSheena Josselynともちょっと仲良くなりました!
- FENS (Federation of European Neuroscience Societies)
- ボルドーニューロキャンパス
- ボルドーの高橋さん
- Julien
- Julienの2022Science
- Cyril Herry
- Filippo Rijli
- Nikolas Karalis
- ParisBrainInstitute
- オーサーシップの複雑なScienceAdvances論文
- Breathingの仕事
ジャーナルクラブ: Neuronal FOS reports synchronized activity of presynaptic neurons
- 前回のJCで読んだGreenberg Harveryの仕事
- のNR回
- Thomas Oertner
- DRGをモデルにつかった古典の例 あと、これとか
- 2013年の最初のTRAP論文
- カルシウムから転写までのシグナルに触れたレビュー。その1 その2
- TTX存在下でのHigh Kによる転写制御のGreenbergランドマーク的論文 その1 その2
- 収録中Fig4でのロジックをどうしても解読できてなかったのですが、収録後になんとなくわかりました。活動・カルシムの下流のシグナルを阻害してもFosが変化しないので活動が自律的にFosを誘導していないという風な文脈なんですね。ただ、阻害されたシグナルが活動特異的なものでは特になく、しかも活動の下流を全部つぶしたわけではない(CamKとか)ので、データだけフラットにみると有名なシグナルをcherry pickにいくつか阻害したけど結論が出ませんでした的な感じの印象が強くなってしまいました。活動だけで特異的に駆動されるシグナル (のモジュール) とかがあると助かるんですけどね。。。 (北沢)
- Gi-DREADDの作用機序は結構複雑:Rothのこのreviewがわかりやすくまとまってる
- リリースを阻害するテタヌストキシン軽鎖 (TeNT Light Chain)
- Francesco Ferraguti
- Fred Gageのところで作られたDGとCA1をFACSで分けるプロトコル
- Kaz Tanaka / Tom McHughの仕事が引かれていない
- DavidのGeorgの海馬の方 (4年くらいbRに放置)
- DavidとGeorgのV1の方 (reviewを経て謎の新興ジャーナルに)
- 北沢さんらがミスったbioRxivの引用 (3人目以降のオーサーが落ちるのが共通?)
- Bito先生がDeisserothと昔やった仕事
- Richard Tsien
- CREB周りは、0.1Hzでのリン酸化CREBの免染をしてくれるだけでだいぶ理解が深まるのになーということをコメントしようと思っていて忘れていました。MAPKやCamKシグナルに関しても同様なのですが。北沢
- CREB屋さん、Josselyn
Editorial Notes:
- 文献検討を加えたことでだいぶ中身ができましたねー。Fens-Kavliネットのハイライトはシーナジョセリンとの初邂逅でしたが、実は彼女は僕がDANDRITEポジションに応募した時のプロポーザルを外部レビューしていて、僕の方向性はしっかり把握していたことが発覚。ERCのプロポーザルはヨハネスグラフに回っていたし、基本的に情報は漏れまくる覚悟が必要ですね!(北沢)
- BTSPの刺激プロトコルより長いタイムスケールの人工的な刺激でこういうことが起こるの面白いですね。ところでSanta CruzポリクローナルのFos抗体って一回ディスコンになったはずですけど復活したんですかね…?Fig. 5,6 でSynaptic Systemsの異なるFos抗体2種類を使ってるのも若干気になります (脇)
- 北沢娘から2人称「あなた!」で呼ばれてたのを思い出して懐かしい気持ちに。多分”You”の直訳なんだと思う。Fosの抗体に関してはディスコン直前に買い込んでたらしい。で、使い切ってSySyのrat?に切り替えたとの談。僕は253に切り替えたけどそちらもディスコンだろうか...(萩)
#65 Dual-career PIs in St. Louis
Washington University in St. Louis でそれぞれ独立PIになる井上昌俊さん(@feynman1104)と井上清香さん(@s_k_inoue)がゲスト。最新ジョブハント事情、パートナーとのジョブハント、WashUでの研究プランなど(9/5 収録)
Show Notes (番組HP):
ジョブハント編
- アメリカでPIになる: 井上さんによる就活日記。これを開きつつ聴くのを推奨
- 井上さんNR過去出演回 1 2 3
- 尾藤研
- Deisseroth lab(D-lab)
- 昌俊さん過去の仕事
- 森憲作先生
- Nirao Shah lab
- 清香さん過去の仕事
- WashU, Radiology, Biophotonics Research Center
- WashU, Psychiatry
- Rent vs Buy
- 苅郷さん(NR出演回は上述の過去出演回3)
- 加藤さん
- のNR出演回
- ChRmine論文
- R1大学
- 全米大学協会
- 言い忘れてましたが、主にMSTPプログラムがあるところに応募しました
- オススメ日本の就活YouTubeビデオ:コレやアレ (注)あくまでも息抜きに見てください。
- オススメ英語の話し方YouTubeビデオ:この方のチャンネルは、アメリカでのキャリアディベロップメントに役立つスキルが沢山学べます。(清)
- 2nd authorになってるやつ
- HarvardでAffirmative actionが違法に
- StanfordのDEI関連ポスドクコミュニティ
- NeuroMatch Academy
- Stanfordで教育の活動、BioBuds:自分の研究について1コマ喋ることができる、シラバスにも載っているプログラムがあります。(清)
- Bay area近辺の小学校に行っていた活動:SiE
- Stanford, 中学校でやるやつの募集:Stanford Brain Day
- Talia Lerner
- Taliaのtips
- 内規、例えばコレとかソレとかアレ。WashUのSchool of Arts and Sciences
- WashUのNeuroscience Community
- 新しく作られるNeuroscience Building
- ステロイドホルモンが神経回路にどう影響するか、どう薬に応用するか? Active Researchはこちら
- ”中西部サボテン”の回 (誤った認識に基づいた偏見です、本当にすみません… 脇 ネタとして楽しんでます…清)
- WashU 日本人Alumni: セントルイス・ワシントン大学の教員
- 廣川先生
- 早石修先生 追悼インタビュー
- 岡崎令治先生
- 岡崎フラグメント 1 2
- Arthur Kornberg
新ラボ宣伝編
- WashU RadiologyでPET scannerが開発された (昌、追記)
- WashUはPET開発が盛ん
- ChRmine, ratでtranscranial stimulation
- Photoacoustic imaging, 脳への応用は例えばこれ
- Shapiro lab
- マウスの更年期障害モデル
- 井上さんがやっている摘出系
- 宮道先生が最近出された年齢を重ねるにつれてARC kissのActivity dynamicsが変化する、の仕事 Ageに伴いEstrous cycleがAcyclicになっていく(Fig2)。この1つのFigだけでも仕事量がすごい。(清)
- FDA approved 産後うつ治療薬 Zuranolone (SAGE-217/BIIB125)
- WashUのInternal Funding これでも一部なのです!(清)
- Photoacousticのコアの装置
- 装置開発しているラボ@biomedical engineering
- Wash U のNeuroscience Retreat
- Unitedの上級クレカ 追記(昌)、Green card holderなら、Priority passとGlobal entryペアがベストではと思います。
- モンサント
- シグマアルドリッチ
- セントルイスの水運と発展の歴史
- WashU 1853年創立
- Weee!(まささんreferral)
- セントルイスの治安、エリア別 北側と東側が街全体の犯罪率を釣りあげている
- セントルイスは住みやすい
- 2010年とやや古い資料ですが、羊土社のWashU在籍日本人ポスドクへのアンケート
- バドワイザー
- セントルイスピザ
- 彼を知り己を知れば百戦殆からず:Future PI SlackJob Applications 2022-2023 North America only
- NeuroJobs
Editorial Notes:
- 自分のを改めて聞きましたら、緊張のせいか(?)あまりにも淡々とした生真面目なトーンすぎて、これではPrescreeningインタビューでの通過が怪しい感じが…。次回以降も呼ばれるようにYoutubeを見て話術を鍛えなおします。(昌)
- NRのお二人は本当に良いコンビで、またまた楽しくお話しさせて頂き、ありがとうございました 。Faculty jobを得るまでには、本当に多くの方々よりアドバイスやサポートを頂きました。心から感謝するとともに、自分も恩送りをしたいと思っています。お気軽にご相談ください。またS Inoueラボは絶賛ラボメンバー募集中です!興味がありましたら、こちらもお気軽にご連絡ください。(清)
- ワシントンが偉人すぎて地理的感覚が…ちなみにマサチューセッツ州にもワシントンがあります。初期ゲストが伏線回収していく姿を収録できて感激です、ありがとうございました!またよろしくお願いします。 (脇)
- UWはユーワシュじゃなくてユーダブです、紛らわしい。ちなみにDEIの話とかしてるのにケビン・スペーシーはどうなのよ...という感じですが、American Beauty派です (萩)
#64 Foraging for the Sun
UF Scripps Institute で独立する服部亮磨さん(@ryhattori, gmail)がゲスト。Harvard MCBでのPhD生活、UCSDでのポスドク生活と研究内容の概説、ジョブハントの話、独立後の研究方針、ブリッジンググラント情報など(8/27 収録)
Show Notes (番組HP):
- 服部さんGoogle Scholar
- UF Scripps Institute Neuroscience Department HP
- Takao Hensch lab
- Takaki Komiyama lab
- FビザのOPT
- 坂野仁先生インタビュー
- 中島さんNR回
- Venkatesh Murthy
- Catherine Dulac
- Nadine Gogolla
- Armenise: ハーバード医学校の神経科学のラボが多く入ってる
- 森下さん
- Tania Barkat
- bioRxivになっているCross Modality その1 その2
- Uchida先生
- Daniel Polley
- Adam Kepecs
- 牧野さん
- のNN論文
- Simon Chen
- のNN論文
- 2017 Nature Communications, Eun Jung Hwang et al
- 最初に出しているInhibitory Neuronに関するレビュー論文
- 小宮山ラボでのCell 2019論文
- 牧野さんが最後の方にやってた課題
- Schnitzer研のCrystal Skull
- 服部さんの手術法論文 ガラスを曲げていない分、ガラス窓はSchnitzer研のものより小さいです by 服部
- サットン本
- 基礎は本で勉強(例1、2、3、4)
- PatchWarp論文
- 牧野さんのNRインタビュー
- 小宮山ラボでのNeuron 2022論文
- Harris, Steinmetz, Stringer, Pachitariuらの分散論文1、2
- Anne Churchlandの分散論文
- Meta-learning論文:in press の OFC論文のこと
- 2019年のBari et al.
- Jeremiah Cohen
- dPCAを使った論文
- bonsai
- Dale則
- AutismのCareer Transition Award (Simons Foundation)
- J1 Waiver: J1 VISA2年戻らないといけない義務を免除する手続き (日本人の場合、J-1ステータス中に海外学振等のgovernment由来の助成金を受給した人が対象)
- San Diego のスクリプス研究所
- UFによる$100でのフロリダキャンパス買収 UFの病院組織の関連施設という位置づけでの合併なので、UFのメディカルスクール等の傘下に入ったわけではなく、研究所としては変わらず独立して運営されています by 服部
- スクリプスのPhDプログラムの詳細
- フロリダ大学のAI研究・教育への取り組み強化に関する記事
- Stefan Leutgeb
- 佐々木先生
- MPFI
- Fitzpatrick
- UCSDのスクリプス海洋研究所
- パッチ: Patch-foragingと呼ばれる、よりethologicalなexplore/exploitation課題のこと
- Cindy Poo
- Chris Harvey
- 吉良さん
- Carlos Brody
- David Tank
- ヒヨコによる数認識
- ミツバチ等の虫による数認識
- サル・カラスによる数認識
- Unity 人気のゲーム開発エンジンの一つ(使用例)
- UnityはAIベンチマークによく使われる
- ScrippsのStipend リンク先には2023年度のStipendレートがのっていますが、2024年度は収録内で言及したレートにする方向で調整中らしいです(まだ確定ではないと思いますが)by 服部
- Warren AlpertのAward
- Warren Alpert, 服部さんのページ
- SimonsのAutism (補足:リンク先では給料が70kになっていますが、2023年度からは85kです。応募資格や募集領域は、各財団で年度ごとに変更される可能性があります。応募を考えている方は最新の情報を各財団のHPで確認してください。 by 服部)
- SimonsのSystems Neuroscience, Computation Neuroscience
- SimonsのAging, Plasticity
- Burrough wellcome fund (ヨーロッパの財団かも?って言ってたのは、ばっちりアメリカの財団でした by 服部)
- Branco Weiss Fellowship (これはブリッジングというよりはPDでも独立後でもどっちもいけるタイプ 萩)
Ediitorial Notes:
- 長い時間インタビューしていただきありがとうございました!大学院時代とポスドク時代を振り返る、良い機会になりました。大学院やポスドクでの留学、アメリカでのジョブハント等を考えている方々の参考になれば幸いです。フロリダでのラボメンバーも大募集中なので、興味のある方はできるだけ早めにメールでコンタクトをとってくれると嬉しいです!ポスドク募集の詳細はこことかここを参照してください。フロリダは日本の沖縄みたいな気候・環境でディズニー等も近いので、私生活も結構楽しめると思います。僕は生き物が好きなので、面接中に研究所内のヤシの木にグリーンイグアナがへばり付いているのを見て感動しました。(服部)
- チャールズリバーにかかる橋を自転車で渡るのは爽快で気に入ってます(ただし夏に限る)。冬はケンブリッジキャンパスとメディカルキャンパスを繋ぐシャトルバスが出ていて便利、大学のIDが無いと使えませんが (宮脇)
- そのまま東大に残って生物・神経系に進んでいたら服部さんと同期だったようです。僕も理1ドイ語クラスで毎日ビブってましたが、(根が真面目な訳ではなく)7:3くらいで再受験用の受験勉強していたので人生の暗黒期でした。(萩原)
#63 Beyond predictions - Part 2
古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、サイエンスメインの後編。感覚予測誤差タスク時のV1 L2/3活動とVIP+LP (Pulvinar) 入力の協調的な影響を調べた最新プレプリントについてのディスカッション、今後の展望など(9/2 収録) Show Notes (番組HP):
- 予測誤差タスク時のV1神経回路活動に関する最新プレプリント SWCのブログ記事
- 予測符号化に関するKellerとMrsic-Flogelのレビュー
- Kellerのnn 2016
- Tian et al.
- Tirin Moore
- Robert Wurtz
- LatencyによるAttentionがかかる議論の具体例1 (by Wurtz) と例2 (by Desimone)
- Floris de Lange
- はPrediction-ErrorはHigherだって言っている
- Alex Attinger
- Lisa Giocomo
- Uchida lab
- Kim et al., Cell 2020
- Sensory Prediction Errorの際のReceptive field を見る(ArisじゃなくてPowelでした)
- Oddball 課題
- Marinaのタスクでもオフレスポンスを見ていた (Cortical top-downはL1aとb両方でした by 古)
- Randy Bruno
- の仕事
- あとBurkhalterのL1 inputsのsegregation論文もありますね。(古)
- Alison Barth
- の仕事
- Carl Petersen
- の仕事
- Rabiesの仕事
- SST44, Chris Harveyのヤツ
- Nuno Macarico da Costa
- AllenのEM, VIPは一部のSOMにしかいってない
- Scanzianiのスライスのデータ(Inhibition of inhibition, nn)
- Marina Garrett
- の論文がNatureに送られた
- Crick Institute
- OxfordのDPAG (Department of Physiology, Anatomy & Genetics)
- Bob Datta
- ロブションのマッシュポテトのレシピ
- Distributed decision making
- Neuroscience Needs Network Science
- (Pan-)Expansion Microscopyを上手く使えば?
- R. Clay Reid
- Ilana Witten
- 藤島さんの回
- 齋藤さんめっちゃ活躍してる
- 五十嵐さんのNR回 1 2&3 4
Editorial notes:
- NRをお聴きの方々にとって有益な情報を盛り込めた気は全くしませんが、収録はとにかく楽しかったです。こいつなんか楽しそうにやってんなーぐらいに思っていただければ本望です。(古)
- 予測誤差シグナル研究中に予想とは異なるデータが観測されるの、目の前の研究が自分の脳の理解に直接つながる感じがして楽しそうです (脇)
- しょーへー氏的にはダークナイトなんだろうけど僕はメメントとインセプション派。まあトランセンデンス以外は全部好き。まだオッペンハイマー観れてない...のでImaxがすくのを待ってます (萩)
#62 Beyond predictions - Part 1
Sainsbury Wellcome Centreの古館昌平さん(@ShoheiFurutachi, e-mail) ゲスト回、雑談メインの前編。留学時に分野を大きく変えた動機とそれに伴う苦労、PI(TomとSonja)のスタイル、SWCの雰囲気やロンドン生活について伺いました(9/2 収録)
Show Notes (番組HP):
- 古館さん
- Prediction-Errorに関する最新プレプリント
- Tomラボ
- Sonjaラボ
- バイオステーションポッドキャスト 続編 (先にこちらから聴くことを推奨)
- Jan Gründemann
- 長谷川さん Thalamusやってる
- Rippleとか
- David Foster的な
- Tim Behrens的な
- Loren Frank的な
- Sam Gershman
- Matthew Botvinick
- Kim Stachenfeld
- の仕事
- Nelson Spruston
- Mesoscope (2P-RAM)でとった仕事
- 動画
- NeuroPixels 2.0 の 4-shank
- Grosmark + Losonczy 対側でLFP記録
- VRだとPlace Cellが疎になる
- Ivan Voitov
- の論文
- Hippocampus Book
- 坂野仁先生インタビュー 「天が己をして何をなさしめんとしているか」にはシビれます (古)
- AxelがやってるOlfactionのNovelty Coding
- Georg Keller
- のPrediction Error (Fiser et al., 2016)
- MorganeがやってたPulvinar
- 後藤先生
- 喜田先生
- 北沢さん NR回 1 2 3
- 齋藤さんNR回1 2
- 米原さん NR回 1 2
- YunyunのNature論文
- Astorocyteのトレーシングやってた
- Adil
- Ho Ko のConnectivity 論文 その1 その2
- 金森さん
- Liqun Luo
- 宮道さん NR回
- 中野さん
- Petr Znamenskiy
- の論文 (Ivana et al.)
- Ann Duan
- Carlos Brody
- Tiago Branco
- Yoh Isogai
- Bernardo Sabatini
- eLifeのGtACR論文
- eOPN3
- PdCO
- eNpHR3.0
- JAWS
- Ed Callaway
- サグラダファミリア
- 登さんの回 1 2
- Lake Conference
- Ascona Circuits Meeting
- Adam Packer
- 五十嵐さんの回でもあった
- Marcus Stephenson-Jones
- Tom Misch
Editorial Notes:
- ライミングを含め色々猛省します! (古)
- 合同セミナーでの「発表前に靭帯切れてG先生ブチ切れ」というイントロを謎に覚えています(脇)
- 一度は住んでみたい土地: ロンドン・京都 (萩)
#61 August Green
一時帰国とオフ会、オフィスのデスク削減方法、総合誌に載るマニアックな論文談義。論文紹介は、磁場によるタンパク質の蛍光強度調節、マウスの眼優位性カラム?、新タイプの近赤外Caセンサー、等 (8/27 収録)
Show Notes (番組HP):
- オフ会:#NeuroRadioオフ会
- 検査のspecificityと言ってしまってますが、陽性的中率が正しい
- Hoteling desk
- HHKB 白/無刻印
- Grubhub: ウーバーイーツみたいなもの
- マイナスのチップ
- AwatramaniとDombeckのドパミンサブタイプ論文 in NN
- のプレプリント版を読んだNR回
- Sabatini (弟) のN
- Nicolas TritschのN
論文紹介パート
- その1:Magnetic control of GFP-like fluorescent proteins
- Calico
- Maria Ingaramo
- Andrew York
- リボフラビン、FAD、FMN
- FlavinTag
- 鳥の磁場感知 by ErCRY4
- 磁場感知のラジカル仮説
- Magnetogenetics使えるとか使えないとか
- Adam Cohenの磁場感受性小分子
- Snouty
- その2:Ocular dominance columns in mouse visual cortex
- Max Planck Institute for Biological Intelligence, Martinsried, Germany
- Hübener
- Bonhoeffer
- Amiram Grinvald
- 猫カラムIntrinsic Imaging
- BonhoefferのPinwheel論文
- 二光子イメージングでPinwheel 大木先生2006N
- Mrsic-Flogelの2007 Neuron
- 2005年の大木先生の仕事
- 2005年Callosal projection neuron @ Binocular Region に Ocular dominance column?
2015年を言い間違えました 萩 - Olavarria
- Category representationがPFCにある Nature, NN
- Georg Keller
- Tobias Rose
- TwitterアカウントのFree Moving二光子動画
- Tara Keck
- マウスだとLGNで右と左が結構まじっている
- し、V1でLGNのAxonをimagingするとOD plasticityが見える
- マウスのレチナの錐体細胞には色選択性があり、局在も違う
- 400 nmの刺激でバイアスを消せる
- 萩原の2021年のODを調べた仕事
- Callawayがやりだしたシリンドリカルな補正 (MovieS1がわかりやすい)
- Horton
- 新世界ザルのOcular Dominanceは個体によってまちまち
- その3:A modular chemigenetic calcium indicator enables in vivo functional imaging with near infrared light
- Eric Schreiterラボ
- トリプトファンでJF dyeをクエンチするハロタグ変異体
- 光誘起電子移動による蛍光プローブの設計(PDF)
- jGCaMP8論文
- iGECI論文
- iGlucoSnFr論文
- GPCRベースのアセチルコリンセンサーがそのままFLIMイメージングに使える
- IR-FPが光るためにはBiliverdinがいる
- Voltageセンサー、Voltronとか
- CaMPARI
Editorial Notes:
- PETによるイメージング、学部で習ってたっぽいですね。N先生すみません! (脇)
- 日本の夏は白桃が最高でした。体重はもう戻りました。(萩)
#60 Minds Meet Weeds - Part 2
登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)ゲスト回、後編。Cell-type談義、あったら嬉しいツール談義、Assistant Features エディター経験、ジョブハント、新しく開くラボについて。(6/22収録)
Show Notes (番組HP):
- 青葉市子 その1 その2 その3 その4
- ユザーンとのコラボ
- コーネリアスと坂本慎太郎とのコラボ
- ユザーンと環ROYと鎮座ドープネスのコラボ
- STUTS w/ 松たか子 PUMPEE
- Cell Typeについて議論したNR中島さん回
- ドーナツが浮いてるマップ
- Single Action Potentialをdetectするマウス
- Medullaのdissection by Jean Legallois その1 その2
- pre-Bötzingerの同定
- Cell TypeとCell Stateの違い in 植物 例えば細胞周期
- 葉っぱの表と裏でEpidermisのマーカー遺伝子が違う
- 隣の所長(Hong-kui Zeng)が書いたレビュー
- U WashのJay Shendure
- が書いたCell Type分類やめようのパースペクティブ
- Jay ShendureがChurch研で出した仕事 その1 その2 その3 その4
- Combinatorial indexingのscRNA seq(プレートベース、sci-RNA-seq)その1 その2 その3
- リネージトレーシング(ゲシュタルト)
- Alex Schier (今はBasel Biozentrum所長)
- のゲシュタルト応用 (ZebraでDevelopmentalな情報も載せたトランスクリプトーム) その1 その2
- マウスは無理では、と口走ってますが、それこそJay Shendureがそのうちやってしまいそう...
- 転写因子が細胞間を移動して根の分化を促す その1 その2
- In vivo RNA seq: Live-seq
- について紹介したリサチャ回
- CRISPRを使ってスクラッチパッドに書き込む:DNA typewriter
- そういうことをやりたいと言っていたPIのNR回 その1 その2 その3
- fMRIの再現性問題
- GCaMP in 食虫植物, in オジギソウ, in シロイヌナズナ
- オプトジェネティクス的なことを植物で、のレビュー、ChR2の適用
- ナノマテリアルで植物にCRISPR関連マテリアルをデリバリー その1 その2 その3
- 登さん as an Assistance Features Editor (AFE)
- 現在募集中!
- 他の雑誌の似たポジション その1 その2
- Plant Cell
- のeditorial board
- アメリカ植物生理学会 ASPB
- 登さんが書いたIn Brief 1 2 3 4 5 6
- The Sainsbury Laboratory
- TSL group leaders (過去のグループ)
- Norwich (ノーリッジ)
- DANDRITE
- ERC Advanced
- K99
- New HampshireのGRC
- 齋藤さん NR回 その1 その2 最近出したN論文
- Researchat.fmの野崎さん
- 話したTSLシニア研究者
- TSLのコアファシリティ
- 移転します(場所はほぼ変わらない)
- 隣にある大学, University of East Anglia
- ケンブリッジの方:Sainsbury Laboratory Cambridge University
- Sainsbury Wellcome Centre
- Gatsby FoundationのFocus Areas
- 一緒にドライブしたヒト
- 給料上げろというUCSDの運動がうまく行った
- UWもやってる
- Precision Breeding, 最近の動向, TSLの記事
Editorial Notes:
- 分野の垣根を越えて色々お話できて楽しかったです。ラボ立ち上げメンバーを募集してるので少しでも興味のある方はぜひご連絡ください!韻は踏めなくても大丈夫です。(登)
- 鎮座ドープネスから草は繋げられましたね…アラビドプシスじゃなくてカ◯ビス(脇)
- 次回以降の宮脇ラップに乞うご期待だYo (萩)
#59 Minds Meet Weeds - Part 1
Salk Institute のEckerラボ で宿主-微生物相互作用研究とゲノミクス技術開発を行っており、来年夏からイギリスのThe Sainsbury Laboratoryで独立予定の登達也さん(@nobolly, @tnobo_ktcs)がゲスト。植物を研究対象としたきっかけ、マックスプランクでのPhD3部作、ポスドクでの3部作の解説、近年のSpatial Transcriptomics技術開発トレンドに関するディスカッション。後半に続く (6/22収録)
Show Notes (番組HP):
- 登さんHP
- NRのトランスクリプトーム回 EP4 EP5
- Eckerラボ
- オンライントーク その1 その2 その3 (おすすめby登)
- 津田ラボ(現華中農業大学大学)
- 津田先生
- 放射線植物生理学研究室
- セシウム蓄積に関する研究 その1 その2 その3
- フランス政府の給費留学
- 留学したフランス原子力庁のラボ
- Max-Planck Institute for Plant Breeding Research
- Köln (Cologne)
- ケルシュ
- PhD時代の植物-微生物相互作用三部作その1:植物免疫による微生物への影響、RNA版
- 登さんによる植物の免疫系に関するレビュー その1 その2
- IlluminaのRibo-Zero (ディスコン:植物用のものが製造終了)
- 根腐病
- PhD三部作その2:Multi-omics版
- PhD三部作その3:異なる微生物への植物の応答と、微生物への影響の違い
- 野性のシロイヌナズナから単離した微生物のコレクション
- 植物と動物のマイクロバイオーム
- 鉄(栄養)を使った免疫
- 葉っぱは疎
- 細胞壁
- III型分泌装置
- 植物の共生
- EMBOの新米PI用ワークショップ
- Eckerラボからマウス脳でsingle nucleusメチローム、Science 2017
- ポスドク応募時に書いたメールについて
- 脳メチローム その1 その2その3 その4 その5 他多数
- UPennでやったエチレン研究 その1 その2 その3 他多数
- シロイヌナズナ全ゲノム解読論文
- 植物へのMicroarray
- シロイヌナズナのT-DNA変異体ライブラリ、Salk Line
- Eckerキャリアインタビュー(2007年時点)
- ゲノムワイドなメチル化アッセイ in 植物
- In Human
- ENCODEでのJoeのトーク
- Ecker in HHMI
- Ecker in BICCN
- Ecker in BICAN
- プロトプラスト
- Full ProfessorのStudy
- Salk InstituteでのSymphony
- ポスドク三部作その1:Seed-to-seed single nucleus atlas
- ポスドク三部作その2:感染時の植物のMulti-omics + MERFISH
- ポスドク三部作その3:PHYTOMap
- Bing Renラボ
- のBICCN論文
- 転写物分布だけで細胞のセグメンテーション、先行研究
- 植物の細胞セグメンテーション
- vizgen
- MERSCOPE
- SeqFISH
- Long Cai
- BacteriaをターゲットにしたSeqFISH
- STARMap
- Xiao Wang
- Sten LinnarssonではなくMats Nilssonでした!
- HybISS
- Sequence-by-ligation、例えばこれ
- Sequence-by-synthesis
- アムホテリシンB
- Expansion Microscopy + Spatial Transcriptomicsの仕事
- FISSEQ
- Harvard Fellow
- NanoString
- 10x Genomics
- EASI-FISH
- Paul Tillberg
- EEL-FISH
- 各神経の投射をバーコードで標識してSpatial Transcriptomics
- Slide-seq
- Evan Macosko
- Fei Chen
- Slide-Tags
- INSTA-seq
- Je Lee (現Ultivue)
- DBiT-seq
- CUT&Tag
- 開発したRong Fan
- 最近の無双 Spatial ATAC-seq, Spatial CUT & Tag, Spatial CITE-seq
- Pixel-seq
- Stereo-seq
- 最近NanoStringを10xが訴えた
- 登さん新ラボのアナウンスメント from TSL
- Janelia Fluor
- Quantum Dot
Editorial Notes:
- これまでの短いキャリアを振り返って、月並みですが人・環境に恵まれていたなと感じさせられました。宮脇さん萩原さんともそのうちリアルでお会いしたいです。ケルシュ飲みいきましょう!(登)
- 次会えそうな時は感染症に気をつけます! (脇)
- そういえばNanoString本社の隣に住んでます (萩)
#58 Not necessarily necessary
ラボマネ・プロマネ事情、クラウドでのデータ管理・解析、マウス/キーボード談義。論文紹介は、AAV搭載可能な最小プロモーター、AAVのBBB通過に関与する受容体の同定、高所恐怖症の回路、嗅内皮質活動の回転対称性の変化、必要十分の不必要性、について (6/25収録)
Show Notes (番組HP):
- Jimさん
- BICCNのNatureの1st
- AWSのS3
- Code Ocean
- DataJoint
- Andreas Tolias
- DeepLabCutのMathisのとこ
- Data Joint使ってるラボ一覧
- Logitech MX Master 3S
- LogitechのVertical
- MacのMagic Mouse
- TrackPad
- 40%のErgoのキーボード、Cornelius (一体型)
- Rebuild.fmの人も40% (Atreus) について話した回
- セパレートのやつ(Corne)
- 今使ってる75% Keychron K2 Pro
- 60%配列、たとえばPolaris
- Appleの指紋認証キーボード (Magic Keyboard with Touch ID)
- 青軸、茶軸、赤軸
- 8月頭の日本の神経科学会
論文紹介パート
- 論文1:Strong ubiquitous micro-promoters for recombinant adeno-associated viral vectors
- ITRにもプロモーター活性がある
- degradationのターゲットになったりする
- CaMK2aプロモーターの長さによる違い
- 論文2:Primate-conserved carbonic anhydrase IV and murine-restricted LY6C1 enable blood-brain barrier crossing by engineered viral vectors
- LY6C1について指向進化したプレプリント from Devermanラボ
- AAV-F
- AAV9Pシリーズ
- 肝臓のdetargetingをEngineeringでやった仕事 (CAPシリーズ)
- M-CREATE
- AlphaFold-Multimer
- APPRAISE-AAVのプレプリント
- 論文3:A non-image-forming visual circuit mediates the innate fear of heights
- Sudhof
- Peng Cao (曹鵬)
- Looming刺激に対するSC関与の仕事@Science
- Tiago Blancoの仕事 1 2
- Bo Liラボのマウス絵
- vlPAGがFlight-Freezingに効く
- ipRGC (Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cell) はサーカディアン系に投射を送る、Pupil Sizeのコントロールも、その一部はGAD2+でGABAergic.
- Ventral LGNはipRGCから入力を受け取っている
- 論文4:Altered grid-like coding in early blind people
- developmentalに視覚障害をした場合でも情報量は落ちるが残る場所細胞、HD cell
- fMRIでグリッドらしき活動が取れる from Niel Burgessラボ
- 4-fold symmetryが見えた先行研究その1、仕切られた空間の移動
- その2、アバターのトレース
- ヒトにおけるGridモジュールの距離:Nature Neuroで電極刺した仕事
- 暗くした場合はGridの表象は落ちるがモジュール内の活動相関は残る
- 論文5:‘Necessary and sufficient’ in biology is not necessarily necessary – confusions and erroneous conclusions resulting from misapplied logic in the field of biology, especially neuroscience
- Dayu LinラボからのAntagonistic circuits mediating infanticide and maternal care in female mice
Editorial Notes:
- Dayu Linラボ関係者におかれましてはすんません。内容は全然いいんじゃないでしょうか。読んでないけど。 (萩)
- 自作ワークステーションに愛着が湧いてクラウドに移行できない (脇)
#57 Voltage imaging: a “holy grail” of neuroscience
Pieribone + Chen の in vivo 膜電位イメージング論文を題材に、遺伝学的膜電位センサー(GEVI)、広視野+高速2光子顕微鏡、U-Netベースのノイズ除去手法について掘り下げました (4/30収録)
Show Notes (完全版):
- Allen Institute for Neural Dynamics の SAC
- クラカウア―のアンチreductionistペーパー
- 題材とした論文:High-speed low-light in vivo two-photon voltage imaging of large neuronal populations
- Vincent Pieribone
- Jerry Chenラボ
GEVIパート
黎明期のプローブ
- FlaSh (Siegel and Isacoff 1997)
- SPARC (Ataka and Pieribone 2002)
- VSFP1 from Knopfelラボ (Sakai et al.)
ただし、黎明期プローブは膜上に移行しづらく使いにくいという問題があり、使いづらかった。
GEVI開発で気を付ける点は以下(St-Pierreによるレビューを参照)
- 細胞質ではなく膜上にセンサー分子がある局在する必要があるため、センサーのTraffickingが良く無ければいけない
- 膜状にしか存在できないため、利用可能なセンサー分子の数が少ない。暗いし、SN比の要求が高い
- 上の問題に付随して、照射強度を強くする必要があるため、褪色が速い
- 脱分極に対して蛍光が増えるか減るか
- 二光子励起ができるか
2005年に岡村先生が報告したホヤ(Ci)由来の電位依存ホスファターゼ(VSP)の電位感受ドメイン(VSD)は膜移行性が良く、これを用いたプローブが2007年から出てきた。また、2011年にはロドプシンが電位依存的に蛍光を変化させるタンパク質として使えることが報告された。現在では、この2つの電位センシングモチーフが主に使われている。
1. Voltage sensitive phosphataseのVSDを使った系列
1-1: VSDの末端に2つの蛍光タンパク質をつけてFRETするタイプ
ただしkinetics遅め
1-2: VSDのC末に蛍光タンパク質を入れるタイプ(特にpHluorine改変体)
- ArcLight
- ArcLightメカニズム論文
- Marina 正の方向への変化
VSDのC末に入れるタイプは、FRETもArcLightもキネティクスが遅い。しかしArcLightについては未だにGEVIの中で一番大きい蛍光強度変化を示す。
1-3: VSDの細胞外ループにcpGFPを挿入するタイプ
- ASAP1 from Michael Linラボ, NN 2014。Francois St-Pierreが筆頭。VSDベースでキネティクスが良いモノを作るのが目標。VSDは4回膜貫通型タンパク質であるが、そのHelix3-4間のextracellular loop のうち、A147-T148の間) に円循環変異を施したsfGFP-OPTを入れる。
- ASAP2s
- ASAP2f
- ASAP3
- ASAP4 正の方向への変化
- JEDI-2P 二光子でスクリーニング
- SpikeyGi1&2 今回の論文
予備知識:
- GFPが光るしくみ:Ser65–Tyr66–Gly67が自己触媒反応(特にArg96とGlu222に依る)を経て蛍光団HBIを形成し、チロシン由来フェノール基が脱プロトン化されると励起可能になる。脱プロトン化に主に関わる残基はHis148, Thr203, Ser205(GFPの構造論文)。 ちなみにGCaMP2では、GFPで言う203番目のthreonine側鎖の方向が本来あるべき位置に近づくこと、His148の代わりにCaMのArg377が水分子を介してHBIと水素結合を形成すること、が発色団の脱プロトン化に重要らしい(GCaMPの構造論文)
- cpGFP:GFPの円循環変異では、N末・C末をリンカーで繋ぎ、144番目の残基と145番目の残基新しくC末・N末としているものが主流。つまり、GFPのHis148はcpGFPではHis4となる。
2. ロドプシン系列
予備知識:
- ロドプシンのPhotocycle(神取先生レビュー):ground state→L→M1→M2→N→O
- 電位依存的に光る仕組み:Nの時に540 nmの光を受けるとQというstateに代わって、Qの時に570 nmの光を受けると強い蛍光を発する。
- DTDモチーフ:シッフ塩基からプロトンを受け取る細胞外側のD(ArchだとD95、Ace2だとD81)や、脱プロトン化されたシッフ塩基に細胞内側からプロトンを渡すD(ArchだとD106、Ace2だとD92)を含むモチーフ。
2-1: ロドプシンそのものの蛍光を見る
- PROPS from Adam Cohen ラボ
- Arch
- QuasAr1,2
- QuasAr3, paQuasAr3
- Archon from Boydenラボ
- QuasAr6a,b
ただしロドプシン系は二光子では使えない。
2-2: ロドプシンのC末端に蛍光タンパク質/色素を融合し、ロドプシンとFRET
ロドプシンのC末端に蛍光たんぱく質をつけて励起。電位依存的な構造変化が起こって、蛍光たんぱく質がロドプシンに近づいた時にFRETが起こり、暗くなる。つまりロドプシンが電位センサーかつFRETアクセプターとして働く。ロドプシンより励起に必要なレーザー強度が少なくて済み(1/50~1/100程度)、ロドプシン単体のものほどではないがキネティクスが速い(ASAP系よりも速い)。
- Ace2N-mNeon from Schnitzer lab
- VERNAM 赤
- Ace-mNeon2, VERNAM2
- pAceとpAceR 上と同じ論文中で。正の方向への変化
- Voltron JaneliaのEric Schreiter lab Janelia Fluorの利用
- Positron 正の方向への変化
おまけ:
- 第三の原理:hVOS
- Yuste達がside-by-sideで比較した論文
- StayGold
顕微鏡パート
Jerry ChenのCRACK。とそれを読んだNR回。
Elly Nedivi, Peter Soとの共著の仕事。抑制性シナプスのクラスタリングを見たもの。
広域顕微鏡開発で使われたTemporal Multiplexing
単純な仕組みとはいえ、Kaspar談)。
2x
- Jerry Chen, Fabian Voigt, Helmchenの広域顕微鏡
- Spencer SmithのTrepan2p
4x
- Chen, Spencerの広域顕微鏡
- SpencerのDiesel2p
Spatial MultiplexingはそれこそPeter Soが先駆け
GFPの蛍光が2~3nsなので8nsのtemporal delayではcross-talkないのでは...と言っていますが、これは光子数が1/eになる時間なので、e^3~=20から、ざっくり全蛍光の5~10%くらいは漏れ込んでもおかしくないことになります。
Denoisingパート
Self-supervisingの説明を簡略化のためにDeepCADを例に用いて行いましたが、DeepVIDではspatialなinterpolationも行われています。ターゲットにするフレームの10%(この値はハイパーパラメタサーチの結果empiricalに決めている)をblindにしておいて、L2の計算をこのblind pixelsのみに対して行うことで、spatialな情報も利用するようになると考えられます。Shot-noiseはtempora/spatialともに独立なノイズになりますが、signalはspatialにもlocal correlationが高いことが多いので、ノイズだけが主に消えることになると考えられます。
元になったアーキテクチャ・フレームワーク
RonnebergerらによるU-Netと3D-U-Net
U-Netを元にしたノイズ処理の元ネタ: Noise2Void
Editorial Notes:
- タンパク質構造予測でドッキングシミュレーションとかまでできるようになってきたみたいですが、構造のデータに基づいて、rationalに、センサーのリンカーはどのくらいの長さでどの配列が良いのか、とか、どこにどういう変異を入れるとどういう性能が上がるか…みたいなのは予測できたりするんでしょうか。Lin Tianのは配列データだけで構造の情報はあんまり使えて無さそうだし。それはさておきQuasAr4,5をご存知の方はこっそり教えてください笑(脇)
- VoltronシリーズのEricがオプシンベースのやつも2p励起で動くとか最近のオプティカで言ってたらしい。タイトルはBando, Yusteのreview、"...in a way a “holy grail” of neuroscience, could be carried out by imaging membrane potential."より。 (萩)
#56 Formerly a battle-field postdoc
理研BDR宮道ラボの田坂元一さん aka 戦場ポスドクさんがゲスト。Adiラボ@ヘブライ大学での仕事の背景、イスラエルでの生活、最新プレプリントのディスカッション (5/8 収録)
Show Notes:
- 田坂元一さん
- 最近の子育て学習におけるSMT→OFC→VTA回路の働きを報告したプレプリント
- 宮道ラボ
- 戦場ポスドク – エルサレム通信 掲載号
- 根岸ラボ紹介
- Adi Mizrahiラボ
- コペンハーゲンのFENS 2016
- 遭遇したテロ
- Small GTPaseの軸索伸張に対する影響を調べた大学院でのお仕事
- Carl Petersen lab
- KomiyamaさんのNature Paper
- Georg Keller, Mismatch Neuronの発見
- Awakeのin vivo targeted patch clamp recording from Petersenラボ
- Johannes LetzkusのDisinhibition論文
- Patrick Kanold lab (現JHU)
- 2010 Nat Neuroのb2b, Patrick Kanold と Adi Mizrahi
- Andrew King
- Kerry Walker
- 2011のAdiの所からNeuronに出たPupの匂いを嗅いだらAuditoryのTuningが変わる、の論文(Lior Cohen et al.)
- Rob Froemkeラボ
- STDPの仕事
- Bianca Jones (Marline) ラボ
- のFroemkeラボでの仕事
- DukeのLarry Katz Obituaryその1 その2
- Israel (Eli) Nelken ラボ
- Mickey Londonラボ
- Michael Hausserラボ
- Ami Citri ラボ
- Robert Malenka
- Inbal Golshen ラボ
- Liqun Luoラボ
- 2013年に出たAdiの仕事 in Liqunラボ
- 初期のTRAP論文
- Howard HughesのCollaborative Grant
- Karl Deisserothラボ
- Ed Callawayラボ
- 2018年のAdiラボでの一発目の仕事
- TBのマウス: Cre依存的にCAGプロモータの制御下で発現するtTA(T)とhistone-BFP-myc (B)をH11という遺伝子座に入れたマウス
- セカンドのCasey (Guenthner, TRAP論文の1st)
- 2015年のBotond Roska
- Mayfordのfos-tTA
- TRE3G元論文
- Adiはコカローチでキャリアをスタート
- Richard Mooney ラボ
- Yoav Livneh @Weizmann
- Andermann lab
- Lindsay Schwartz@St Jude
- Laura DeNardo@UCLA
- 2020年NeuronのTemporal Association(TeA)論文
- 2006年とか2007年とか EmoryのRobert LiuとかがPlasticityって言ってた
- A1がPlasticって言われていた2011年のNeuronは上記のLior Cohen et al.
- FroemkeにもらったBehaviorデザインの論文はJenniferのものです (by 田坂さん)
- USVに対してPreferenceを示す論文(菊水さんがコレスポの2007年の論文)
- A1だとLeftの方がresponsive?の論文
- Oxytocin Receptorの染まりが違う@JN
- イヌとかでも左右差ある
- リトラクトではなく左右が逆だった
- 銃弾の痕が残る門
- ヘブライ大学キャンパス
- イスラエルの地理
- イスラエル-パレスチナ問題の歴史とか
- バンクシーの世界一眺めの悪い部屋
- 迎撃システム(アイアンドーム)
- Tel Aviv大学
- Weizmann Institute
- 川島さんラボ
- 乗合タクシー(シェル―ト)
- 水関先生
- NeuroRadio宮道先生回
- インスコ(ピクス社のnVista)
- Patrick KanoldのOFC論文
- OFCはReversal Learningに必要
- Pup retrievalはホルモンと関連付けられている(上記Bianca Jonesの仕事)
- Virgin Femaleでも学習することができる from Froemkeラボ(Nature 2021)
- Rbp4 Creという良いドライバーライン
- Vijay Namboodiri et al., NN 2019 (Stuberラボ) のmedial OFCのConditioning時の活動変化
- Allenのペーパー、Rbp4-creの投射パターン(IT/PT)を見た論文:Tasic et al., Nature 2018 (Extended Fig. 8)
- 宮脇が想定していた論文(このデータからすると宮脇さんのIT寄りという指摘は正しい気がします。ただしL5そのものがITを多く含んでいそうなので、Rbp4-CreでラベルされるPopulation内のPT・ITの割合はL5をそのまま反映しているのかもしれません。補足させてもらうと、我々はOFCのOutputに着地したかったのでSubcorticalにProjectionしているNeuron群から記録したいという思惑が最初にありました。このTasic et al., Nature, 2018のFig3cでALMのL5 PT cellがSubcorticalに投射している一方で(mPFCではありませんでした、すいません)、L2/3、L6からは投射がなかったので、L5のPTを含むPopulation markerとして手に入りやすかったRbp4-Creを使いました。by 田坂さん)
- Mini 2p
- Stephen SeaのNeuronのやつ
- MD: Mediodorsal Thalamus
- イアン・シュミットさんの仕事
- 中島さんの仕事
- 稲垣さんのペーパー
- SMTはpainのリレーの箇所
- SMTを潰すと逆転学習がしづらい その1 その2
- フランスのWolff
- Johannes Kohlラボ
- 的なStage Specificトレーシング
- 宮道ラボでのstage specificなトレーシング
- Acute vs Chronic の代償機構、例えばGoshen et al.
- 2019年のKeystone@Allen Institute
Editorial Notes:
- 久々にお話できて楽しかったです!飛行機が着陸する際に皆で拍手をする謎の風習など、意味不明なイスラエルの風習や事件簿をもっと紹介したかったのですが、あっと言う間に収録が終わってしまいました(笑)。次回また呼んでもらえるよう頑張ります!(田坂)
- イスラエル、食事が美味しいというのは本当で、連れていってもらったYehuda市場の雑然とした飯屋と、テルアビブのMiznon(いまや国外進出してるらしい)のカリフラワーとピタを食べに再訪したい。(萩原)
- エピソードが面白すぎて収録中笑い堪えるのに苦労しました笑 イスラエル絶対に一度は行ってみたいですが、やはり単身で乗り込むのは勇気がいる印象。。。学会で行ける機会を伺います(宮脇)
#55 And Your Mouse Can Sing
NYUでResearch Associate, 秋から米国PhDコースの藤島悠貴さん(@yfujishima_) がゲスト。RA応募時のこと、現在行っているSinging Mouseの研究、PhDアプリケーション全敗から2年間のRAを経てオファー大量獲得へと至った経緯、思考プロセス、得たノウハウ等を伺いました (4/5収録) Show Notes:
- 藤島さんHP
- PhDアプリケーションについてのブログ記事 by 藤島さん
- RAアプリケーションのブログ記事 by 藤島さん
- Michael Longラボ
- Darcy Kellyラボ
- NYUのRAプログラム
- Max Planck FloridaのRAプログラム
- Kevin Spencer
- Joseph LeDouxの本, 例えばThe Emotioal Brain
- GREいらなくね?の記事
- Alston’s Singing Mouse (Scotinomys teguina) の解説
- Michale Fee ラボ
- 2019年に出た始めてのSinging Mouse論文 (pdf)
- UT AustinのSteven Phelps
- 鳥の歌学習過程における神経シークエンス変化を追った論文
- Deer mice の歌についての論文
- ダウンスイープで歌う…の動画
- 表紙になってた
- 去年の一月に出た、人間の会話メカニズムについての論文
- MikeはZebra FinchのMotor Productionに興味がある: Publication listはこちら
- OMC V5 における歌表象プレプリント (収録の時言葉足らずになってしまいましたが、songの一つ一つのnoteに併せてmodulateされてるunitはほとんどなく(一部あるのはsensory feedbackぽい)、songの長さで調整してみてやるとtrialごとに揃っていることから(それぞれのunitのfiring patternは多様(Fig.4))、noteではなくてsong全体を操っているのではないかということで、そういうmodelingをすると、2019年論文でやったcoolingでの結果も併せてpredictできたよということでした。coolingで脳活動を遅くしてあげると、曲の長さが伸びますが、そのときnoteの長さが伸びるのではなくて、曲の伸びた分より多くのnoteで埋められます by 藤島さん)
- Arkarup Banerjee lab at CSHL
- Dmitriy Aronov の 論文
- Dmitriy Aronov lab
- Buzsaki lab
- DmitriyのCaching論文, 例えばこれ
- Andreas Bendensky lab
- Hopi Hoekstra lab
- Betta Fish の仕事、例えばコレ
- New York, New York
- SoP (Statement of Purpose): アプリケーションの時に使うエッセイのこと
- Bence Ölveczky lab
- Richard Axel
- Vikram Gadagkar lab
- Jesse Goldberg lab
- Charles Zuker lab
- Zuckerman Institute
- Center for Theoretical Neuroscience
- Larry Abbott
- Ken Miller
- Jonathan Pillow lab
- Alex Willams lab
- Eve Marder lab
- Surya Ganguli lab
- Scott Lindaman lab
- Margot Elmaleh
- MargotによるRAシリコンプローブ記録の仕事
- Liam Paninski
- Katherine Nagel lab
- Eero Simoncelli lab
- Annegret Falkner lab
- Dayu Lin lab
- Illana Witten lab
- Mala Murphy lab
- UCLの研究に特化したMaster Course (MRes)
- Marc Howard
- COSYNE2023
- WES (World Education Services) によるGPA変換
- Havard のGPA推移
- Dukeによる受かったヒトGPA平均の公開
- マーク小西 Obituary
- Fernando Nottebohm lab
- Allison Doupe
- Michael Brainard
- YusteラボでのDmitriyとJesseのコラボ論文
- Neural Mechanism of Acoustic Communication の Gordon Conference
- Yuki Haba さん
- Princeton学生によるアプリケーション添削
- NYU学生によるアプリケーション添削
- XPLANE
- UJA(海外日本人研究者ネットワーク)
- の早野さん
- UJA海外留学支援制度データベース
- 福留さん
- XPLANEさんのPhD奨学金リスト
- Richard (Dick) Tsien lab
- HarvardのResearch Associateプログラム、PiNBAC
- Eric Kandel, MD
- Richard Axel のエピソード(ノーベル賞のbiographical) “I was allowed to graduate medical school early with an M.D. if I promised never to practice medicine on live patients”
- 安部公房、人間の妊娠期間エピソードの真相(象…?)
- 砂の女
- Torsten Wiesel, MD
- Thomasさん@Buzsakiラボメンバー
- African Nile Ratsの生態など
- TingleyさんによるGlucose Level とHippocampal SPW-Rs論文
- Flatiron Institute
- Bob Datta のツール、例えばコレ
- NY家探しブログ記事
Editorial Notes:
- 憧れのお二人とお話できるとのことで舞い上がってペラペラと話してしまいました。この数ヶ月間すごい研究者たちと沢山会って自分もすごくなった気がして調子乗ってましたが、夏からはペーペーの1年生ですので、気を改めてエンジョイしつつがんばりたいと思います。NYCに遊びに来られる際はお声がけください。(僕が最初に読んだLeDoux先生の本はAnxiousでした。パニック発作持ちだったので。)(藤島)
- そういえば、九大医3年生の時に当時神経解剖学教室・小坂研にいた福田孝一先生(現・熊大医)からLeDouxのSynpticSelfを借りパクしたのがAmygdala-fear systemとの出会いでした。去年(10年以上経ってから)お詫びのメールを送ったら「そのまま持ってていいよ」とのことだったので、この場を借りて感謝です。「まずはカンデル本通読して・ニューロルシダで形態トレース、話はそれから」とか言われたのでその後解剖に寄り付かなくなって生理に行ったわけですが...。(萩原)
- これ学部時代に聴いてたら米国RAに飛び出していたかもな~と思いました(脇)
#54 It takes two
納税フラグ回収、同僚とのバックカントリー、Ben Barres自伝、フリーアドレスについて雑談。論文紹介は、学習時の場所表象変化、Disynaptic specificity、ConVERGD、非モデル生物Caイメージング、発達期の心臓の相転移、など (2/25収録)
Show Notes:
- AIBSのイメージングディレクター、Jack Waters
- Kaspar Podgorski
- iGluSnFr3
- カスパーのブログ
- 滑落はニュースにもなってる
- 友人の友人が紹介してたブログ記事
- 1報目:The formation of an expanding memory representation in the hippocampus
- Adam CohenのところでAll-optical physiology
- 2報目:Disynaptic specificity of serial information flow for conditioned fear
- Stuberとか
- Kay Tyeがやり始めた”projection target specificity”の流れ
- 萩原さんによるTweetrial
- MiyamichiさんがLuoラボで立ち上げてたTRIO
- 2015年(?)のPAG論文 (すんません2016年です)
- CeAのCRF/SSTのFlight/Freezing論文 (すんません2017年です)
- David Andersonラボと出したPKC-δ論文
- CAR論文
- CAVとHSVを混ぜた系。なんか片方だとpreの細胞の場所が偏るとかよくわからないトロピズムがあって混ぜたということらしいです。
- Nikolas Karalis
- 米原さんのGCaMP6sの初出
- 3報目:A Novel Single Vector Intersectional AAV Strategy for Interrogating Cellular Diversity and Brain Function
- AllenによるLCのin vivoキャラクタライゼーションpreprint
- 波形で2種類あるのは分かっていた
- 4報目:Cortical activity emerges in region-specific patterns during early brain development
- in pouch エレポはメソッド論文が先に出ていた
- 5報目:Functional organization of visual responses in the octopus optic lobe
- ブタ2P論文
- 6報目:A bioelectrical phase transition patterns the first beats of a vertebrate heart
- イジケビッチ本:Dynamical Systems in Neuroscience (PDF)
Editorial Notes:
- どうも最近記憶してるreferenceの年が1-2年ズレる。単に歳なのか、paperpileが便利すぎて文献整理に記憶を必要としなくなっているからなのか(萩原)
- イカ養殖手法開発がBSIディレクター就任に繋がるとは(脇)
#53 Understanding by creating is all you need
シンガポール、南洋理工大学の牧野さん(@Hiroshi_Makino_)がゲスト。UCSD交換留学、CSHLでのPhD時代とUCSDでのポスドク時代、シンガポールの研究環境、独立後に行っているAIと脳の表象比較研究について伺いました(2/14収録)
Show Notes
- 牧野ラボ
- (Fred) Gage ラボ@Salk
- Rusty: Fred Gageのこと
- 田代ラボ
- Roberto Malinowラボ
- Krishna Shenoy
- PhD時代の仕事1
- PhD時代の仕事2
- Komiyamaラボ
- Yang Danラボ
- 小宮山さんラボでの1報目
- Top-downコントロール from Yang Danラボ
- 小宮山さんが始めたAwakeでの記録
- 小宮山さんのとこでの2報目の仕事
- Chris Niellラボ
- が始めた仕事
- DeepMindが出したDQN論文
- Demis Hassabis
- UC Berkeley のコース
- YouTubeで見れる
- 単著論文(直近の方)
- 前の論文(独立後一報め)
- 人間でDQNとfMRIのシグナルを比べた論文@Neuron
- Soft Actor Critic
- A2CとPPO
- Softmax解説
- Temperature解説
- 強化学習におけるランダムネスの導入方法についての解説(ε-greedy, SARSA, Q-learning)
- Sutton & Barto本
- Transformer 論文
- 30分で完全理解するTransformerの世界
- Transformerの表現学習と海馬における外界表象を比較した論文
- Timothy Behrens
- マーの三段階:Marr, D. (1982). Vision: A computational approach.
- 日本語解説
Editorial Notes
- 収録ではこちらもいろいろ学ぶこともあり、こういう機会を設けていただいた二人にはとても感謝しています。優秀な人達と議論するのは楽しいことだと改めて思いました。拙い日本語の説明で申し訳ありませんが、なんとなくでも自分達が目指している方向性などが共有できたのであれば幸いです。日本の大学や研究所ともっと連携していけたらと思っているので、気軽にメッセージ下さい。大学生や大学院生も大歓迎です。(牧野)
- (リスクとって)新しいことをやり続けて行きたいなー、もっと勉強せんとなーと思わされる収録でした。最近はexploitationの比重が高くなってしまっていてよくないっす。
ゴルフ、ちなみにベストはパープレイ(72)で、シングル手前まで行きました。(萩原) - AI研究の主体は大学院生だから…のくだりに励まされました(宮脇)
#52 My Favorite Things
新年のんびり雑談回。一時帰国の時に行きたい店、アメリカ来てから買ってよかったもの紹介、グリーンカード申請の様子、タックスリターンの混乱など。(1/20収録)
Show Notes:
- Rebuildの缶の音の回 (引き続きここで詳細が議論されている笑)
- ルスツ学会
- Francesco Ferraguti Lab
- Csicsvari オーストリアだけどクロスターノイブルクでした
- 雪崩講習会(日本雪崩捜索救助協議会)
- えびそば一幻
- 北菓楼【きたかろう】
- だし茶漬け えん 成田店 (臨時休業中)
- ミンガスコーヒー (札幌・大通り) 混んでる時は6Fにある系列店のローチロースターに行くといいです。なぜか混んでなく、こちらは豆売りもしてる
- La Cuisine de KAWAMURA (旧グリル・カワムラ) (福岡・薬院) 季節ごとにメニューが変わるので福岡に住んでたら年4回行きたいお店。基本なんでも大変美味しく、冬の厚岸の牡蠣、夏にデザートで出る桃とクローブのスープ等、忘れられない皿が幾つも。スペシャリテの山芋フォアグラ・マデイラソースも絶品なので是非
- 田奈部 にしん蕎麦と焼き味噌をよく頂きました
- 釜竹 うどん、酒肴、日本酒ぜんぶ美味しい
- 旧こくわがた 鶏天HG
- 臥龍 肉麺が好物ですが鶏だけの麺も美味しい
- Athletic Brewing 定番ラインでおすすめはRun Wild、スッキリ系IPA。ご飯食べてる時はUpside Downが合わせやすくてよいです
- Trillium Brewing ボストンの道の名前がついてるIPAがオススメ
- Tree House Brewing Julius, Green, Hazeなど
- ノンアルビールレビューのnote
- BNSのプロテインバー Amazonで3ヶ月毎に定期購入してます
- Instant Pot
- Instant Vortex
- Polartec図鑑 アークテリクスのカイアナイトを一番よく着てます
- Futurelight Goldwin製のFL Drizzleを着てます
- Goretex vs Futurelightの比較実験動画
- Goretex + ダウン
- ニトリのカル:エクレの丼
- Mastering the American Accent
- ニトリのセラミックコートタンブラー ただし食洗機不可。その点、京セラのCERAMUGが上位互換そうなので次はそちらを狙ってます。
- Weee!
- 風呂のふた
- Tuft and Needle のマットレス 1000ドルじゃなくて750ドルでした笑
- つかった移民弁護士
- グリーンカード申請の流れ
Editorial Notes:
- アフィリエイトとかやっちゃうと収入発生しちゃってTRがより面倒になるんでは...というのが懸念。。。アルコール(特にワイン)はスイス時代に比べると全然飲まなくなったのですが、OR・WAのピノ探索はいずれしたいなと思ってます 萩
- 海外生活便利アイテムある方ぜひ教えてください! 脇
#51 A precise tagging of active neurons
Hyungbae Kwonラボの長濱健一郎さん(@k_hammer_1001)ゲスト回。初期研修から基礎研究に進んだ経緯、狩野研でのスライスパッチャー生活、Hyungbae Kwonラボの現在の方向性、最近のST Cal-Light論文(光受容とCa2+活動による細胞の遺伝学的ラベリング手法のアップデート版)について伺いました。
Show Notes:
- 長濱さん
- 最近のST-Cal Light論文
- 光とCaのアンドゲートロジックによるラベリングその1Cal-Light from Kwonラボ
- その2 FLARE from Alice Tingラボ
- Hyungbae KwonラボHP
- 狩野ラボHP
- この論文=狩野研時代のSetd1a論文(注:収録時にはmentionできなかったのですが、ChIP-seqの実験・解析、RNA-seqの解析では東大薬・分子生物学・後藤研にいらした岸先生(岸 雄介 (Yusuke Kishi) - マイポータル - researchmap)に大変お世話になりました。あと、ChR2-tdTomato→ChR2-mOrangeでした。by 長濱さん)
- 上阪さんのretrograde semaphorinのScience論文
- ニューロランチ:東大医学部の神経系のラボが集まって、金曜日の昼飯時に行う背筋も凍りつくような名物セミナー
- 2016年のSingh et al.,論文
- 2014年の高田さんの論文
- 高田ラボ
- Maria Karayiorgou
- Joseph Gogos
- CompetitorのSetd1a論文
- iTango論文
- Alice Tingラボ
- オーフスの米原さんラボ(遺伝研に移行中)
- Jung Ho Hyun
- Dongmin Leeラボ(注:”Nat. Biotechnol.のCal-Light論文でvalidationを全部行った”と行ってしまったのですが、正しいcontributionはCal-Lightの設計・in vitroのvalidsation→Dongmin、in vivoのvalidation→Jung Hoでした。by 長濱さん)
- Guopingが使った例
- Josh Gordonが使った例
- Matthew LarkumがCAMPARIと比較したFrontier論文
- Tina Kim
- FLiCRE(フリッカー)論文
- SoCoChR論文
- StCoChR論文についてのOferと萩原の見解
- LiqunのところのTRAP その2
- CAMPARI
- CAMPARI2
- rsCAMPARI
- Photoactivatable Cre 例えばコレ
Editorial Notes:
- いちリスナーの自分がまさかゲスト出演することになるとは思っていませんでした。お二人との議論とっても楽しかったです!色々とbackgroundの前置きが長くなってしまいましたが、これから海外でポスドクしようとしている大学院生やポスドクの方に、こんな人もいるんだなぁ、と思って頂けるといいなと思います。またメインプロジェクトの論文出たら、ぜひ呼んでください!(長濱)
- 最初期遺伝子では神経活動を捉えられない、という見方と、遺伝子発現変化に繋がらない神経活動はエングラムではない、という立場があるのかな…何がノイズで何がシグナルなのか、とかの検証が色々できそう(宮脇)
- 出だしの導入で記録と操作が...とか言って始めていますが、「おい、(形態)観察は?」というツッコミが解剖寄りの人から来るのは想定済みです汗 (萩原)
#50 Gestalt principles
久々のSfN参加、初Thanksgiving、Twitterからの移行に関する雑談。論文紹介は、カリウム選択的チャネルロドプシンの構造、魚の脳発達は氏か育ちか、プルダウンアッセイと機械学習によるAAVの指向進化、など (11/26収録)
Show Notes:
- 萩氏のアブストラクト
- Jeremiah
- Joshua Trachtenberg
- 古館昌平氏
- ヨーロッパは運転免許証のExpireが無い:国によって違うらしい。スイスは無い、ドイツは10-15年?
- GRABでペプチドのセンサー
- Rebuildのエピソード
- Twitter上での繋がりを保存するツール
フラッシュ論文
- 論文1:Structural basis for ion selectivity in potassium-selective channelrhodopsins
- 加藤英明さんラボ
- 出てもらった時のエピソード
- HcKCRを最初に報告した論文
- WiChRプレプリント(Sci. Adv. in press)
- ChRmineの論文
- 加藤さんのNat Comm
- 論文2:Nature over Nurture: Functional neuronal circuits emerge in the absence of developmental activity
- Florian Engertラボ
- Dániel Barabási
- 目を閉じたらVisual Cortexの発達おかしくなる、の論文
- Tom SudofのVerhage et al Science 2000
- Sando et al., 2017 Neuron
- バラバシさんのツイート
- Herwig Baier
- のツイート
- フロリアンのかなり長いスレッド
- Ken Miller
- の参戦
- Blake Richards
- の参戦
- David Fitzpatrickラボ
- 苦情
- 論文3:Targeting AAV vectors to the CNS via de novo engineered capsid-receptor interactions
- Ben Deverman lab
- CREATEの論文
- ExtinctionのF1アッセイ
- Gradinaruのラボから、マカクで通るかもね、のプレプリント
- 北海道はルスツでスキーをしようの学会
Editorial Notes:
- バラバシって今の大学院生にも人気なんでしょうか(脇)
- ExtinctionのF1(2)の仕事、メインコラボレータの仕事なのに完全に失念してた...(萩)
#49 Memento Mori
ゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、1分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録)
Show Notes:
- Eve Marderの新作 The Complement Sandwich
- 感染した場合は180日後くらいの方が抗体価上がる
- ASCONA meeting
- アメリカ政権のオープンアクセスMandatory
- AAASのプレプリントに対するポリシー
- DIANA論文
- Abema Primeのひろゆき全推し回、YouTube
- Mさん(Henry Molaison)について、ラリースクアイアによる追悼記事
- Henry Molaisonは海馬じゃなくてエントライナルが飛んでた
- メメント
- 論文1・Samborska et al., Complementary task representations in hippocampus and prefrontal cortex for generalizing the structure of problems
- 論文2・CellREADR論文:Programmable RNA sensing for cell monitoring and manipulation
- 内在性ADARの発現:HEKは1を多く発現して2,3を発現しないらしい。 組織ごとにEditを受ける場所が違うんだとか。
- ペーボ取りましたね、ノーベル賞
- RADAR論文(RNA sensors using ADAR):Modular, programmable RNA sensing using ADAR editing in living cells
- RADARS論文(Reprogrammable ADAR Sensors):Programmable eukaryotic protein expression with RNA sensors
- 論文3・Orientation pinwheels in primary visual cortex of a highly visual marsupial
- 数年前に書いたレビュー
- 論文4・Directed evolution of adeno-associated virus for efficient gene delivery to microglia
- Addgeneでカプシドをコードしているプラスミドが入手可能
- 論文5・Next-generation brain observatories
- Observatory of the mind
- Saskia de Vries et al.
- Joshua H. Siegle et al.
- Neural Data Without Borders
- Mindscope
- 論文6・Real-time dynamic single-molecule protein sequencing on an integrated semiconductor device
- DNAとヘリケースを使ってre-readしてfidelityを上げる
Editorial notes:
- CellREADR/RADAR/RADARS、延びる棒、のアイデアがラボ間でどうshareされていったのか(あるいはされていないのか)、ご存知の方はコッソリ教えてください笑(脇)
- 収録中に論文のタイトルコールしてないの不親切で悪い癖ですね...以後気をつけます。(萩)
#48 In search of thalamo-cortical computational principles
We sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS), a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10)
Show Notes:
- Ian’s lab at RIKEN: Laboratory for Distributed Cognitive Processing
- Miho: Miho Nakajima-san
- Mike Halassa’s lab @NYU->MIT
- Phil Haydon’s lab @Tufts
- The Neuron by Kaczmarek (and Levitan) (Still have the original on my shelf here. – Ian)
- Ian’s work at the grad school: the astrocyte-neuron interaction
- Ian’s works during postdoc: Rule representations in the cross-modal sensory attention task #1 #2 (mentioned as ”The thalamo-cortical paper”, MD-mPFC loop) #3
- Guo/Inagaki’s paper (VM/VAL-ALM loop)
- If you change the rule sets, the dynamics change a little bit in subgroups of MD thalamic neurons
- A review discussing the region identified as the PPC - Ian
- Ian’s strategy for the research
- Ahena Akrami’s paper
- Jeremiah Cohen
- His recent publication on representation of the task history in PL
- Computational Advantages conferred by biologically inspired networks
- Structured networks sometimes perform better/faster
- Idea of having a parallel stream of processing through the thalamus is useful: I was thinking of some ideas from Murray Sherman and Sabine Kastner (e.g. this paper, and this) – Ian
Editorial Notes:
- Really nice conversation though I guess we have some difference as to whether thalamic computational roles are an inevitable network design or just based on evolutionary history (I guess time and research will reveal who's right!) In any case, I really enjoyed talking science with you both! - Ian
- I enjoyed the discussion and it was nice to see the connection between Ian's work and others' on the thalamus. It seems the time has finally come to decipher thalamic functions and I hope our new work will change the way we think about how the brain computes information! -Miho
- Recent evolutionary expansion in thalamus/LP could be just optimization around local minima. Let’s see how Ian’s work would discard this possibility! For now, we can happily agree to disagree! - Kenta/萩
- It was a perfect way to drop our first episode for both domestic and international listeners. Thanks, Ian and Miho! -Tak/脇
#47 On flexibility in cognitive processes, behavioral paradigms, and careers
理研CBSの中島美保さん(@mihonakajima)がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録)
Show Notes:
- 認知分散処理研究チームHP
- 中島さん業績集
- Nat Heintzラボ
- オキシトシンに反応するmPFCニューロンのメス性行動への影響…のお仕事
- BAC Tgの基礎を作ったHeintzたちの仕事 in 1997
- BAC トランスジェニックの神経科学への応用を解説した2001年のレビュー
- Michael Halassaラボ
- Halassaラボでの注意機能による感覚選択を司る脳回路、のお仕事
- その自閉症モデルでの状態と緩和方法探索、のお仕事
- イアン・シュミット
- GENSATの論文
- TRAP :ここではTranslating Ribosome Affinity Purification (TRAP) のこと。その1 その2
- Parafascicular nucleus: 束傍核。Striatumによく投射する
- TRN: Thalamic Reticular Nucleus 皮質とThalamusを繋ぐ抑制性ニューロンの核。最近印象的だったGuoping Fenの仕事とか
- マット:Matt Wilson
- State-dependentなTRNの論文
- イアンが最初に立ち上げた行動
- 中島さんが神経回路学会に載せていた行動実験に関する日本語レビュー
- Earl Millerラボ
- MD(mediodorsal thalamus)の仕事
- b2bになっている Guo/Inagakiの仕事 (ALMに対応するthalamusは”VM/VAL”)
- Pulvinar視床枕。ヒトでの機能的な示唆については、これとか
- Guoping Feng
- 2016年のプロジェクト
- PPC:posterior parietal cortex
- NeuroRadioのCell Type 回
- KarelとSvobodaとCallawayのレビュー
- Hongkuiのレビュー
Editorial Notes:
- 今回は貴重な機会を頂きありがとうございました!本当に長々と申し訳ないです。お二人とも話が非常に明快で一瞬で重要なポイントをついてくるので、勉強になりました。これからの更なるご活躍が楽しみです!私は日本語も英語も結構間違えてて反省!(汗)エレベーターピッチの練習しないと。これからも人間の行動に迫っていきたい思うので乞うご期待!(中島)
- ブザキとかは心理学で先に定義された用語に神経活動を後から対応付けることに否定的な主張をしていますが(それも一理あるとは思いますが)、今回の話を聞いて、やっぱ行動心理学をちゃんと勉強した方が色々とやりようがありそうだよな~、と思いました(脇)
- 常々、研究者として一番大事な能力の一つはresilienceだと思っていますが、度々苦境に立たされつつも、その度にいい仕事をいい論文に仕上げてくるスタイルに大変刺激を受けます!(萩)
#46 The Fos expression we saw that day
ゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi)、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)、田中和正さん(@Kazu_ZT)、柳下祥さん(@sho_yagishita) とディスカッションをしました。(9/22 収録)
Show Notes(完全版):
- お題の論文:Fos ensembles encode and shape stable spatial maps in the hippocampus
- 田中さん
- NR田中さん回
- 北西さん
- NR北西さん回 Part1 Part2
- 柳下さん
- 吉良さん
- Harveyラボ
- Greenbergラボ
- 田中さんのトムラボでの論文
- Thomas McHugh
- よく使われるcFos-tTA, Mayfordの作ったライン *knock-inと言ってますがtgです(萩)
- の元論文
- 最初の利根川研での仕事 Fig1fgでshGFPがまあまあ綺麗に見えている
- 田中さんのWiltgen研での仕事
- Georg KellerのbioRxiv論文 (Mahringer 2019)
- Rewardの所に場所細胞が増える
- 海馬の一部の細胞でreward response, David Tank のDedicated Population for Reward論文
- 以前Greenberg達が作ったFosのトリプルノックアウトの系
- 1st authorが書いたbehavioural engagementに関する前の仕事
- FamiliarなEnvironmentだとFosはほぼ出ない、の論文
- 最近Twitter界隈ではCausalityに関する議論がある:いろんなスレッドがありましたが、この(Tweetに基づく)PDFが一番核心を突いていたように思います。 by 吉良さん
- アテンションを高めて空間タスクをやらせると安定性up
- Schitzerがendoscopeで見始めた時
- 学生たちと一緒に書いたCurrent Opinionの総説
Editorial Notes:
- JCでこんなに論文ほじくり返したのは久しぶりです!マニアックなディスカッションもあって、とっても濃い2時間でした。またぜひ呼んでください!次は辛口ゲストを集めてNR主催のお二人の論文とかどうですかね?(笑)(田中)
- 濃くて楽しいJCでした!それぞれのラボのスタイルが垣間見えるのも面白いですね。(北西)
- 海馬やfosを専門にやっている方々と議論できてよかったです。ぜひ定期的にやって欲しいです。今回のような分野横断的で新しい方向性の論文だと特に盛り上がりそうです。他の方々の議論を聞くのも面白そう(柳下)
- 普段あまり接することのない、分子と神経活動の関係を扱う論文について議論する機会をいただき、とても勉強になりました。図表のフェアな作成法や因果性の解釈についても、様々なご意見を伺うことができて充実したJCでした。(吉良)
- 音声での論文紹介をはじめた当初から、正直どのくらい伝わるんだろうか...と思いながらやってますが、最近では自分達が楽しめてその雰囲気が伝われば、ドメイン知識自体は別にどうでもいいかなと開き直っています。メンバーを変えつつ定期的にやれると楽しそうです(萩原)
- これだけ大人数のディスカッションなのに議論が発散しなかったことも印象的でした。皆さんお忙しい中ご都合つけてくださりありがとうございました! (宮脇)
#45 The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease, explained
認知症研究者の佐野俊春さん(@tsano321)に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました(9/3収録)
Show Notes (完全版):
- 佐野さん
- タンパク質構造疾患研究チーム
- 岩坪研
- PhD時代の仕事(の一部)
- 博士論文の要旨
- 神経変性疾患のプリオン様伝播仮説
- 生活習慣病と認知症のレビュー by 佐野さん
- Aβの治験が上手くいかない:Aβを標的とする抗体医薬の治験失敗が続く中で2018年に出たコメンタリー
- 抗Aβ抗体医薬が効かない原因の考察を含むSelkoe達によるAβ仮説レビュー
- Aβ*56捏造疑惑に関する記事
- Aβ*56捏造疑惑が出た時のAlzforumの反応
- Aβオリゴマーが神経細胞毒性を有する
- 富田先生によるアルツハイマー病の歴史の表
- 1984年 アルツハイマー病患者の脳内の血管壁に沈着したAmyloid βを単離
- 老人斑の主要構成成分はAmyloid β
- 1987年 APPのクローニング
- 1992にamyloid cascade hypothesisというタイトルのperspectiveがscienceに
- 2012年のプロテクティブ変異(アイスラインド変異)の論文
- Dale Schenkがワクチン療法を考え、合成ヒトAβ42をマウスに注射
- AN-1792ワクチンの臨床試験、髄膜脳炎、すぐ中止
- Aβをターゲットにした臨床試験のまとめ
- 軽度ADに限ればsolanezumabは認知機能低下を抑制(訂正:複数の試験ではなく、この研究しかありませんでした)
- aducanumab論文(Phase1b)
- 認知機能正常な高齢者や認知機能低下が緩やかな高齢者由来のB細胞ライブラリーを用いて開発(Reverse Translational Medicine)
- 2019年の中間解析で中止になったが、中間解析の後に入ってきたデータを含めて再解析すると、2つの試験のうち1つで効果が出ていた(効果としてはかなり小さい)
- Phase3が進行中のエーザイの別のAβ抗体(lecanemab)(収録後に試験結果が発表され、承認申請予定とのこと)
- 血液バイオマーカーによる早期発見の研究、レビュー
- その他のAβ抗体としては、Eli LillyのdonanemabがPhase3進行中
Editorial Notes:
- 治験が失敗続きなのにいまだにアミロイドβ仮説が信じられている理由、アミロイドβ仮説の背景、アルツハイマー病の研究対象としての面白さなどを伝えられたら嬉しいです。 と思っていましたが、まさか収録後にレカネマブの主要評価項目達成という大事件が起きたのは予想外でした。このニュースでアミロイドβ仮説に対する世間の風向きも変わったかも?(佐野)
- 「僕は病気に関しては無知なので」と口走ってしまっていますが、当然進行を考えた上でのポーズです(ので「お前MD持ちだろ」とかつっこまないように!)。(萩)
- 一口にアミロイドβ仮説と言っても色々なものがあるということ、それに至るまでの歴史や登場人物が学べて非常に面白かったです。佐野さんありがとうございます!(脇)
#44 Timestamping academic life events onto podcast sequels
帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど(9/18収録)
Show Notes:
- 北沢さんラボ
- 北沢さん前回収録 その1 その2
- DANDRITE
- Engram 学会
- CaMPARI2 GeorgがV1ミスマッチでやったよね、という話をするのを忘れた(萩)
- Greenberg とHarveyのNature
- Johannes Graff
- 僕の論文
- ERC
- Christine Denny
- がArcプッシュ
- Arcのviral transmission
- Greenberg
- LinのScienceは2011でした
- FosとArcを比べたCell
- 活動との相関性
- Npas4-”FH”はFlag-HAのknock-inで、免疫染色しやすいライン。
- Yap et al. FosKOの表現型
- デンマークの悲しいバスルーム事情 うん、まさにこのストレス(萩)
- 北海水産 欧州全土に新鮮な(冷凍だけどw)魚介をお届け。
- 北沢さん ERCスターティンググラントの解説
- Filippo (北沢さん元ボス)
- ルンドベック財団
- 学生のネットワーク Neuroscience Academy Denmark デンマークのPhDプログラムに興味がある人はアプライしてみるとよいかも。4年分のお給料だったり、デンマークのいろんなラボでインターンできる機会があります(北沢)
- Brain Prize
- コペンハーゲンのOle Kiehn
- DANDRITEのSAB (Scientific Advisory Board)
- 米原さん回@NR その1 その2
- ちゅっちゅっと吸うトランスクリプトームのNature
Editorial Notes:
- 独立一カ月後編ありがとうございます。ラボのプロジェクトの大半がオフレコになった結果萩原君とほぼだべっているだけになってしまった気が。早く論文を形にして語りたいですね!(北沢)
- たまにはこのくらいゆるい回があるといいですね。編集等も楽だし笑 しかしIEG論文をさっさとなんとかしないとなー (萩)
- こんな濃厚な音声版blog?もなかなかないですね。。ちなみに今回もShownotesのほとんどを北沢さんが準備してくれました~ありがとうございます! (脇)
#43 Splendid isolation
伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索@線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×2、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション(7/16収録)
Show Notes:
- コロナ中に収録したエピソードその1 その2
- Mark Anderman
- のパートナー、Maria Lehtinen
- David Kleinfeld
- 細胞そのものがセンサー(CNiFERs)
- Dombeckラボ
- Awatramaniラボ
- 論文1:Dopaminergic axons track somatic signaling in behaving mice
- Joshua Berke
- のラボから出ていたVTAの細胞体とNAcドパミンのdissociation
- アセチルコリンがドパミンの軸索でAction Potentialを起こす
- Amatramaniラボからの前報で、SNcドパミンの形態を細胞種毎にキャラクタライズした仕事
- Dombeck は Striatum で single axon の2pイメージングやってた
- GRINレンズ2個刺しの仕事
- RPE: Reward prediction error, 古典的レビューはこちら
- Kim et al., 論文 A Unified Framework for Dopamine Signals across Timescales
- 論文2:Kalium channelrhodopsins are natural light-gated potassium channels that mediate optogenetic inhibition
- John Spudich
- 普通のカリウムチャネルが持っているような選択フィルター
- 元論文
- 今週NNに出ていたAxon Terminal inhibitionのレビュー
- 論文3:WiChR, a highly potassium selective channelrhodopsin for low-light two-photon neuronal inhibition
- Peter Hegemann
- Emiliani
- Emotional Circuitのdevelopment
- Eve Marder
- エッセイのシリーズ:Living Science
- エッセイ1:Maintaining the joy of discovery
- エッセイ2:Crossing oceans
Editorial Notes:
- Sodium とナトリウム、Potassiumとカリウムが混ざりました(宮脇)
- エスプレッソマシン、むかし友人を説得して業務用の中ではお手頃なシモネリのオスカーを買わせて一緒に遊んだりしてたのですが、洗浄が面倒すぎて一瞬で売り飛ばしていました笑
ところでロブスターを実験動物に使うと食べ放題だろうか。(萩原)
#42 A catalyst for DIY optics
Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました(6/5収録)
Show notes:
- 勝木さん
- Thorlabs Japanのホームページ
- 柳下さん
- Doricのフォトメトリーシステム
- Thorlabsのフォトメトリーシステム
- Thorlabsの2万種類以上の部品
- 河西研のファイバーフォトメトリーの論文
- 柳下さんのシステムはこちらの論文に基づいています(by 勝木さん)
- 理研の山森研
- ThorlabsのBergamo
- 回転する一光子顕微鏡(pdf)
- パーツの組み合わせ
- ソーラボのgithub
- openなんとかのひとつ
- Janeliaの2p-RAM論文
- ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション:Multiphoton Mesoscope
- UCL, Hausserの二光子Stimulation
- ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション(Bergamo + SLM)
- Bessel
- Na Jiの論文
- 緑慎也さん
- 遺伝研の広海健先生
- 遺伝研での仕事
- クラゲの仕事
- Michael Dickinson ラボ
- Ralph Greenspanラボ
- Ralphが書いたIntroduction to nervous systems
- Dhruv Grover
- FlyCeptionのお仕事
- その2
- ↑のプロトコル(出たばかり)
- Thorlabのオンラインフォーラム、Brainwaveについて(pdf, page 5)
- ライトフィールドを使ったお仕事
- Sophie
- メゾスコープのパーツリスト
- 創業者のAlex Cable
Editorial notes:
- 楽しかったです!ありがとうございました。入社して5年経つのにいまだに毎日学びの連続です(まだまだひよっこ?)。企業に就職するなら分野を変えてみるのもお勧めかも。学生・ポスドクは研究に集中できる時だと思うので、ぜひ思い切り研究を楽しんで下さい。(勝木)
- DIYサポートは自分で光学系を組むハードルがグッと下がりますね。無料なのはユーザーとしては嬉しいですが、お金を払いたいという気持ちも…(宮脇)
- だいたいどこにでも出てくる坂野先生と立花隆...!
PhD取得後の就職先としてThorlabsのような魅力的なoptionが数多くできれば、PhDに進学することがリスクでもなんでもなくなり、結果的に日本のアカデミアのレベルも上がると思ってます。(萩原)
#41 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 2
齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました(7/9収録)
Show Notes:
- ATAC-seqでぷらすみどのシークエンシングする(ぷらすみどをTn5でtagmentationして、barcodeつきprimerでPCRして、まとめてNGSにかけるということです。。。by齋藤さん)
- 濡木研から来たポスドクの方:平野さん Z-lab メンバーを参照
- Aviv Regev
- Eric Lander
- Jim Collins
- David Liuがデリバリーをやる: eVLP
- Base editor
- Fei Chen
- Omar Abudayyeh
- Jonathan Gootenberg
- Xiao Wangラボ
- Spatial transcriptomics回
- こうせきはラマン
- McGovern InstituteのFellow
- David Bartel
- ハワードヒューズ: Howard Hughes Medical Institute (HHMI)
- Broad Institute の沿革
- Stuart Schreiber
- Emmanuelle Charpentier
- Feng ZhangラボAddgene page
- Doudnaに対して賞とか贈られてたり
- Fengも慶應医学賞
- 石野先生
- のCRISPR発見論文
- Karelの卒業生のラボからNature
- 結果Nature Neuroscience
- 直近のサイエンスのSupplementary Figure 30以上
- Karelのpublication
- 元ボスAndreas Lüthiのpublication
- K99
- 間近でアメリカで独立したポスドク: Xin Jin
- 独立した場所がドイツ: Jonathan Schmid-burgk
- 米国大学院学生会
- ニューロンの分類回
Editorial Notes:
- 僕のボストン、Harvard、MIT、Broad、Feng Zhangラボへの愛がほとばしってしまってます。。。ちなみにBroad Institute of “MIT and Harvard”はMITからはHarvardとみなされ、HarvardからはMITとみなされてるようで、僕はどちらの日本人コミュニティにも属してません。。。留学を考えている学生さんで何かお困りのことがあったら連絡をいただければと思います!また論文出たらゲストとして出させてくださいー。(齋藤)
- 確かにBroadはMIT感あります。オフレコのトークも面白かったです笑 またぜひ!(宮脇)
- 「クリスパーネタはリサチャでやれよ」という怒られが発生するかなと思ってたんですが、宮脇氏がだいぶ予習してくれたおかげでなんとか体面は保ったんじゃないでしょうか。(萩原)
#40 CASTing light on the life at Broad Institute - Part 1
Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄&ラボでの生活、等について伺いました(7/9収録)
Show Notes:
- Jennifer Doudna
- のThe Code Breaker
- SHEROCKによるCOVID-19の検出
- Broad Institute
- Feng Zhang
- FMI
- 早稲田の先進理工学部の生命医科学科
- City of Hope
- 楽しかった研究@早稲田仙波研
- FMI指導教官、Patrick Matthias
- Ph.D.のプロジェクト
- アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary
- Steven McKnight
- 加藤さんの仕事(実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん)
- FUSのIDRがリン酸化を受けて凝集に関わる…の論文(記憶が曖昧でした。。。リン酸化について言及されたのは加藤さんのCell論文よりも5年後でした。by齋藤さん)
- ストレス顆粒とは(wikipedia)
- David Baltimoreのノーベル賞ホームページ
- Human Frontier の話:Investigating archaeal horizontal gene transfer systems towards universal delivery tools
- CAST(CRISPR-associated transposase/transposon): CRISPR-CasエフェクターがトランスポゼースをcrRNAの標的部位へと誘導して転移するトランスポゾン。
- 最初のペーパー(CAST V-K)
- CAST I-F
- Sam Sternberg
- この2つのCAST I-Bオルソログがダメだったらこのプロジェクト終わり!
- CAST I-B: 齋藤さんらが今回の論文で報告したシステムのこと
- Dual Modes of CAST Homingの論文@Cell
- Tn7: トランスポゾンの一種で、TnsA,B,Cが協働し、更にTnsDと協働することで特定の場所(glmS)に転移するか、あるいはTnsEと協働することで接合時のプラスミドへと転移する。
- 2つのターゲットセレクター・アダプター分子(TniQとTnsD): TniQはTnsDのホモログ。CAST I-Bには2つのTniQがあることが知られていたが、その一方は本来のTn7のTnsDと配列が似ており、同様の働きをしていることが上記論文で明らかになりTnsDに再命名。
- Joe Peters @ Cornell
- のCell論文
- Cascade: Type I CRISPRシステムで見られるCasタンパク質とcrRNAからなる複合体。
- REとLE: Tn7/CASTのトランスポゾン配列の両端に存在し、トランスポゼースに認識される、転移に不可欠な配列。
- Inverted Terminal Repeats: DNAトランスポゾン配列の両端にしばしば見られる、似た配列が片方の末端ともう片方の末端で逆向きに存在している構造のこと。
- (スペーサーの)獲得機構: CRISPR-Casシステムにおいて外来遺伝子をCRISPRアレイにスペーサーとして取り込むのに必要なタンパク質群。
- DNA Microscopy
- PEG10の論文
Editorial Notes:
- バーゼルでPh.D.課程在籍時に萩原と出会い、ポスドクとしてボストンに来て宮脇さんと出会い、とNeuroRadioに出ることが運命づけられていた気がします。。。宮脇さんにスクープされないよう、引き続きCAST頑張ります!(齋藤)
- 僕もうちのラボの人もCASTやってないですw(宮脇)
- 久々の齋藤さんのテンションを経験して懐かしい気持ちになりました。(萩原)
#39 A biophyisicist-turned-neuroscientist
マックスプランクフロリダの安田涼平さん(@Ryohei_Neuro)をゲストに、1分子イメージングから1スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました(6/5収録)
Show Notes:
- 安田さんラボHP
- 安田さんブログ
- 安田さんHP記事 アメリカでラボを持ちたい!
- マックスプランクフロリダ (Max Planck Institute Florida Institute for Neuroscience)
- ATP合成酵素が回転するところをアクチンつけて観た仕事
- 東工大(当時)の野地さん:現在東大で主催しているラボ
- 木下研HP(早稲田へ)
- カレル:Karel Svobodaのこと。安田さんのポスドク時代のボスであり、萩原の現・ボス。
- Karelが見つけたキネシンのステップ
- 120°ずつ回転、仕事効率ほぼ100%
- Winfried Denk (カレルのベル研での直接のメンターはおそらくTank。Denkはおそらく横にいて顕微鏡を提供した?Denkは最初に2光子顕微鏡作った人)
- KarelのラボからPIになった人…の参考図(NeuroTree)
- カレルがGCaMPに着手したタイミング
- GCaMP2はこの論文
- 佐藤 隆さん@MUSC (萩原は学部時代に佐藤さんの実験@Tübingenを手伝っていた)
- GCaMP6の論文 (現状カレルの論文の中で最も引用される論文となった)
- 顕微鏡に関する投稿:ポスドクを終えてDukeで独立する辺りは2005年~
- Karelラボの2番目のプロジェクト(Rasの分子活性)
- 独立した後のCaMK2の仕事
- 林康紀さん
- が当時やってた(Camuiα)
- FLIM: ライフタイムイメージングのこと(PDF)
- 谷口さん
- 村越さん(ラボ)
- の仕事
- 安田さんのトークで最後に出てくる絵 (by R, Iyenger)
- 三國さん
- 西山さん
- MPFIのマシンショップ
- Michael Ehlers
- Fitzpatrickラボ
- 結局一番楽しかったタイミングはF1-ATPaseの回転が見えた時…の記事
- 安田さんのライフタイムイメージングの会社
Editorial Notes:
- 実は当初MPFIのFitzpatrickラボで博士をやる予定でした。いろいろあってvisionのdevelopmentから分野を変えたのは結果的にはよかったのではないかな〜と。安田さんをはじめ、成功してる研究者には楽観的な人が多いような気がしてる今日この頃、辛気臭くない感じで生きていきたいなと思ってます (萩原)
- 研究所のDirectorという雲の上の存在でありながら、我々のようなポスドクにフランクに接してくださってくださったこと、そしてpoliticalな感じが全然しなくて技術開発・現象探求にフォーカスしてらっしゃる様子が印象的でした(宮脇)
- これからを担う若い研究者のお二人とお話できて楽しい時間を過ごしました!ぜひミーティングなどでまたお会いしたいと思いました(安田)
#38 Latent dynamics
Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス@MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録)
Show Notes:
- 来春にWyss研究所移転
- SfN:Society for Neuroscience 北米神経科学会。世界最大の超巨大神経系学会。
- Cosyne Meeting
- 近所のメキシコ料理屋の美味しいブリトー(El PelonのEl Guapo, guacamole追加がオススメ)
- Schnitzer論文
- 論文その1:Minute-scale oscillatory sequences in medial entorhinal cortex
- Striatumを冷やした時の時間認知変化
- 論文その2:Top-down control of hippocampal signal-to-noise by prefrontal long-range inhibition
- Meno Witterによる、PFCから海馬への直接投射は無いよ、の論文
- Rajasethupathy et al
- No evidence from complementary data sources of a direct projection from the mouse anterior cingulate cortex to the hippocampal formation
- Amygdala業界での似たような議論:IL->ITCがあるのでは言われてたが、おそらくIL->BLA->ITCのdi-synapse性
- Peter Somogyiラボ
- 九大の神野先生
- 玉巻先生
- も昔海馬のlong range inhibitoryをやっていた
- AmygdalaからHippocampusに投射している細胞はInhibitoryも多くて、場所嗜好性の形成にそれが必要
- Hannah Monyer
- 元ラボ(Luthiラボ)disinhibitory回路お家芸 例えばコレとかコレ
- Sohal ラボHP
- Parvalbumin neurons and gamma rhythms enhance cortical circuit performance
- 論文その3:Learnable latent embeddings for joint behavioral and neural analysis
- MathisラボHP
- GitHubのページ
- 対照学習とは
- DINO論文
- 昔のShenoyタスクにおけるポピュレーション活動の解析
- David TankラボからのNieh et al.
- MIND論文
- 北西さん回後半
Editorial Notes:
- 仮説に合わないorストーリーにとって都合のよくないor説明のつかない、データをそのまま出してくるモーザーラボのスタイルはストロングスタイルとしか言いようがないですね。葬り去るのは論外として、自分なら何かしら説明がつくまでは外に出すのは躊躇してしまいます。(本物の)ブリトー美味そう。(萩原)
- 麺屋武蔵いいですね…。解析手法開発論文の読解は、本文を読むだけじゃ無くて、コードを自分で動かしてみて、ってとこまでやらねばですね(宮脇)
#37 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 2
北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました(4/27収録)
Show Notes:
- 日本語の作文技術
- 頭が赤い魚を食べる猫
- 北西さんが採択されたAMED-PRIME
- 永井先生
- 伊佐先生
- 先進科学研究機構の人事
- Buzsakiラボ
- NR, 五十嵐さんに言わせると…の回
- 最近Communications Biologyに出した仕事
- 瞬間的に介入したとしても、いろんなことが起きる (Otchy et al)
- Discrete Attractor Dynamicsの仕事(Inagaki et al) 短期記憶を保つ神経細胞集団からの記録中にオプトで神経活動を阻害し、集団の活動がどうリカバリするかを見ることでアトラクタ構造を明らかにした仕事。
- 自然にあるディスクリートアトラクターの遷移を追った研究の例
- パーコレーション(8.2を参照)
- パーコレーション理論を神経回路動態の解析に適用した例
- Inside-out
- Internally generated…の論文
- Internal シリーズその2
- 同志社の櫻井先生
- じっとしていても脳の中で内発的にアクティビティを出す (総説)
- Sensory input を変えたときのネットワーク遷移 (Jezek et al)
- Cross correlationとcanonical correlation analysis (CCA):Kordingの古典的総説
篠本先生の最近の仕事。Cross correlation解析をencoding model的にやったもの
CCAの神経科学分野への応用に関するreview
CCAの(数学的でない)意味付け解説(日本語)
- MoserラボのGridのトーラス論文
- の解説回
- Grid のモジュール (Stensola et al)
- 多様体 (Wikipedia)海馬の多様体1 (Nieh et al)
海馬の多様体2 (Rubin et al)
頭方向細胞の多様体 (Chaudhuri et al)
- 大量にカルシウムイメージング…の仕事
- 2手先…:収録用のメモに書いてあった北西さんのコメント
Editorial Notes:
- 申請書をロジカルにとか偉そうなことを言いながら、話を全然ロジカルにまとめられず。。まだ荒いですが、いろんな研究の方向性を考えています。ラボメンバー募集しています!(北西さん)
- 後半は研究デザインに関する哲学というか、今までの収録ではなかなか出来なかった抽象的な議論が出来てよかったです。今後はもっとしていきたい。(萩原)
- 図らずも先進科学機構PI回が続きましたがCOIはありません笑 北西さん、研究室立ち上げのお忙しい時期にありがとうございます!(宮脇)
#36 Robust routing to strong physiology + molecular research at KIS - Part 1
今年3月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD~スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く(4/27収録)
Show Notes(完全版):
- 北西ラボHP
- 総合文化研究科先進科学研究機構
- 岡ノ谷ラボ(現帝京大)
- 博士の仕事
- 田代ラボ(現シンガポール)
- 田代ラボでのお仕事
- の筆頭著者レビュー
- 2005年のオプト論文
- PINP論文 (=OptoID or OptoTagging)
- 田代さんのERCグラント
- 利根川先生のエングラムの話
- Open Ephys
- Kavli Institute (for Systems Neuroscience)
- Moserラボ
- 五十嵐さん
- 伊藤さん
- 上村さん
- 小金澤さん
- Menno Witterラボ
- Mor Ther. Generation and Characterization of Chimeric Recombinant AAV Vectors
- 学振SPD: 学振PD獲得者の中でも特に優れた人が取れるフェローシップ。2020年度に終了。
- 奥山さん
- 川島さん
- 田中さん
- 松尾ラボ(現・九大)
- Mayfordのところでのお仕事
- Dupretのラボがやってた方向
- Claustrumの仕事
- Crick and Koch 2005. What is the function of the claustrum?
- 水関ラボ
- Subiculumのプロジェクト(水関ラボでのSci Adv)
- の解説記事(PDF注意)
- Klausbergerのventral CA1の仕事
- 256 chのプローブ(所謂Buzsaki256, PDF注意)
- AAV6が逆行性に感染する…の論文
Editorial notes:
- ヘッドセットのノイズキャンセリングのせいか、ところどころ音が妙に小さくなってしまいました。すみません。。ただ、お二人にのせられて (?)、いっぱい喋りました。とても楽しい時間でした。ありがとうございました!(北西さん)
- この収録直後にNeuropixelsデビューしました。とりあえず3本同時記録。実験自体は128chでやってた時とそんな変わらんな〜という感じ。
- 話の中でもありましたが in vivo自由行動下の電気生理記録ができる国内ラボが本当に増えてきましたね~(宮脇)
#35 Introduction to structural biology for neuroscientists
東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録)
Show Notes(完全版は番組HP):
- 加藤研
- 加藤さん過去インタビュー 1 2
- ChRmineの論文
- 濡木研
- Brian Kobilkaラボ
- Brianノーベル賞のページ
- 2012年のNature論文(ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析)
- の新着論文レビュー
- 服部素之さん
- タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意)
- 芳賀先生のNature 2012 (註:だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん)
- 脂質キュービックフェーズ(LCP)法 (pdf注意)
- Nanobodyを使ったBrianたちの論文
- iC++の構造論文(Nature筆頭論文その3)
- GtACR1の構造論文(Nature筆頭論文その4)
- 上記論文の新着論文レビュー
- 微生物型ロドプシンの作動メカニズムについての神取先生の解説記事
- 加藤先生のアドバンスト理科
- Kalium rhodopsins
- クライオ電顕の原理の解説(吉川研)
- David Juliusが取ってた
- NTSR1-Gi1のCanonical と Non Canonicalクライオ構造論文(N筆頭その5)
- AlphaFold2論文
- 死の脳内表象について(pdf注意)
- Yusteがやってたoptogeneticsのonline meeting質問のシーン
- KR2の構造解析(N筆頭その2)
- の新着論文レビュー
- 神取研
- 木暮先生
- 2013年のNature Communicationsの論文
- 吉澤研
Editorial Notes:
- なんか一人でベラベラ話していて、聞き直してみると非常に恥ずかしいですね。。穴があったら入りたい気分です。あと、ビタミンD不足で病院のお世話になった時は我ながらビックリしました。構造解析の比重は減らすと言いましたが、普通の構造解析の比重は減らす一方、dynamicsやin situでの構造解析は今後も続ける予定です(加藤)
- フェイク修論発表→本丸ねーちゃー、太陽の降り注ぐかりふぉーにゃでVitD不足、などなど、ついったー経由で仕入れていた武勇伝に関して突っ込むのを失念しておりやらかしたー (萩原)
- 思えば分子生物学にハマったのはK+チャネルのイオン選択性フィルターがK+より小さいNa+イオンを透過させない仕組みに感動したのがきっかけでした(宮脇)
#34 Catch-22 in code-switching
アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬4重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録)
Show notes(完全版はこちら):
- COTEN RADIO
- バイオステーションゲスト回
- catch-22
- Koch Family
- Zipcar
- Mini2P論文
- Biologyの方
- Mini2p自体はNature Methodsに2報くらい 1 2
- ノルウェーの会社製の(GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…)
- ゼロから作るDeep Learning
- vscode
- A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう)
- spyder
- 3090
- 東大入試生物2022
- 見たことのある実験系
- Herman MillerのSayl Chair
フラッシュ論文紹介:
- 論文1:Inhibition allocates spikes during hippocampal ripples
- ForwardとReverseがあるよ
- Pouletラボ
- Jouhanneauの4重パッチ
- 論文2:Rapid eye movement sleep is initiated by basolateral amygdala dopamine signaling in mice
- 櫻井研
- 情動脱力発作について(長谷川さんの過去仕事プレスリリース)
- オレキシン発見
- 長谷川さんの過去仕事一覧
- 論文3:Dynamic Synchronization between Hippocampal Spatial Representations and the Stepping Rhythm
- Loren Frank
- DeepLabCut
- 論文4:Single-deletion-mutant, third-generation rabies viral vectors allow nontoxic retrograde targeting of projection neurons with greatly increased efficiency
- 論文5:Circuit-Specific Targeting of Astrocytes for Genetic Control
- 論文6:Engineered virus-like particles for efficient in vivo delivery of therapeutic proteins (eはEnhancedじゃなくてEngineeredでしたね…)
Editorial Notes:
- 海馬以外の論文もちゃんと読まねば。。。(宮脇)
- 最近、職場の解析用PCを3070Tiで組みました。この辺がコスパ的にスイートスポットかなと(萩原)
#33 Reviewing the Art of Review
生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談(2/12収録)
Show notes:
雑談編
- トーラス論文がパブリッシュ
- ↑について話したEP2
- CRACK論文
- ↑について話したEP4
- eVLP論文
- ネットで空きを探す:基本はZillowでやりました
- Wise (旧Transferwise):手軽かつ割と良いレートで送金できたりする
- テイクアウト:米国でもTake Out、一部の地方(含ボストン)ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here
- シンク:アメリカのシンクにはディスポーザル(生ごみ粉砕機)がついている
- ソーラボ(Thorlabs) :DIY光学系のためのパーツを売る会社
- アダム:最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト
- Janeliaのハエを移す機械: Drosphilobot
- コーラゼロは国によって味が違う
- Athletic BrewingのノンアルコールIPA
- 先輩に買ってきてもらったビール
- Stumptown
- ↑のAce Hotel (NY) 店
- Coffee County のオンラインショップ
ピアレビュー編
- 今回話題にしたレビューの内容は公開され次第リンク貼ります
- 査読の技法
- 水島昇先生
- Universal Principled Review
- 中山敬一先生
- 中山先生の本 (羊土社・実験医学じゃなくて秀潤社・細胞工学でした)
- Paperpile:文献管理アプリ
- 小宮山先生も
- Natureが出してるReviewerファイル(supplementary peer review file) コレのTransparent peer reviewを参照の事
- 萩原さんの去年の論文のpeer review file (pdf注意)
- ORCID(Open Researcher and Contributor ID) 学術系出版物の著者のID
Editorial notes:
- 査読依頼が勝手に振り分けられて以来、迷惑メールフォルダを定期的にチェックするようになりました(宮脇)
- 『査読の技法』の内容紹介の正確性に関しては一切保証しません(笑)ので各自買って読んでください。ちなみに実験医学さんとのCOIはありません (萩原)
#32 Emotional intent of a PD soon-to-be a PI
CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん(@TomomiKarigo)にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました(9/5収録)
Shote notes:
- 苅郷さん google scholarページ
- 岡良隆先生ラボHP
- David AndersonラボHP
- 2014年のLee et al.
- Dayu Lin 2011年の論文
- 苅郷さんのヒューマンフロンティア
- 孤独になったら緑色に:Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文
- 苅郷さんのAndersonラボでの論文
- Remedios et al.
- アン・ケネディ
- NeuroRumblrのサイト
- ERC Starting Grant
- Johns Hopkins のNeuroscience Department
- Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute
- University of Southern California のBiology Department, Neuroscience
- Pietro Perona ラボHP
- DavidとのMachine Vison系論文
- DavidとPietroコラボの新しいtracking & behavior classifier論文
- Doris Tsao (CaltechのHP, 最近バークレーに移動)
- 井上さんの同期
- Teaching Statement: 何を書くか、等はこちら(PDF)
- Diversity Statement: 差別や不平等に対する考え方・これまでの貢献など。書き方
- (その他就活関連のリソースへのリンクは番組HPに!)
- Deisserothの講習会 (註:ATGCと言ってしまいましたが、正しくはGTCAでした by まささん)
- カルテクのWriting Consulting Service: Hixon Writing Center
- 若い動物でplay behaviorが見られる
- Ann Kenedyの1stの論文 (3人co-first)
- PrabhatがファーストのeLIFEの論文
Editorial notes:
- これまで実験中にリスナーとして聞いていたNeuroRadioに、ゲストとして出演させていただけるとは。ありがとうございます!ホストのお二人、そしてゲストの井上夫妻に誘導していただき、楽しくあっという間の収録時間でした。
聞きなおしてみたら、間が多くて自分の日本語の不自由さに驚きましたw萩原さん&宮脇さん、研究をしながら、論文紹介にインタビューに編集にと、すごいとしか言いようがありません。近いうちにお会いできますように!北米オフ会とかできたら楽しそう。
Karigo Lab、2022年4月よりJohns Hopkins Medical school, Neuroscience department & Kennedy Krieger Institute にて始動します。Social behavior、Development、Brain-body interaction、研究留学に興味のある方、karigo[at]caltech.eduまでご連絡ください!(苅郷) - オフ会いいですね〜!パンデミック落ち着いたあたりのSfNか日本神経科学会でしょうか。リスナーさんも呼んでワイワイしてみたい笑(宮脇)
- 公開まで時間がかかってしまい申し訳無いです。完全に僕のテンパりによるものです汗(萩原)
- 二度目にお邪魔しちゃいました(笑)苅郷さんがポスドクからアメリカに来た人向けに如何に最新のアメリカjob marketに対応すれば良いかを一から教えてくれてます。正座して聞く価値あります!(まさ)
- 乱入させて頂いちゃいました(笑)。アメリカでジョブハントを始めるにあたり、大事なことが沢山聞けて本当にためになりました。少しでもアメリカでジョブサーチする可能性のある方は、なるべく早く苅郷さんの教えを実行すると良いと思います!(後悔中)(さやか)
#31 New moves, new variants
大陸をまたいでの2人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異(AAV.CAP-B10)や弱毒ワクチン(YFV-17D)について(1/4収録)
Shownotes:
- モニュメントバレー
- ボストン近郊のスキー場
- 大学の不動産
- レイク:Lake Union
- Social Security Number:マイナンバーのようなもの
- 全学でやっているポスドクのトレーニング(註:これは医学校だけでした)
- Uwajimaya:シアトルの日本食スーパー
- 一個目の論文
- CaltechのGradinaru
- Ben Deverman
- PHP.BとかPHP.eB とか
- PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要 その1その2
- CLOVER
- Capsida Biotherapeutics
- Paul H Patterson
- マーモセットでやる:最近出てました
- Organ-on-chip:例えばこういう論文
- WyssのBBBを通す抗体をスクリーニングする試み
- Don Ingber
- 二個目の論文
- Wei Xu
- John Shoggins
- Sudof
- 野口英世の生涯
- Max Theiler
- Supplementary FiguresがExtended dataとは別にありました。CMEはStarter cellへの感染に必要なのではなく"Transneuronalな感染に必要"なのですね、誤読失礼しました(訂正)
- HSVのH129
- AAV1でのAnterograde tracing
- Pseudotyped vesicular stomatitis virus
- AAV2retroの経路依存性 これのTable S2
- Sudof研にいた頃の( プレシナプスでのリリースを見た)仕事
- AAVの(ゲノムへの)組み込み:犬で10年追った知見
- AAVは4.7kbがパッケージング限界
- センダイウイルスは今
- ボブダッタのCOVID関連の仕事
- 北村さん
Editorial Notes:
- AAVの指向進化はvivoでやるファージディスプレイって感じで面白いですね。AAVのタンパク質がvirus like particleにそのまま適用可能なのか気になりますね〜(宮脇)
- 仕事は文句なくexcitingになると思うのですが、メリケン生活はどうでしょう...不安です。 (萩原)
#30 Being a technologist at 10x
初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました(11/22 収録)
Shownotes:
- 佐々木浩さん
- 10x Genomics
- Wyss Institute HP
- 泊研HP
- RISCの形成過程再構成&一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー
- aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事
- DNA-PAINTの簡単な説明
- ぽん(Peng Yin)ラボHP
- DECODE-PAINTのお仕事(講演アブスト)
- 兵庫県立大学の吉久先生
- 日本RNA学会
- 上海科技大学の多田隈さん
- DNA Origami 2006の論文
- University of Washington の Brianラボ
- アカデミアとインダストリーの自由度について、 HarvardのテニュアからGoogleに行ったMatt Welsh氏のブログポスト
- 10xが進めているin situプロダクトの情報
- 10xのファウンダー:Serge Saxonov と Ben Hindson
- 最初のプロダクト(Chromium)
- Swedenにあった会社(Spatial Transcriptomics, Cartana) (10xはスウェーデンのスタートアップを2社買収していて、Spatial Transcriptomics -> Visium、Cartana -> New in situ platformというようになっています by 佐々木さん)
- David Hoffman
- Eric Betzig 超解像で2014年ノーベル賞
- David HoffmanのScienceの仕事
- Wyss時代に隣のラボにいた友達で、現在の同僚 Eswar Iyer
- 元々はTwitterで出会って仲良くなった友達 Sizun Jiang
- 10xでの直属の上司 Justin Costa
- Ting Wu
- Josie (Kishi)
- ストックオプション:会社の株式をあらかじめ定めた価格で将来取得する権利
- IPO:会社の株を初めて誰にでも取引できるようにすること
- 10x Genomicsのジョブオープニング
- Neuralinkのホワイトペーパー
- Melissa Moore@Moderna
- Melissa Mooreによるレクチャー(をまとめた記事)
Editorial Notes:
- Wyssのスローガンの一つに “Breakthrough discoveries cannot change the world if they do not leave the lab” というのがありますが、こういうことなんだな~と腹落ちした回でした (宮脇)
- 録音チェックのために改めて聞き直すと、宮脇さん良い声だな……と思いました(佐々木)
- 自分のいない収録音源を編集するのは、いちリスナーとして新鮮に聴けてよかったです(萩原)
#29 Plasticity in engram/research-interest Part. 2
Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました(11/4収録)
Shownotes:
- 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021
- バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018
- 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG)
- ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2
- ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定
- H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク
- H3K27ac=強く転写アクティブ
- H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク
- ATACseq、トランスポゼースを使ってオープンなクロマチンの存在するゲノム領域を同定
- 今までよく言われていたポリコーム・バイバレント(bivalent)→H3K27me3とH3K4meの共存
- 今回発見したポリコーム・バイパタイト(bipartite)→IEGのプロモーターがH3K27acでアクティブ、ジーンボディーがH3K27me3抑制性
- クラウンチングスタートのFMIプレスリリース
- JST創発的研究支援事業、破壊的イノベーション?
- エングラム細胞のシステムスコンソリデーション中のステートシフトの論文、レビュー 1 2
- リアルエングラム仮説についてレビュー、ジョセリン&利根川
- 再活性化されてこそエングラムという前提でのレビュー、ジェノミクスの観点から
- BICCN回はこちら
- 投射細胞発生に関してジャボドンBioRxiv、最近Natureに出ましたね。リバイス3年半。。。
- ムルシックフローゲルのV1投射論文
- キャロッサル:対側投射
- IEGのヘテロ性に関して、例えばこれ
- ヌタウナギのエンブリオの研究ができるのは世界中でRIKEN倉谷研究室だけ。参考文献 1 2 3 4
- エピジェネティックな記憶とかDavid Allisのレビュー
- グリーンバーグのYap et al., Neuron 2018 レビュー
- Li Huei Tsaiのところのリーセント記憶エングラム・エピジェネティック論文
- HDAC2論文
- エンハンサーのモチーフ解析から転写因子を同定するアプローチ。FMIで開発したパイプライン
Editorial notes:
- うちでピザ食べながら録ったんですが、今後もin-person収録定期的にやっていきたいと思いました。ただ欠点もあって、近くにマイク2本立てた事によるカブりの処理に一苦労。指向性高めのマイクじゃないと厳しいな...買うか(萩原)
- 休憩でピザ食べ過ぎて苦しかったぜ。しゃべり続けるのって大変なのね。 (北沢)
- スイスピザ美味しそう。。Part 1聞いてる時はまさかここまでエングラムの話題になるとは想像していませんでした(1リスナー並感)。in-person収録やってみたいですね〜 (宮脇)
#28 Plasticity in engram/research-interest Part. 1
デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録 * 初のin-person収録ということで宮脇はお休み)
Shownotes:
- 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP
- Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照)
- Nordic-EMBL
- EMBL
- 長野県の松本深志
- 東大医のPhD-MDコース
- 栗原裕基教授
- Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run
- Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015)
- 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015) 鼓膜論文、結局内容についてちゃんと話してなかったです汗。哺乳類(=マウス)と双弓類(爬虫類・鳥類=ニワトリ)でEdn1-Dlx5/6経路を阻害して下顎→上顎ホメオティック変異を起こさせると、マウスでは鼓膜が消失するのに対してニワトリでは鼓膜の重複が起きる。これは鼓膜の発生が全く異なる発生機構の下流にあることを示し、鼓膜の収斂進化の実験的証拠となった。理研のプレスリリースがとても分かりやすい。(北沢注)
- あと、日経サイエンス(Scientific American日本語版)2015年8月号でも特集されました。他にも結構新聞で取り上げられたなー(北沢注)
- 神戸理研 倉谷滋先生
- 怪獣生物学
- 動物進化形態学 初版(2004年) 新版(2017年) 2004年Verに鼓膜は課題として述べられていて、2017年Verで僕のアンサーがアップデートされています! (北沢注)
- Gauppの論文の例 Arch. Anat. Physiol. Suppl. 1, 416 (1912).
- Filippo Rijli
- Maryline Minoux et al., Science, 2017
- ChIPmentationのNat Methodsペーパー
- FMIのSAB (Scientific Advisory Board)
- ERC: EU+αのグラント。PIがステージ(Starting/Consolidator/Advanced)に応じて取るprestigiousな研究費。(日本で言うとさきがけ〜CRESTに相当だが額は倍くらいある)
- コンディショナルオファー: 独立するためのお金を外部から取ってきたらスペースはあげるよ、というタイプのジョブオファー。一方のオープンポジションはオファーが出たらラボを立ち上げるための資金(スタートアップ)は基本的にもらえる。
- えくせれんつぁ: スイスSfNの独立用グラント Eccellenza(1,000,000CHF=1億2000万くらい)
- えみーねたー: ドイツDFGの独立用グラント Emmy Norther
- *RO1に関する言及はテキトーだと思うので注意。
Editorial notes:
- 出だしで北沢さんが敬語なのがおもろい。Part1では神経科学的な内容をほぼしてませんが、Part2では多少します! (萩原)
- 対面でしゃべっていると段々砕けていって、ちょいちょいフランクすぎる感じになってしまったかも。こういう収録は初めてでしたが、自分の語り段取りの悪さや言葉足らずな点が目立ちますね、難しい!(北沢)
- 今回の自分のcontributionはshownotes作りを5%やった程度ですw (宮脇)
#27 A ‘Rosetta Stone’ for neuroscience
BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました(10/10収録)
Shownotes:
- 10/20 に出る実験医学
- Mesoscale Connectomeの仕事
- Allen Institute for Brain Science
- Allen Institute for Neural Dynamics
- Tasic 2016
- Tasic 2018
- BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図(このページの下の方)
- BICCNやってる人たち一覧
17報の論文:並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変
- Flagship paper:Motor cortexの論文群をまとめたやつ。
- Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel の仕事。マウスのトランスクリプームとエピゲノムをそれぞれ50万以上の細胞から取ってきて、SCFまたはLIGERっていう手法で対応付け
- AllenのEd Leinの論文ではマウスだけじゃなくてマーモセットとヒトに対してもやっている
- SalkのEckerのとこからは、マウスのDNAメチレーションについて。モーターコルテックスに限らず海馬、線条体、基底核、嗅球から。
- UCSDのBing Renのところから↑と同じサンプルでsnATAC-seq
- シャオウェイのところから、マウスMotor cortexのMERFISH
- BaylorのToliasとTubingenのBerensのマウス運動野のpatch-seq
- Leinのところではヒトからもpatch-seq。患者さん由来の90個のサンプル(主に側頭葉の一部)
- CSHL総出のCellular anatomy of the mouse primary motor cortex。マウス MOp-ulについて、細胞種特異的なCreマウスを用いつつ、バルクで順行性-逆行性ラベル、fMOSTで全脳スケールでのトレーシング。 バルクじゃなくてスパースラベリングも。
- HongkuiのところからSparse labellingとfMOSTを用いたsingle cell tracing. これはMotor cortexだけじゃなくてcortex, claustrum, thalamus, striatumから。
- SalkのCallawayとEckerのコラボで、逆行性トレーシング&メチローム:Epi-retro-seq
- CSHLのJosh Huang 皮質の興奮性ニューロンをgenetic dissectionするための新しいCre/Flpマウスラインを作ったよというお話
- カルテクのPachterがSMART-seqでフルレングスのmRNAを読んで細胞種ごとのIsoformを見ようと。
- UCLAのHong-Wei Dong、The mouse cortico–basal ganglia–thalamic network:大脳皮質ー基底核ループについてメゾスケールでのトレーシング。皮質-視床のループが6つのサブネットワークに分かれる
- UCSFのKriegsteinが胎生期のヒト脳scRNA-seqとISHで皮質の色んな領域の比較
- UCSFのNowakowskiは胎生期のヒトの脳からscATAC-seq
- BroadのMacoskoのラボがアダルトマウスとヒト死後脳の小脳のsnRNA-seqを合わせてきた
Editorial note:
- 10年後には神経科学はどうなってるんだろうなあ、と考えさせられるいい機会だったように思います。(萩原)
- Cell-typeとはなんぞやといったことやvivo生理記録との対応について扱った第4回、Spatial Transcriptomeについて扱った第5回も聴いて頂けると嬉しいです。今回は上っ面をさらっただけですが、精読した上での輪読会が10/31 13-18時で行われるみたいですね。(宮脇)
#26 Poor is the pupil who does not surpass his master – Part 4
五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど(8/31+9/1収録)。
Shownotes:
- Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと(Neuron)
- あのEvidenceの論文
- Aronovの仕事
- Saltzmanの論文
- Wallisの論文
- Shoenbaumの論文
- Peter Stern (Scienceのページ、工事中…?) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2
- Moserラボ出身のNNエディター、Dave(現在Nature本誌のエディター)
- Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら
- 森先生のカップラーメンの賞(2007年度 安藤百福賞)
- 五十嵐さんのカップラーメンの賞 (同上、2017年度)
- Miura et al.,
- Cury and Uchida
- 色々つっこむかも
- 河野大臣に拾われ:科研費の枠の件とか
Editorial notes:
- たくさん話していただけただけでなく、過去エピソードをすごくしっかり聴いていただけていた面倒見の良さが印象的でした。五十嵐さん改めてこのたびはありがとうございました!(宮脇)
- 今回、お世話になったみなさんをできるだけ多く登場させようとたくらんだのですが、第14-15回の井上(駒野)さやかさんを登場させ忘れたので、ここで少し。彼女は森研時代、僕の真向かいの席に座っていたのですが、昼食後いつも僕の目の前で、デスクに突っ伏してお昼寝していました。なんて肝っ玉のでかい学生さんが来たんだろうと思ってましたが、その後のご活躍はご存じの通りです。変わった学生さんを伸ばす教育が重要だということですね。僕は森先生にみられるのを気にする小心者だったので、実験に疲れると、機械室(という謎の部屋があった)に院生たちでこっそりしつらえたソファベッドで仮眠をとっていました。あの教育棟7階の仮眠室、いまはどうやって使われてるんだろうな~。(五十嵐)
- これまでで一番大変だった奥山回をはるかに超える音声編集作業量でしたw 宮脇さんもshownoteお疲れ様です〜。そして企画段階・収録後に到るまで時間と労力を注いでくれた五十嵐さんに改めて感謝です。なお大木研はサーバ室に公式ベッドがあって、夜イメージングの間に寝るのが常でした。教育棟7階(左、旧森研とは逆なはず)に移ってからもあるのかな?(萩原)
#25 Poor is the pupil who does not surpass his master - Part 3
五十嵐さん(@kei_m_igarashi)回その3。Nature論文を読んでからのディスカッションを行った後、高IFジャーナルの功罪、日本とノルウェーの大学院生の境遇の違い、若い研究者へのメッセージを伺いました(9/1収録)
Shownotes:
- Schultzの実験
- Assimilative learning: 既に確立したスキームを用いて行う新しい情報の学習
- CAV2:逆行性に飛ぶウイルス
- LiqunのVTAの論文(DeisserothのはB2Bで出てたSNcのドパミンマッピングでした)
- Amygdalo-hippocampusのpaternal論文はこれ。Denis Pare弟子の天野さん。
- クワイナイン:キニーネ。苦い。
- Kay Tyeのprefrontalのドパミン論文
- 柳下さんの一個目の(ドップジャーナル)論文
- JN Mingote et al のドパミン投射先、LECでのパッチ
- 内田さんの最近のCell論文
- 亜核ごとにパッチをするとドパミン・グルタメート・GABAの混合率が変わる…の論文
- Arcの周りに(アミロイド)βが溜まる
- LECはObject codingをする
- 金沢大学にいらっしゃる河崎先生
- Duke大学のLarry Katz
- ランチョン大討論会の資料(PDF注意)
- R01が3つ
- さきがけの奥山さんと加藤さん
- さきがけにスタートアップ支援制度ができた(PDF注意)
- JSTの川口さんによる『科学技術政策立案における科学者の役割』 (PDF注意)
- Squeaky wheel gets a grease: きしむ車輪は油を差される。転じて、はっきりと自己主張をすれば、きちんと見返りを得ることができるという意。(五十嵐註:五十嵐の本意は、「困っていることをずっと主張し続ければ、いつかは周りがうるさくなって対応してくれる」ということです)
- 神経科学ニュース完全版 大学院生を雇うこと
- ノルウェーのmaternal leave/paternal leaveは 国が出す
- MoserラボのNatureカップル1:ステンソラ夫妻
夫妻のラボ(最近独立した) - ちなみにMoserラボのNatureカップル2:Hafting-Fyhn夫妻
マリアンヌ・トーケルラボ - 大学院大学がお金出す
- 理研のJRA
- OISTのサポート
- 最近始まった支援制度、次世代研究者挑戦的研究プログラム
Editorial notes
- M1の時海馬とドパミンについて研究していたはずなのですがLECとの関連は考えてもみませんでした。こんなに面白いことをやっているとは。。(宮脇)
- オクラホマdisをわざわざ蒸し返してきたのが謎ですが、海のない土地の例というだけです!!!ちな僕もこの前の論文の続報はドパミンネタだったりします。All roads lead to DA.(萩原)
- オクラホマをばかにしちゃいけません!どんな地方大でもコツコツやれば、自分の研究分野が確立できるのがアメリカのいいところだと思います。
UCIを軽くディスりましたが、なんと今年の公立大学ランキングでUCIは全米9位に入ったらしく、職員が大騒ぎしてます。ホントかよって感じでびっくりですけど。
最近伸びてるってことですかねー。
既に海外に出てしまった萩原さん、宮脇さんには不発だったかもですが、日本の若いリスナーさんにとって「研究者になるなら、将来日本で暮らそうと思わない方がいい」が第三作として十分な破壊力を持つことを願いつつ…。(五十嵐)